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- PDB-4gho: Crystal Structure Analysis of Streptomyces aureofaciens Ribonucle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gho
タイトルCrystal Structure Analysis of Streptomyces aureofaciens Ribonuclease S24A mutant
要素Guanyl-specific ribonuclease Sa
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Alpha helix / three-stranded beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sevcik, J. / Urbanikova, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Contribution of hydrogen bonds to protein stability
著者: Pace, C.N. / Fu, H. / Fryar, K.L. / Landua, J. / Trevino, S.R. / Schell, D. / Thurlkill, R.L. / Imura, S. / Scholtz, J.M. / Gajiwala, K. / Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Myers, J.K. / Takano, ...著者: Pace, C.N. / Fu, H. / Fryar, K.L. / Landua, J. / Trevino, S.R. / Schell, D. / Thurlkill, R.L. / Imura, S. / Scholtz, J.M. / Gajiwala, K. / Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Myers, J.K. / Takano, K. / Hebert, E.J. / Shirley, B.A. / Grimsley, G.R.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease Sa
B: Guanyl-specific ribonuclease Sa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2293
ポリマ－21,1332
非ポリマー961
水6,143341
1
A: Guanyl-specific ribonuclease Sa
ヘテロ分子

B: Guanyl-specific ribonuclease Sa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2293
ポリマ－21,1332
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y+1/2,-z-1/21
Buried area920 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.918, 64.693, 78.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Guanyl-specific ribonuclease Sa / RNase Sa


分子量: 10566.492 Da / 分子数: 2 / 変異: S24A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
遺伝子: rnaSA, U39467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.7M ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.834 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 99693 / Num. obs: 80959 / % possible obs: 98.2 %
反射 シェル解像度: 1.1→1.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2619 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RGG

1rgg


解像度: 1.1→14.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.576 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11701 3991 5 %RANDOM
Rwork0.09694 ---
obs0.09793 80959 98.24 %-
all-99693 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→14.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 5 341 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0280.021527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.141.962094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6593.0032360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3545190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.77323.88972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62215211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.021159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3620.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.732499
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.12584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.55752721
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 279 -
Rwork0.157 5117 -
obs--96.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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