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- PDB-6bz5: Structure and mechanism of salicylate hydroxylase from Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bz5
タイトルStructure and mechanism of salicylate hydroxylase from Pseudomonas putida G7
要素Salicylate hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aromatic hydrocarbons catabolism / salicylate hydroxylase / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate 1-monooxygenase activity / salicylate 1-monooxygenase / secondary metabolite biosynthetic process / catabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Salicylate 1-monooxygenase / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Salicylate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Nagem, R.A.P. / Costa, D.M.A.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
FAPEMIGEDT-0185-0.00-07, Rede-170/08, APQ-01006-13 and RED-00010-14 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)INCT-Catalysis, 482173/2010-6, 306498/2013-8 and 484232/2013-4 ブラジル
VALE S.A.RDP-00174-10 ブラジル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Catalytic mechanism for the conversion of salicylate into catechol by the flavin-dependent monooxygenase salicylate hydroxylase.
著者: Costa, D.M.A. / Gomez, S.V. / de Araujo, S.S. / Pereira, M.S. / Alves, R.B. / Favaro, D.C. / Hengge, A.C. / Nagem, R.A.P. / Brandao, T.A.S.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate hydroxylase
B: Salicylate hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,36038
ポリマ－98,0402
非ポリマー3,32136
水8,323462
1
A: Salicylate hydroxylase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The 6xHis-NahG exists as a monomer in solution according to size exclusion chromatography and dynamic light scattering assays, which is in agreement with literature ...根拠: gel filtration, The 6xHis-NahG exists as a monomer in solution according to size exclusion chromatography and dynamic light scattering assays, which is in agreement with literature observations for the native enzyme., light scattering, The 6xHis-NahG exists as a monomer in solution according to size exclusion chromatography and dynamic light scattering assays, which is in agreement with literature observations for the native enzyme.
  • 51.2 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,20825
ポリマ－49,0201
非ポリマー2,18824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Salicylate hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,15313
ポリマ－49,0201
非ポリマー1,13312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.615, 98.076, 130.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Salicylate hydroxylase / Salicylate 1-monooxygenase


分子量: 49019.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: nahG / プラスミド: pET28a(TEV)
詳細 (発現宿主): pET28a(TEV) is a modified vector from pET28a (Novagen). The thrombin recognition site of pET28a (Novagen) was replaced by a TEV protease recognition site.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaTM (Novagen) / 参照: UniProt: P23262, salicylate 1-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 498分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Crystal was obtained manually by the hanging-drop vapour-diffusion after optimization of the initial conditions. The optimum condition was 1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 9.0, 20% v/v glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日
詳細: Cylindrical Vertical Collimating Mirror & Toroidal Horizontal and Vertical Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator of Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.81 Å / Num. obs: 133525 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6476 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3-928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3-928位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.006→40.81 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.44
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 6750 5.09 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2109 ---
obs0.212 132697 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6397 0 126 462 6985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4719077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6134563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0057-2.02850.32622220.30783726X-RAY DIFFRACTION88
2.0285-2.05240.32262080.30784118X-RAY DIFFRACTION97
2.0524-2.07740.28792260.2614188X-RAY DIFFRACTION98
2.0774-2.10370.28952050.26734228X-RAY DIFFRACTION99
2.1037-2.13140.27281880.26344257X-RAY DIFFRACTION98
2.1314-2.16060.25652110.2694217X-RAY DIFFRACTION99
2.1606-2.19150.26572180.26674195X-RAY DIFFRACTION99
2.1915-2.22420.29112580.26714193X-RAY DIFFRACTION98
2.2242-2.25890.30522080.26534227X-RAY DIFFRACTION99
2.2589-2.29590.31122530.25924155X-RAY DIFFRACTION98
2.2959-2.33550.34492360.25984236X-RAY DIFFRACTION98
2.3355-2.3780.29372300.25634200X-RAY DIFFRACTION99
2.378-2.42370.27192560.24284170X-RAY DIFFRACTION98
2.4237-2.47320.23842160.24514265X-RAY DIFFRACTION99
2.4732-2.5270.27972100.24794173X-RAY DIFFRACTION98
2.527-2.58570.28472630.2524203X-RAY DIFFRACTION99
2.5857-2.65040.28852560.2454212X-RAY DIFFRACTION98
2.6504-2.7220.28451910.23624229X-RAY DIFFRACTION98
2.722-2.80210.28262260.22954224X-RAY DIFFRACTION98
2.8021-2.89250.32032250.24224203X-RAY DIFFRACTION98
2.8925-2.99590.2452310.22864212X-RAY DIFFRACTION99
2.9959-3.11580.24871770.2234281X-RAY DIFFRACTION99
3.1158-3.25750.2392430.21474216X-RAY DIFFRACTION99
3.2575-3.42920.22492250.21634208X-RAY DIFFRACTION99
3.4292-3.64390.22742540.19454216X-RAY DIFFRACTION99
3.6439-3.92510.16982110.18294276X-RAY DIFFRACTION100
3.9251-4.31970.20382350.17044244X-RAY DIFFRACTION100
4.3197-4.94380.16912320.16394273X-RAY DIFFRACTION100
4.9438-6.22510.19632250.18644265X-RAY DIFFRACTION100
6.2251-40.81590.22922110.19744137X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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