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- PDB-4in9: Structure of karilysin MMP-like catalytic domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4in9
タイトルStructure of karilysin MMP-like catalytic domain in complex with inhibitory tetrapeptide SWFP
要素
  • Karilysin protease
  • Peptide SER-TRP-PHE-PRO
キーワードHYDROLASE / matrixin / metallopeptidase / metalloprotease / hydrolytic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / extracellular matrix / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) ...Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Guevara, T. / Ksiazek, M. / Skottrup, P.D. / Cerda-Costa, N. / Trillo-Muyo, S. / de Diego, I. / Riise, E. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of the catalytic domain of the Tannerella forsythia matrix metallopeptidase karilysin in complex with a tetrapeptidic inhibitor.
著者: Guevara, T. / Ksiazek, M. / Skottrup, P.D. / Cerda-Costa, N. / Trillo-Muyo, S. / de Diego, I. / Riise, E. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: The structure of the catalytic domain of Tannerella forsythia karilysin reveals it is a bacterial xenologue of animal matrix metalloproteinases.
著者: Cerda-Costa, N. / Guevara, T. / Karim, A.Y. / Ksiazek, M. / Nguyen, K.A. / Arolas, J.L. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Karilysin protease
B: Peptide SER-TRP-PHE-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,89311
ポリマ－19,2392
非ポリマー6539
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.050, 86.050, 49.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Karilysin protease


分子量: 18703.615 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0EM77
#2: タンパク質・ペプチド Peptide SER-TRP-PHE-PRO


分子量: 535.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide arising from phage-display screening
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 217分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Best crystals were obtained at 20 degrees from 1:1 microL drops with complex solution (8mg/mL in 5mM Tris HCl pH8, 5mM calcium chloride, 0.02% sodium azide) and 0.4M sodium/potassium tartrate ...詳細: Best crystals were obtained at 20 degrees from 1:1 microL drops with complex solution (8mg/mL in 5mM Tris HCl pH8, 5mM calcium chloride, 0.02% sodium azide) and 0.4M sodium/potassium tartrate as reservoir solution. Crystals were cryo-protected by immersion in cryo-solution (0.32M sodium/potassium tartrate, 25%[v/v] glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月31日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.9 Å / Num. all: 26370 / Num. obs: 26344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2XS4

2xs4


解像度: 1.55→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9679 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9567 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 1335 5.07 %RANDOM
Rwork0.1453 ---
all0.1465 26370 --
obs0.1465 26318 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5945 Å20 Å20 Å2
2--0.5945 Å20 Å2
3----1.1891 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.137 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 34 208 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.921924HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0608SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes034HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0199HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it01419HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd00SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0169SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies011HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact01813SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 159 5.45 %
Rwork0.2069 2760 -
all0.2071 2919 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51420.00430.00920.4007-0.0310.5029-0.00280.01420.0283-0.0122-0.00470.0402-0.0545-0.00510.00750.0059-0.0038-0.00680.00180.0058-0.003198.9018109.458-15.621
20-0.57340.551200.20480.25190.0071-0.04130.03780.04710.0226-0.0543-0.11170.1037-0.02970.0259-0.0488-0.02140.0173-0.01240.0063111.49113.425-12.5512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|35 - A|200 }A35 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|4 }B1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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