PDB-6s5u: Strictosidine Synthase from Ophiorrhiza pumila in complex with N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s5u

タイトル

Strictosidine Synthase from Ophiorrhiza pumila in complex with N-[2-(1H-Indol-3-yl)ethyl]-3-methyl-1-butanamine

要素

Strictosidine synthase

キーワード

LYASE / alkaloid / C-C bond / Pictet-Spenglerase

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase activity / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Ophiorrhiza pumila (チャボイナモリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Eger, E. / Sharma, M. / Kroutil, W. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Inverted Binding of Non-natural Substrates in Strictosidine Synthase Leads to a Switch of Stereochemical Outcome in Enzyme-Catalyzed Pictet-Spengler Reactions.
著者: Eger, E. / Simon, A. / Sharma, M. / Yang, S. / Breukelaar, W.B. / Grogan, G. / Houk, K.N. / Kroutil, W.

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s5u.cif.gz	369.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s5u.ent.gz	299 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s5u_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s5u_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	6s5u_validation.xml.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s5jC 6s5mC 6s5qC 2fp9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5glq-1 3ed1-3 1awh-2 6a8h-d 3k1u-d 2pgq-d 5mxc-d 3p6z-1 6t7h-1 3d61-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine synthase

C: Strictosidine synthase

B: Strictosidine synthase

D: Strictosidine synthase

E: Strictosidine synthase

F: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

224 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.2 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.747, 125.747, 117.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	5 - 304	5 - 304
2	1	PRO	PRO	TYR	TYR	C	B	5 - 304	5 - 304
1	2	SER	SER	TYR	TYR	A	A	4 - 304	4 - 304
2	2	SER	SER	TYR	TYR	B	C	4 - 304	4 - 304
1	3	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	5 - 304	5 - 304
2	3	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	5 - 304	5 - 304
1	4	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	5 - 303	5 - 303
2	4	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	5 - 303	5 - 303
1	5	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	5 - 304	5 - 304
2	5	PRO	PRO	TYR	TYR	F	F	5 - 304	5 - 304
1	6	PRO	PRO	ASN	ASN	C	B	5 - 303	5 - 303
2	6	PRO	PRO	ASN	ASN	B	C	5 - 303	5 - 303
1	7	PRO	PRO	LYS	LYS	C	B	5 - 305	5 - 305
2	7	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	5 - 305	5 - 305
1	8	PRO	PRO	ASN	ASN	C	B	5 - 303	5 - 303
2	8	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	5 - 303	5 - 303
1	9	PRO	PRO	LYS	LYS	C	B	5 - 305	5 - 305
2	9	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	5 - 305	5 - 305
1	10	PRO	PRO	ASN	ASN	B	C	5 - 303	5 - 303
2	10	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	5 - 303	5 - 303
1	11	PRO	PRO	TYR	TYR	B	C	5 - 304	5 - 304
2	11	PRO	PRO	TYR	TYR	E	E	5 - 304	5 - 304
1	12	PRO	PRO	ASN	ASN	B	C	5 - 303	5 - 303
2	12	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	5 - 303	5 - 303
1	13	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	5 - 303	5 - 303
2	13	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	5 - 303	5 - 303
1	14	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	5 - 305	5 - 305
2	14	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	5 - 305	5 - 305
1	15	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	5 - 303	5 - 303
2	15	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	5 - 303	5 - 303

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Strictosidine synthase 分子量: 36769.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ophiorrhiza pumila (チャボイナモリ) 遺伝子: str / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle / 参照: UniProt: Q94LW9
#2: 化合物	ChemComp-KWK / ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-3-methyl-butan-1-amine 分子量: 230.349 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 6000; 0.3 M MH4Cl; 0.1M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→39.9 Å / Num. obs: 133410 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.03→2.06 Å / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6658 / CC_1/2: 0.97 / R_pim(I) all: 0.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FP9

2fp9

解像度: 2.03→39.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.815 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.787 / SU B: 9.408 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.237
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3338	6605	5 %	RANDOM
R_work	0.3119	-	-	-
obs	0.313	126761	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.47 Å² / B_iso mean: 16.832 Å² / B_iso min: 0.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	-0.59 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→39.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13970	0	221	711	14902
B_iso mean	-	-	6.26	18.22	-
残基数	-	-	-	-	1805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	14613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.637	19891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.177	1.572	29766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.622	5	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.919	22.902	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.091	15	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.565	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3322

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9279	0.05
1	2	C	9279	0.05
2	1	A	9232	0.05
2	2	B	9232	0.05
3	1	A	9285	0.05
3	2	D	9285	0.05
4	1	A	9222	0.05
4	2	E	9222	0.05
5	1	A	9251	0.06
5	2	F	9251	0.06
6	1	C	9143	0.05
6	2	B	9143	0.05
7	1	C	9226	0.06
7	2	D	9226	0.06
8	1	C	9192	0.05
8	2	E	9192	0.05
9	1	C	9212	0.06
9	2	F	9212	0.06
10	1	B	9142	0.05
10	2	D	9142	0.05
11	1	B	9129	0.06
11	2	E	9129	0.06
12	1	B	9186	0.05
12	2	F	9186	0.05
13	1	D	9241	0.05
13	2	E	9241	0.05
14	1	D	9355	0.04
14	2	F	9355	0.04
15	1	E	9211	0.05
15	2	F	9211	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.083 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	418	-
R_work	0.345	9470	-
all	-	9888	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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