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- PDB-4kcb: Crystal Structure of Exo-1,5-alpha-L-arabinanase from Bovine Rumi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kcb
タイトルCrystal Structure of Exo-1,5-alpha-L-arabinanase from Bovine Ruminal Metagenomic Library
要素Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase
キーワードHYDROLASE / beta-propeller / GH43 / glycoside hydrolase / arabinanase
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43, endo-1, 5-alpha-L-arabinosidase / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Exo-alpha-1,5-L-arabinanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Santos, C.R. / Polo, C.C. / Costa, M.C.M.F. / Nascimento, A.F.Z. / Wong, D.W.S. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanistic strategies for catalysis adopted by evolutionary distinct family 43 arabinanases.
著者: Santos, C.R. / Polo, C.C. / Costa, M.C. / Nascimento, A.F. / Meza, A.N. / Cota, J. / Hoffmam, Z.B. / Honorato, R.V. / Oliveira, P.S. / Goldman, G.H. / Gilbert, H.J. / Prade, R.A. / Ruller, R. ...著者: Santos, C.R. / Polo, C.C. / Costa, M.C. / Nascimento, A.F. / Meza, A.N. / Cota, J. / Hoffmam, Z.B. / Honorato, R.V. / Oliveira, P.S. / Goldman, G.H. / Gilbert, H.J. / Prade, R.A. / Ruller, R. / Squina, F.M. / Wong, D.W. / Murakami, M.T.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase
B: Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9265
ポリマ－100,6412
非ポリマー2853
水34219
1
A: Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4152
ポリマ－50,3201
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5103
ポリマ－50,3201
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.115, 140.115, 159.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細the biological unit is a monomer; there are 2 biological units in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase


分子量: 50320.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料)
解説: THE SAMPLE SEQUENCE WAS IDENTIFIED FROM A DNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM BOVINE RUMEN FLUID (WONG ET AL., 2008)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2XML8, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ammonium Phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111)double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 20619 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→35.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 15.203 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26656 1055 5.1 %RANDOM
Rwork0.21709 ---
obs0.21962 19562 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→35.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4864 0 15 19 4898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.9216807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7535603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55923.81252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.62815791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0261529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4551.53002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85624797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8532021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4914.52010
LS精密化 シェル解像度: 2.896→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 91 -
Rwork0.289 1402 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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