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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gtx | ||||||
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タイトル | D71G/E101G mutant in organophosphorus hydrolase from Deinococcus radiodurans | ||||||
要素 | Organophosphorus hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mutant / amidohydrolase / alpha-beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Hawwa, R. / Larsen, S. / Ratia, K. / Mesecar, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Structure-based and random mutagenesis approaches increase the organophosphate-degrading activity of a phosphotriesterase homologue from Deinococcus radiodurans. 著者: Hawwa, R. / Larsen, S.D. / Ratia, K. / Mesecar, A.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gtx.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gtx.ent.gz | 63.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gtx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gtx_validation.pdf.gz | 429.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gtx_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gtx_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gtx_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gtx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36487.973 Da / 分子数: 1 / 変異: D71G, E101G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: DR_0930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RVU2 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M K-Na tartrate*3H20, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.5% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | 日付: 2007年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→20 Å / Num. obs: 52402 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.659 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→20 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→20 Å
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拘束条件 |
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