PDB-4i73: Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Gua...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i73

タイトル

Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase in complex with compound UAMC-00312

要素

Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nucleoside hydrolase / open (alpha / beta) structure / NH fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / glycosome / purine nucleoside catabolic process / purine ribonucleoside salvage / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Giannese, F. / Degano, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor
著者: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M.

履歴

登録	2012年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i73.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i73.ent.gz	219.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i70C 4i71C 4i72C 4i74C 4i75C 3epw 3fz0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kie-d 4i72-d 2ff2-d 1kic-d 4i71-1 6xe3-d 4kcb-d 3jxf-d 6vnt-d 3b9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

B: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

C: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

D: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

C: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

D: Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.170, 131.670, 71.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	D
1	3	A
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	End label alt-ID
1	1	1	THR	THR	SER	SER	1	A	A	4 - 245	7 - 248
2	1	1	THR	THR	SER	SER	1	B	B	4 - 245	7 - 248
3	1	1	THR	THR	SER	SER	1	C	C	4 - 245	7 - 248
4	1	1	THR	THR	SER	SER	1	D	D	4 - 245	7 - 248
1	2	1	TYR	TYR	MBY	MBY	1	A	A - F	257 - 402	260
2	2	1	TYR	TYR	MBY	MBY	1	B	B - N	257 - 402	260
3	2	1	TYR	TYR	MBY	MBY	1	C	C - R	257 - 402	260	A
4	2	1	TYR	TYR	MBY	MBY	1	D	D - Z	257 - 402	260	A
1	1	2	THR	THR	ALA	ALA	1	A	A	246 - 256	249 - 259
2	1	2	THR	THR	ALA	ALA	1	B	B	246 - 256	249 - 259
3	1	2	THR	THR	ALA	ALA	1	D	D	246 - 256	249 - 259
1	1	3	THR	THR	ALA	ALA	4	A	A	246 - 256	249 - 259
2	1	3	THR	THR	ALA	ALA	4	C	C	246 - 256	249 - 259

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase 分子量: 36167.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.3.2960 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZL6, purine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MBY / (2R,3R,4S)-2-(hydroxymethyl)-1-[(4-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol 分子量: 297.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₃O₄S
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	MBY C 402 AND NI C 406, MBY D 402 AND NI D 405 PLACE THE ALTERNATE POSITIONS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 詳細: 0.1M Tris, 19% PEGMME2000, 10mM Ni2SO4, pH 7.3, Vapor diffusion, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日

放射

モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→72 Å / Num. all: 61007 / Num. obs: 61007 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.264 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.06

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique all	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.18-2.24		3.7	0.83	0.671	1.96	16007	4485	4374	4374	0.786	97.5
2.24-2.3			0.695	0.588	2.27	16670	4400		4399	0.686	100
2.3-2.36			0.625	0.522	2.6	16243	4288		4283	0.609	99.9
2.36-2.44			0.573	0.477	2.84	15796	4166		4163	0.556	99.9
2.44-2.52			0.484	0.403	3.38	15223	4006		4006	0.47	100
2.52-2.6			0.403	0.345	3.94	14762	3883		3880	0.402	99.9
2.6-2.7			0.333	0.286	4.67	14378	3791		3786	0.334	99.9
2.7-2.81			0.317	0.262	5.12	13658	3586		3583	0.305	99.9
2.81-2.94			0.24	0.206	6.51	13291	3493		3491	0.24	99.9
2.94-3.08			0.2	0.175	7.43	12592	3316		3315	0.204	100
3.08-3.25			0.151	0.136	9.46	12178	3193		3192	0.158	100
3.25-3.45			0.103	0.1	12.53	11321	2975		2973	0.116	99.9
3.45-3.68			0.076	0.072	16.01	10648	2812		2809	0.084	99.9
3.68-3.98			0.068	0.065	17.72	9948	2639		2635	0.076	99.8
3.98-4.36			0.05	0.053	21.13	8996	2389		2389	0.062	100
4.36-4.87			0.045	0.046	23.82	8216	2203		2201	0.054	99.9
4.87-5.63			0.052	0.051	21.81	7193	1925		1921	0.06	99.8
5.63-6.89			0.05	0.053	21.5	6121	1636		1634	0.061	99.9
6.89-9.75			0.032	0.033	28.6	4689	1277		1275	0.039	99.8
	9.75		0.022	0.026	33.84	2432	711		698	0.031	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→71.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / WR_factor R_free: 0.2237 / WR_factor R_work: 0.1834 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8361 / SU B: 6.679 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.3749 / SU R_free: 0.2365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2477	3089	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2001	-	-	-
obs	0.2025	61007	99.72 %	-
all	-	61007	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.17 Å² / B_iso mean: 23.4422 Å² / B_iso min: 2.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0.76 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→71.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9941	0	101	670	10712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.966	13954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.032	3	16661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.157	25.074	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.147	15	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.788	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.185	1.5	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.295	2	10460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.991	3	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.203	4.5	3493

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4011	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	2	B	4011	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	3	C	4011	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	4	D	4011	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	1	A	4011	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
1	2	B	4011	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
1	3	C	4011	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
1	4	D	4011	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	1	A	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	2	B	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	D	144	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	A	144	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
2	2	B	144	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	3	D	144	TIGHT THERMAL	0.26	0.5
3	1	A	17	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
3	1	A	17	MEDIUM THERMAL	2.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2.179→2.236 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	212	-
R_work	0.247	4150	-
all	-	4362	-
obs	-	-	97.41 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)