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万見
- PDB-6oq3: Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oq3
タイトルCrystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi2
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードCELL ADHESION / Complex / Small molecules / GTPase / KRIT1
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / integrin activation ...Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / integrin activation / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of establishment of cell polarity / azurophil granule membrane / small GTPase-mediated signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of endothelial cell proliferation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to cAMP / lipid droplet / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cell redox homeostasis / negative regulation of angiogenesis / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / G protein activity / microtubule binding / angiogenesis / cytoskeleton / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein ...KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Krev interaction trapped protein 1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gingras, A.R.
引用ジャーナル: Faseb Bioadv / 年: 2021
タイトル: Inhibition of the HEG1-KRIT1 interaction increases KLF4 and KLF2 expression in endothelial cells
著者: Lopez-Ramirez, M.A. / McCurdy, S. / Li, W. / Haynes, M.K. / Hale, P. / Francisco, K. / Oukoloff, K. / Bautista, M. / Choi, C.H. / Sun, H. / Gongol, B. / Shyy, J.Y. / Ballatore, C. / Sklar, L.A. / Gingras, A.R.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krev interaction trapped protein 1
B: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1125
ポリマ－56,3932
非ポリマー7193
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.110, 76.830, 58.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.281, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Krev interaction trapped protein 1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 37372.348 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRIT1, CCM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00522
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61224

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非ポリマー , 4種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-7WO / 2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde / 2-ヒドロキシ-1-ナフトアルデヒド


分子量: 172.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.4 Å / Num. obs: 42373 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.78 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.49
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.406 / Num. unique obs: 6656 / CC1/2: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hdo

4hdo


解像度: 1.85→46.374 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.228 / SU B: 7.648 / SU ML: 0.202 / Average fsc free: 0.6882 / Average fsc work: 0.7082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 2119 5.001 %
Rwork0.2444 40254 -
all0.247 --
obs-42373 98.592 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.026 Å20 Å2-0.073 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3835 0 46 33 3914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0123981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.6375387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7565478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55423.412211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.14115741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2751521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2510.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.4460.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4315.0771900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1657.5962370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3275.3562081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9027.9033013
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.27667.8826031
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.5421540.53929250.53931440.1090.12397.93260.442
1.898-1.950.5221520.48728950.48931020.320.34698.2270.363
1.95-2.0060.4661470.43727960.43829940.3410.3998.29660.329
2.006-2.0680.3931430.39827060.39828970.5710.57398.34310.313
2.068-2.1360.3611400.3626660.3628520.620.61998.38710.285
2.136-2.210.3641340.33225490.33427160.6890.7198.7850.279
2.21-2.2940.3481300.31224650.31426300.7910.898.66920.257
2.294-2.3870.3371250.28323670.28625220.8270.84498.81050.229
2.387-2.4930.3151210.27223030.27424510.8470.86998.89840.23
2.493-2.6140.3271150.27621940.27923260.8240.87599.26910.225
2.614-2.7550.3141110.27921010.28122300.8630.87799.19280.233
2.755-2.9220.3661040.2819780.28420980.8370.86799.23740.24
2.922-3.1220.344970.24918340.25419520.8690.89998.92420.228
3.122-3.3710.289920.24917480.2518560.8680.89999.13790.238
3.371-3.6910.295840.22816100.23117030.8980.92599.47150.231
3.691-4.1240.218770.18814490.1915400.9460.94999.09090.202
4.124-4.7550.209670.16212910.16513680.9520.96199.2690.185
4.755-5.8090.215580.17910910.18111570.9530.95999.30860.207
5.809-8.1510.251450.1788600.1829110.9390.95699.34140.205
8.151-46.3740.236230.1724260.1755270.9420.96185.19920.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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