PDB-4nla: Structure of the central NEAT domain, N2, of the listerial Hbp2 p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nla

タイトル

Structure of the central NEAT domain, N2, of the listerial Hbp2 protein, apo form

要素

Iron-regulated surface determinant protein A

キーワード

PROTEIN BINDING / Heme / NEAT domain / listeria / hemoglobin / N2 / Hbp / Hbp2 / HEME-BINDING PROTEIN / HEME BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / cell surface / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Malmirchegini, G.R. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Novel Mechanism of Hemin Capture by Hbp2, the Hemoglobin-binding Hemophore from Listeria monocytogenes.
著者: Malmirchegini, G.R. / Sjodt, M. / Shnitkind, S. / Sawaya, M.R. / Rosinski, J. / Newton, S.M. / Klebba, P.E. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2013年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nla.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nla.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mypC 3sz6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g3u-2 4g3u-1 4ht9-1 6ob2-2 4e2p-d 3gib-1 4zxe-d 4x9c-d 4ht8-d 5new-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

A: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

A: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.300, 89.300, 89.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

詳細

The authors state that the biological unit is not known

#1: タンパク質	Iron-regulated surface determinant protein A / P64 protein / Surface virulence-associated protein A 分子量: 13545.126 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 183-303 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: BN418_2635, lmo2185, M639_06195 / プラスミド: pHIS-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KGV9, UniProt: Q7AP54*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.4 詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 5.4, vapor diffusion, temperature 298K, EVAPORATION

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97950, 0.9686, 1.5418

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日
詳細: MIRRORS. BENT CYLINDERS, STRIPES OF PT, RH AND CLEAR.

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9686	1
3	1.5418	1

Reflection

数: 126252 / R_merge(I) obs: 0.057 / D res high: 2.69 Å / Num. obs: 6256 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.69	2.76	490	99.4	1	0.723
2.76	2.84	467	100	1	0.543
2.84	2.92	419	100	1	0.416
2.92	3.01	436	100	1	0.297
3.01	3.11	380	100	1	0.193
3.11	3.22	410	100	1	0.135
3.22	3.34	387	100	1	0.104
3.34	3.48	375	100	1	0.091
3.48	3.63	335	100	1	0.072
3.81	4.01	307	100	1	0.057
4.01	4.26	314	100	1	0.053
4.26	4.55	268	100	1	0.047
4.55	4.92	281	100	1	0.046
4.92	5.39	236	100	1	0.045
5.39	6.02	226	100	1	0.048
6.02	6.95	200	100	1	0.046
6.95	8.52	165	100	1	0.042
8.52	12.04	124	100	1	0.041

反射

解像度: 2.7→63.14 Å / Num. obs: 3370 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.4 % / B_iso Wilson estimate: 109.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 35.3

反射シェル

解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 22.8 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.6 Å / D res low: 19.85 Å / FOM : 0.432 / FOM acentric: 0.453 / FOM centric: 0.279 / 反射: 3695 / Reflection acentric: 3245 / Reflection centric: 450

Phasing MAD set

最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 19.85 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	0.97	0.92	15.3	13.4	0.44	0.57	2728	401
2	0.98	1	15.2	13.5	0.22	0.27	2912	418
3	2.04	1	0.3	0.2	0	0	3245	450
4	0.92	0.81	11.6	12.4	0.6	0.7	3045	420

