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- PDB-5ei0: Structure of RCL-cleaved vaspin (serpinA12) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ei0
タイトルStructure of RCL-cleaved vaspin (serpinA12)
要素Serpin A12
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serpin / cleaved / adipokine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pippel, J. / Kuettner, B.E. / Ulbricht, D. / Daberger, J. / Schultz, S. / Heiker, J.T. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC1052 (C4 and C7) ドイツ
European Union ドイツ
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of cleaved vaspin (serpinA12).
著者: Pippel, J. / Kuettner, E.B. / Ulbricht, D. / Daberger, J. / Schultz, S. / Heiker, J.T. / Strater, N.
#1: ジャーナル: Cell. Mol. Life Sci. / 年: 2013
タイトル: Vaspin inhibits kallikrein 7 by serpin mechanism.
著者: Heiker, J.T. / Kloeting, N. / Kovacs, P. / Kuettner, E.B. / Strater, N. / Schultz, S. / Kern, M. / Stumvoll, M. / Blueher, M. / Beck-Sickinger, A.G.
#2: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2015
タイトル: A unique serpin P1' glutamate and a conserved beta-sheet C arginine are key residues for activity, protease recognition and stability of serpinA12 (vaspin).
著者: Ulbricht, D. / Pippel, J. / Schultz, S. / Meier, R. / Strater, N. / Heiker, J.T.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin A12
E: Serpin A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0742
ポリマ－95,0742
非ポリマー00
水77543
1
A: Serpin A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5371
ポリマ－47,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Serpin A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5371
ポリマ－47,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.392, 104.422, 62.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serpin A12 / OL-64 / Visceral adipose tissue-derived serine protease inhibitor / Vaspin / Visceral adipose-specific serpin


分子量: 47536.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IW75
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 20 % (v/v) isopropanol, 0.1 M imidazole-HCl pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.19 Å / Num. obs: 23966 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.659 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 57.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
XSCALENovember 3, 2014データスケーリング
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IF8

4if8


解像度: 2.5→29.189 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 1192 5.03 %Random selection
Rwork0.2241 ---
obs0.2267 23721 88.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5991 0 0 43 6034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5688294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1542359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.60010.4151810.33721626X-RAY DIFFRACTION58
2.6001-2.71840.37351040.3182120X-RAY DIFFRACTION75
2.7184-2.86160.34851360.30152743X-RAY DIFFRACTION97
2.8616-3.04070.32871590.26842779X-RAY DIFFRACTION99
3.0407-3.27520.35171510.26012771X-RAY DIFFRACTION99
3.2752-3.60420.30641610.2482762X-RAY DIFFRACTION98
3.6042-4.12450.32921060.27512062X-RAY DIFFRACTION73
4.1245-5.19170.22411300.16862833X-RAY DIFFRACTION99
5.1917-29.19140.19671640.17162833X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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