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- PDB-4i08: Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i08
タイトルCrystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG) from Vibrio cholerae in complex with NADPH
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / FabG / Rossmann fold / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / short chain dehydrogenase / NADP(H)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.063 Å
データ登録者Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Osinski, T. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.
履歴
登録2012年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,29216
ポリマ－52,7162
非ポリマー2,57614
水2,306128
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,58432
ポリマ－105,4324
非ポリマー5,15128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
Buried area22630 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.941, 63.941, 190.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 248 / Label seq-ID: 5 - 251

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta- ...3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase


分子量: 26358.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: fabG, VC2021, VC_2021 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9KQH7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 2.7M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl, 2% PEG400, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.6 % / Av σ(I) over netI: 26.95 / 数: 151910 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 3.18 / D res high: 2.06 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27006 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.595099.910.0495.1846.1
4.445.5999.910.0552.8176
3.884.4499.910.0765.1085.7
3.523.8899.810.0622.8565.7
3.273.5299.910.0853.4635.6
3.083.2710010.0871.9665.7
2.923.0899.910.112.2885.6
2.82.9210010.1311.6065.6
2.692.810010.1511.4495.7
2.62.6999.910.2983.9085.6
2.512.699.910.2412.3065.7
2.442.5199.810.1991.3245.7
2.382.4410010.2761.5955.7
2.322.3899.910.3432.8895.6
2.272.3299.810.4072.6795.6
2.222.2710010.4983.6185.7
2.172.2210010.5163.4995.6
2.132.1710010.5484.9535.5
2.12.1399.910.4831.1245
2.062.110010.8119.724.9
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.52
11K, H, -L20.48
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 27006 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 3.18 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.06-2.14.90.81113249.721100
2.1-2.1350.48313841.124199.9
2.13-2.175.50.54813264.9531100
2.17-2.225.60.51613373.4991100
2.22-2.275.70.49813613.6181100
2.27-2.325.60.40713202.679199.8
2.32-2.385.60.34313662.889199.9
2.38-2.445.70.27613631.5951100
2.44-2.515.70.19913231.324199.8
2.51-2.65.70.24113552.306199.9
2.6-2.695.60.29813343.908199.9
2.69-2.85.70.15113491.4491100
2.8-2.925.60.13113681.6061100
2.92-3.085.60.1113362.288199.9
3.08-3.275.70.08713411.9661100
3.27-3.525.60.08513723.463199.9
3.52-3.885.70.06213292.856199.8
3.88-4.445.70.07613645.108199.9
4.44-5.5960.05513582.817199.9
5.59-506.10.04913965.184199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RRO

3rro


解像度: 2.063→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 1330 4.9 %RANDOM
Rwork0.1526 ---
obs0.1535 26944 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.98 Å2 / Biso mean: 38.6873 Å2 / Biso min: 16.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.87 Å20 Å20 Å2
2--11.87 Å20 Å2
3----23.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.063→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 154 128 3828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3432.0115063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82538213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8045486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33124.599137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03615619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7491525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02791
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14329 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.063→2.117 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 95 -
Rwork0.208 1851 -
all-1946 -
obs--98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48720.62510.03591.07491.19913.7432-0.0232-0.03250.1218-0.04850.2037-0.2123-0.03170.1087-0.18040.0811-0.04310.00750.1180.00010.17686.85-13.3812.357
21.6960.9292-0.1441.4179-0.35141.1376-0.21880.30450.1212-0.13080.1649-0.0675-0.23470.15620.05390.1215-0.06980.0170.14510.00840.1302-2.673-16.074-9.556
31.39530.59810.11370.4313-0.2370.5171-0.04870.1465-0.07-0.04830.0621-0.0343-0.010.0428-0.01340.0774-0.0186-0.00110.104-0.0080.1542-6.532-26.452-0.79
41.46730.7165-0.63431.29690.46361.01720.08570.14970.2154-0.00710.00790.0677-0.1595-0.0505-0.09360.0952-0.00760.00350.09030.04270.14-7.855-14.3689.816
52.92980.9807-0.96132.0072-0.18722.2571-0.0106-0.03010.11520.0990.063-0.2696-0.11190.1148-0.05240.1033-0.0531-0.03690.0646-0.0030.18117.811-14.99727.79
61.95080.64560.79970.97220.20371.15710.1347-0.2443-0.0520.2313-0.1654-0.1131-0.04520.08710.03080.169-0.0528-0.03690.0888-0.00310.11370.754-21.77439.808
70.99030.5775-0.05150.4168-0.17880.58020.0943-0.0649-0.01460.1618-0.0681-0.0235-0.09640.002-0.02620.1949-0.0477-0.02880.03840.00650.1556-7.563-23.42829.159
80.81730.03920.15811.30160.57950.32430.05350.0981-0.06260.0936-0.0366-0.08990.00330.0439-0.01680.1009-0.0322-0.02640.06910.00840.1528-0.507-24.90917.864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4A176 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6B40 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7B107 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8B206 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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