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.85-19.85	0.8	0.84	18.7	41	1.27	0.49	33	18
1	7.47-10.85	0.58	0.56	8.9	10.2	2.13	1.49	84	30
1	5.69-7.47	0.89	0.74	17.3	9.7	0.81	1.34	166	39
1	4.6-5.69	1	1.14	36.6	14.5	0.3	0.71	267	54
1	3.86-4.6	1.01	0.95	14	11.4	0.58	0.64	403	59
1	3.32-3.86	1.01	1.02	17.1	13.8	0.34	0.4	571	72
1	2.92-3.32	0.99	0.99	10.4	12.8	0.39	0.24	748	85
1	2.6-2.92	0.97	0.96	10.1	9.8	0.29	0.31	456	44
2	10.85-19.85	1.1	0.95	16.2	42.5	0.63	0.21	33	18
2	7.47-10.85	0.92	1.05	9.3	12.1	0.88	0.55	84	30
2	5.69-7.47	1.03	1.08	22.4	10.4	0.28	0.56	166	39
2	4.6-5.69	0.97	1.01	42.7	21.5	0.11	0.22	267	54
2	3.86-4.6	1.01	0.98	11.1	12	0.34	0.27	403	59
2	3.32-3.86	0.97	1.01	16.7	11.5	0.17	0.23	571	72
2	2.92-3.32	0.98	0.97	9.3	9.8	0.26	0.2	748	85
2	2.6-2.92	0.98	0.99	10.7	9.8	0.17	0.2	640	61
3	10.85-19.85	0.83	1	0.7	0.6	0	0	33	18
3	7.47-10.85	0.94	1	0.5	0.6	0	0	84	30
3	5.69-7.47	1.33	1	0.5	0.3	0	0	166	39
3	4.6-5.69	4.39	1	1.4	0.3	0	0	267	54
3	3.86-4.6	1.14	1	0.3	0.3	0	0	403	59
3	3.32-3.86	2.39	1	0.4	0.1	0	0	571	72
3	2.92-3.32	1.69	1	0.1	0.1	0	0	748	85
3	2.6-2.92	2.62	1	0.1	0	0	0	973	93
4	10.85-19.85	0.61	0.73	24.2	23.1	1.43	1.17	31	16
4	7.47-10.85	0.54	0.52	13.1	16.1	2.08	1.49	79	26
4	5.69-7.47	0.58	0.47	10	12.1	1.98	1.48	166	37
4	4.6-5.69	0.99	0.98	35.1	19.9	0.4	0.67	263	51
4	3.86-4.6	0.9	0.83	9.5	13.6	0.98	0.6	396	58
4	3.32-3.86	1.01	1.03	15.2	12.5	0.38	0.43	570	72
4	2.92-3.32	0.99	0.95	6	7.3	0.56	0.38	748	85
4	2.6-2.92	0.99	0.98	7	8.9	0.26	0.21	792	75

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	Sz	36.947	-0.834	-0.689	-0.097	0.557	0.06
2	Sz	65.116	-0.716	-0.74	-0.062	0.491	0.072
3	Sz	69.089	-0.941	-0.604	-0.046	0.573	0.06
4	Sz	162.98	-0.918	-0.587	-0.025	0.674	0.051
5	Sy	23.191	-0.836	-0.688	-0.098	0.401	0.025
6	Sy	116.2	-0.717	-0.743	-0.064	0.591	0.043
7	Sy	32.036	-0.942	-0.602	-0.048	0.35	0.022
8	Sy	40.402	-0.919	-0.585	-0.021	0.347	0.02
9	Sy	74.752	-0.836	-0.689	-0.097	0.54	0
10	Sy	86.527	-0.718	-0.742	-0.062	0.389	0
11	Sy	81.423	-0.942	-0.601	-0.048	0.421	0
12	Sy	92.034	-0.919	-0.584	-0.023	0.366	0
13	Se	78.099	-0.836	-0.688	-0.097	0.722	0.11
14	Se	100.519	-0.719	-0.742	-0.062	0.63	0.109
15	Se	86.901	-0.942	-0.603	-0.047	0.586	0.077
16	Se	83.902	-0.919	-0.584	-0.022	0.473	0.049

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.85-19.85	0.703	0.832	0.466	51	33	18
7.47-10.85	0.846	0.886	0.734	114	84	30
5.69-7.47	0.809	0.833	0.705	205	166	39
4.6-5.69	0.457	0.53	0.097	321	267	54
3.86-4.6	0.624	0.648	0.46	462	403	59
3.32-3.86	0.409	0.449	0.099	643	571	72
2.92-3.32	0.421	0.446	0.201	833	748	85
2.6-2.92	0.233	0.244	0.12	1066	973	93

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 3695

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.13-100	56.5	0.822	504
4.04-5.13	56.1	0.836	508
3.52-4.04	66.2	0.72	507
3.19-3.52	74.5	0.753	512
2.95-3.19	73.4	0.77	511
2.77-2.95	79.1	0.709	513
2.6-2.77	80.8	0.644	640

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.2	位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 3SZ6

3sz6

解像度: 2.7→63.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	337	10 %	RANDOM
R_work	0.254	-	-	-
obs	0.258	3370	100 %	-
all	-	5408	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.968 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→63.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	5	9	961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	968	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	1315	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		331	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		31	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		136	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		968	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.66
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		129	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1000	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→3.02 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4147	92	9.9 %
R_work	0.3553	837	-
all	0.3616	929	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.3047 Å / Origin y: 37.9763 Å / Origin z: 28.8459 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2241 Å²	0.018 Å²	0.034 Å²	-	-0.233 Å²	-0.2749 Å²	-	-	0.079 Å²
L	10.7995 °²	4.8158 °²	2.107 °²	-	6.9195 °²	2.823 °²	-	-	5.455 °²
S	0.1176 Å °	-0.1677 Å °	1.0885 Å °	0.6502 Å °	-0.7062 Å °	1.02 Å °	0.0405 Å °	-0.7576 Å °	0.5886 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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