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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i70 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / nucleoside hydrolase / Open (alpha / beta) structure / NH fold / Nucleotide metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / glycosome / purine ribonucleoside salvage / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Giannese, F. / Degano, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor 著者: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M. #1: ![]() タイトル: Transition-state complex of the purine-specific nucleoside hydrolase of T. vivax: enzyme conformational changes and implications for catalysis 著者: Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J. #2: ![]() タイトル: Structure and mechanism of the 6-oxopurine nucleosidase from Trypanosoma brucei brucei 著者: Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Purine-specific nucleoside N-ribohydrolase from Trypanosoma brucei brucei. Purification, specificity, and kinetic mechanism 著者: Parkin, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35885.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.3.2960 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 詳細: 0.2M ammonium acetate, 18% PEG3350, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon crystal,Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→72.037 Å / Num. all: 38235 / Num. obs: 38235 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 25.479 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 22.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: IAGNH-363 解像度: 1.6→72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1786 / WRfactor Rwork: 0.1394 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9075 / SU B: 2.846 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.1162 / SU Rfree: 0.0822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.34 Å2 / Biso mean: 19.1117 Å2 / Biso min: 8.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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