PDB-4frw: Crystal structure of human nectin-4 extracellular fragment D1-D2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4frw

タイトル

Crystal structure of human nectin-4 extracellular fragment D1-D2

要素

Poliovirus receptor-related protein 4

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin-like domain / Ig domain / viral entry receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

Nectin/Necl trans heterodimerization / Adherens junctions interactions / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / adherens junction / virus receptor activity / receptor ligand activity / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Harrison, O.J. / Jin, X. / Brasch, J. / Shapiro, L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Nectin ectodomain structures reveal a canonical adhesive interface.
著者: Harrison, O.J. / Vendome, J. / Brasch, J. / Jin, X. / Hong, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Troyanovsky, S.M. / Honig, B. / Shapiro, L.

履歴

登録	2012年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月5日	Group: Database references
改定 1.2	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4frw.ent.gz	399.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4frw_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4frw_full_validation.pdf.gz	530.4 KB	表示
XML形式データ	4frw_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	4frw_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4fmfC 4fmkC 4fn0C 4fomC 4fqpC 4fs0C 3alpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fn0-2 2ikb-d 2z0n-1 3kbt-2 3kbu-2 2q12-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (6)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
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#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (3)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Poliovirus receptor-related protein 4

B: Poliovirus receptor-related protein 4

C: Poliovirus receptor-related protein 4

D: Poliovirus receptor-related protein 4

E: Poliovirus receptor-related protein 4

F: Poliovirus receptor-related protein 4

141 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Poliovirus receptor-related protein 4

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Poliovirus receptor-related protein 4

C: Poliovirus receptor-related protein 4

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Poliovirus receptor-related protein 4

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Poliovirus receptor-related protein 4

F: Poliovirus receptor-related protein 4

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.971, 142.809, 341.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	32 - 243	1 - 212
2	1	GLY	GLY	SER	SER	B	B	32 - 243	1 - 212
1	2	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	32 - 241	1 - 210
2	2	GLY	GLY	HIS	HIS	C	C	32 - 241	1 - 210
1	3	GLU	GLU	SER	SER	A	A	33 - 243	2 - 212
2	3	GLU	GLU	SER	SER	D	D	33 - 243	2 - 212
1	4	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	34 - 240	3 - 209
2	4	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	34 - 240	3 - 209
1	5	THR	THR	HIS	HIS	A	A	36 - 245	5 - 214
2	5	THR	THR	HIS	HIS	F	F	36 - 245	5 - 214
1	6	GLY	GLY	HIS	HIS	B	B	32 - 241	1 - 210
2	6	GLY	GLY	HIS	HIS	C	C	32 - 241	1 - 210
1	7	GLU	GLU	SER	SER	B	B	33 - 243	2 - 212
2	7	GLU	GLU	SER	SER	D	D	33 - 243	2 - 212
1	8	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	34 - 240	3 - 209
2	8	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	34 - 240	3 - 209
1	9	THR	THR	HIS	HIS	B	B	36 - 244	5 - 213
2	9	THR	THR	HIS	HIS	F	F	36 - 244	5 - 213
1	10	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	33 - 241	2 - 210
2	10	GLU	GLU	HIS	HIS	D	D	33 - 241	2 - 210
1	11	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	34 - 240	3 - 209
2	11	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	34 - 240	3 - 209
1	12	THR	THR	VAL	VAL	C	C	36 - 242	5 - 211
2	12	THR	THR	VAL	VAL	F	F	36 - 242	5 - 211
1	13	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	34 - 240	3 - 209
2	13	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	34 - 240	3 - 209
1	14	THR	THR	HIS	HIS	D	D	36 - 244	5 - 213
2	14	THR	THR	HIS	HIS	F	F	36 - 244	5 - 213
1	15	THR	THR	HIS	HIS	E	E	36 - 241	5 - 210
2	15	THR	THR	HIS	HIS	F	F	36 - 241	5 - 210

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
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15

#1: タンパク質	Poliovirus receptor-related protein 4 / Nectin-4 / Ig superfamily receptor LNIR / Processed poliovirus receptor-related protein 4 分子量: 23466.201 Da / 分子数: 6 / 断片: extracellular domain (D1-D2, UNP residues 32-243) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRL4, LNIR, PRR4 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NY8
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Poliovirus receptor-related protein 4 / Nectin-4 / Ig superfamily receptor LNIR / Processed poliovirus receptor-related protein 4

分子量: 23466.201 Da / 分子数: 6 / 断片: extracellular domain (D1-D2, UNP residues 32-243) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRL4, LNIR, PRR4 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NY8

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, cryoprotectant: 30% w/v D-Trehalose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日

放射

モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 26677 / Num. obs: 26677 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3.5-3.56	5.5	2.4	0.57	1	100
3.56-3.62				1	99.6
3.62-3.69				1	100
3.69-3.77				1	99.5
3.77-3.85				1	100
3.85-3.94				1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ALP

3alp

解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.858 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.818 / SU B: 69.934 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.627 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2896	1334	5 %	RANDOM
R_work	0.25739	-	-	-
all	0.25898	26677	-	-
obs	0.25898	25301	98.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.892 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9257	0	0	0	9257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	9484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.971	12976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.068	3.003	15416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.703	5	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.906	23.721	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.622	15	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.577	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1788

