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Yorodumi- PDB-4i72: Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Gua... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i72 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase in complex with Immucillin A | ||||||
Components | Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nucleoside hydrolase / open (alpha / beta) structure / NH fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / purine nucleoside catabolic process / glycosome / purine ribonucleoside salvage / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Giannese, F. / Degano, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor Authors: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006 Title: Transition-state complex of the purine-specific nucleoside hydrolase of T. vivax: enzyme conformational changes and implications for catalysis Authors: Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J. #2: Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Structure and mechanism of the 6-oxopurine nucleosidase from Trypanosoma brucei brucei Authors: Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M. #3: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1996 Title: Purine-specific nucleoside N-ribohydrolase from Trypanosoma brucei brucei. Purification, specificity, and kinetic mechanism Authors: Parkin, D.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i72.cif.gz | 147.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i72.ent.gz | 120 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i72.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i72 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36167.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.3.2960 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q57ZL6, purine nucleosidase |
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-Non-polymers , 5 types, 459 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.2 Details: 0.1M Tris, 22% PEGMME2000, 10mM NiSO4, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.933 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond (001) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→47.92 Å / Num. all: 38963 / Num. obs: 38963 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 30.344 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05→47.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2074 / WRfactor Rwork: 0.1548 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8459 / SU B: 4.846 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2279 / SU Rfree: 0.1898 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.19 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.48 Å2 / Biso mean: 32.0337 Å2 / Biso min: 17.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→47.92 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 4157 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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