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- PDB-4hdo: Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hdo
タイトルCrystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードSIGNALING PROTEIN / RA binding motif / PTB fold / GTPase / GTP / Rap effector / Rap1 / HEG1 / Cell-cell junctions / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation ...Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / negative regulation of endothelial cell migration / azurophil granule membrane / regulation of establishment of cell polarity / small GTPase-mediated signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of endothelial cell proliferation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / lipid droplet / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cell redox homeostasis / negative regulation of angiogenesis / cellular response to cAMP / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / G protein activity / angiogenesis / microtubule binding / cytoskeleton / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1 ankyrin-repeats domain / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / Acyl-CoA Binding Protein - #10 ...KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1 ankyrin-repeats domain / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Krev interaction trapped protein 1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Gingras, A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Structure of the Ternary Complex of Krev Interaction Trapped 1 (KRIT1) Bound to Both the Rap1 GTPase and the Heart of Glass (HEG1) Cytoplasmic Tail.
著者: Gingras, A.R. / Puzon-McLaughlin, W. / Ginsberg, M.H.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krev interaction trapped protein 1
B: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0315
ポリマ－56,3932
非ポリマー6393
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.850, 77.750, 58.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Krev interaction trapped protein 1 / KRIT1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 37372.348 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain (UNP residues 417-736) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRIT1, CCM1 / プラスミド: pLEICS-07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: O00522
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / Rap1B / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / プラスミド: pTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P61224

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非ポリマー , 4種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 57913 / Num. obs: 57913 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 31.27
反射 シェル解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique all: 21549 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
dlsbeamline softwareデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C1Y

1c1y


解像度: 1.67→32.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.1 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23142 2896 5 %RANDOM
Rwork0.21153 ---
all0.21253 ---
obs0.21253 55017 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20.32 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3830 0 39 268 4137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.023976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.9745379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76836653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02224.817191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61915744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3671522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.715 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 161 -
Rwork0.28 3061 -
obs--73.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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