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6461	0.22
1	2	B	6461	0.22
2	1	A	6243	0.22
2	2	C	6243	0.22
3	1	A	5848	0.25
3	2	D	5848	0.25
4	1	A	5614	0.26
4	2	E	5614	0.26
5	1	A	4625	0.28
5	2	F	4625	0.28
6	1	B	6172	0.23
6	2	C	6172	0.23
7	1	B	5869	0.24
7	2	D	5869	0.24
8	1	B	5526	0.27
8	2	E	5526	0.27
9	1	B	4612	0.28
9	2	F	4612	0.28
10	1	C	5716	0.25
10	2	D	5716	0.25
11	1	C	5557	0.26
11	2	E	5557	0.26
12	1	C	4542	0.27
12	2	F	4542	0.27
13	1	D	5324	0.27
13	2	E	5324	0.27
14	1	D	4403	0.29
14	2	F	4403	0.29
15	1	E	4385	0.29
15	2	F	4385	0.29

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.592 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	70	-
R_work	0.286	1703	-
obs	-	-	98.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3555	-1.6482	3.9156	7.6379	-7.353	9.1616	0.038	-0.0117	-0.7603	-0.1861	-0.0086	-0.4054	0.3994	-0.182	-0.0295	0.2038	-0.1068	0.1683	0.119	-0.1728	0.5201	8.4816	44.4411	-76.0469
2	5.4327	-0.7499	2.0079	4.3744	-2.0862	7.3153	-0.303	-0.9	0.1134	0.2632	-0.2426	-0.1788	-0.0969	0.7442	0.5456	0.146	0.0696	0.0158	0.5264	0.1387	0.3656	22.6776	17.6837	-45.4274
3	2.8631	-1.0606	-4.0451	4.2227	3.208	12.539	-0.2294	0.2594	0.239	0.1644	0.223	0.6428	-0.5228	-0.1665	0.0064	0.2097	0.042	-0.0602	0.1293	0.062	0.3113	22.251	-0.0449	-79.7938
4	4.1168	0.2694	-2.2181	0.9926	-0.5259	10.0805	-0.2864	-0.8265	-0.5135	0.2482	-0.0591	-0.1815	0.5406	0.7467	0.3455	0.3369	0.1958	0.0558	0.2829	0.1693	0.4227	5.9067	7.978	-40.9559
5	6.049	4.1425	6.6865	5.4402	4.6695	8.7868	-0.0902	-0.0664	0.4313	-0.1689	-0.165	0.3044	-0.228	-0.2813	0.2551	0.2966	0.0657	0.0916	0.1867	0.0829	0.2732	21.809	10.249	-102.865
6	6.4914	0.677	-0.4707	4.1698	-1.1704	6.1746	0.1105	-1.0864	0.5421	0.3403	-0.3027	-0.4854	-0.6694	0.736	0.1923	0.3438	-0.0079	-0.0382	0.3229	-0.0211	0.319	-5.812	27.812	-129.538
7	5.4857	2.8081	-4.3489	7.905	-4.7267	11.1196	0.3046	-0.066	-0.0076	1.0135	-0.4091	-0.2057	0.6838	0.2426	0.1044	0.587	0.0406	-0.0786	1.6385	0.475	0.5033	31.4552	3.5531	-12.0634
8	9.0329	2.4108	-3.4911	2.5715	-3.3654	10.0221	-0.0095	0.8378	0.5026	0.03	0.781	0.154	-0.7438	-1.554	-0.7715	0.312	0.3786	0.1304	1.0401	0.3488	0.5142	56.5463	21.4962	-41.7332
9	3.5438	-5.2869	4.3874	22.639	-10.0834	9.9878	0.259	-0.3361	-1.1959	-1.6383	-0.261	-0.0869	2.9966	0.1098	0.002	1.7045	0.2854	0.6423	0.7593	0.3895	1.0778	74.3331	-7.4225	-22.9677
10	3.7794	-1.9854	2.0289	7.3198	-2.9473	3.8691	-0.0149	-0.5757	1.119	0.561	0.5192	0.2985	-1.4462	-0.4588	-0.5043	1.1852	0.3382	0.5441	0.4658	-0.0537	0.7895	68.3957	32.6911	-30.149
11	3.0074	-1.0577	-3.0278	2.2803	-3.2648	13.0674	0.1579	-0.3032	0.0524	1.491	0.4285	0.0865	-3.2375	-0.265	-0.5864	3.0872	0.5401	-0.011	0.7933	-0.008	0.8186	66.107	-26.375	-4.565
12	3.4172	-0.4288	1.3372	4.401	-3.4662	3.1855	-0.5445	-0.1463	0.5673	0.5094	0.8769	1.0853	-0.7205	-0.5694	-0.3323	1.5878	0.9308	0.41	1.1703	0.3452	1.4053	48.085	-35.415	29.617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	32 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	147 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	32 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	147 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	33 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	147 - 244
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	34 - 146
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	147 - 241
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	36 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	147 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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