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- PDB-3kbu: Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kbu
タイトルCrystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative
要素
  • Ankyrin-1
  • Spectrin beta chain, erythrocyte
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / complex / spectrin / spectrin repeat / three helix bundle / ankyrin binding / disease mutation / ankyrin / ZU5 / beta sandwich / spectrin binding / cytoskeleton / membrane skeleton / Actin capping / Actin-binding / Elliptocytosis / Hereditary hemolytic anemia / Phosphoprotein / Alternative promoter usage / ANK repeat / Lipoprotein / Membrane / Sarcoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


spectrin / spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity ...spectrin / spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / actin filament capping / M band / Interaction between L1 and Ankyrins / ankyrin binding / cortical actin cytoskeleton / spectrin binding / exocytosis / axolemma / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / cytoskeleton organization / NCAM signaling for neurite out-growth / sarcoplasmic reticulum / protein localization to plasma membrane / cell projection / sarcolemma / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / cytoplasmic side of plasma membrane / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton / actin binding / ATPase binding / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / postsynapse / neuron projection / glutamatergic synapse / structural molecule activity / enzyme binding / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Spectrin, beta subunit / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain ...Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Spectrin, beta subunit / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Ankyrin repeat / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Spectrin beta chain, erythrocytic / Ankyrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ipsaro, J.J. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2010
タイトル: Structural basis for spectrin recognition by ankyrin.
著者: Ipsaro, J.J. / Mondragon, A.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin beta chain, erythrocyte
B: Spectrin beta chain, erythrocyte
C: Ankyrin-1
D: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,81512
ポリマ－110,2104
非ポリマー1,6058
水00
1
A: Spectrin beta chain, erythrocyte
D: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9076
ポリマ－55,1052
非ポリマー8024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA
2
B: Spectrin beta chain, erythrocyte
C: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9076
ポリマ－55,1052
非ポリマー8024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.130, 98.540, 137.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14C
24D
15C
25D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1587 - 1691
2112B1587 - 1691
1122A1692 - 1800
2122B1692 - 1800
1132A1801 - 1889
2132B1801 - 1889
1142C910 - 1000
2142D910 - 1000
1152C1006 - 1068
2152D1006 - 1068

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質 Spectrin beta chain, erythrocyte / Beta-I spectrin


分子量: 37219.352 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1583-1906 / 変異: E1680C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTB, SPTB1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11277
#2: タンパク質 Ankyrin-1 / Erythrocyte ankyrin / Ankyrin-R


分子量: 17885.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 911-1068 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANK, ANK1 / プラスミド: pICANTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P16157
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
配列の詳細EL TO DV SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P16157

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日
放射モノクロメーター: Diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 32653 / Num. obs: 32570 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB entries 3F57, 3F59

3f57

3f59


解像度: 2.75→37.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 30.686 / SU ML: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.108 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27724 1676 5.2 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.22797 30815 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7117 0 8 0 7125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.969768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6486.7982771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17724.032377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.195151297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3061567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9381.5477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0252757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2943305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3014.5298
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A420TIGHT POSITIONAL0.120.05
1A434MEDIUM POSITIONAL0.120.5
1A420TIGHT THERMAL0.230.5
1A434MEDIUM THERMAL0.252
2A436TIGHT POSITIONAL0.070.05
2A448MEDIUM POSITIONAL0.10.5
2A436TIGHT THERMAL0.260.5
2A448MEDIUM THERMAL0.242
3A272TIGHT POSITIONAL0.050.05
3A281MEDIUM POSITIONAL0.070.5
3A272TIGHT THERMAL0.150.5
3A281MEDIUM THERMAL0.162
4C352TIGHT POSITIONAL0.080.05
4C303MEDIUM POSITIONAL0.090.5
4C352TIGHT THERMAL0.220.5
4C303MEDIUM THERMAL0.232
5C244TIGHT POSITIONAL0.070.05
5C255MEDIUM POSITIONAL0.080.5
5C244TIGHT THERMAL0.150.5
5C255MEDIUM THERMAL0.162
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 140 -
Rwork0.307 2207 -
obs-2347 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5532-4.53830.622213.4582-1.7241.0931-0.08130.1144-0.144-0.16710.0979-0.462-0.03690.1522-0.01650.0357-0.00420.05880.1821-0.01070.125620.647-23.27128.058
21.9717-1.1211-0.013815.2353-5.90623.3044-0.3505-0.02920.39160.29940.2238-0.1292-0.23480.0060.12660.3804-0.0034-0.16110.13670.03220.124411.40122.0087.381
31.0742.62310.054212.58622.47233.98550.01550.05920.35940.11860.3563-0.5176-0.73970.3131-0.37180.6621-0.0206-0.20790.39170.2630.779810.61859.946-8.73
413.3607-3.48861.03543.4309-0.09822.78720.10170.2041.0277-0.2347-0.00670.3343-0.6133-0.4395-0.09490.29410.07310.00190.44810.03970.2423-45.24451.2810.241
514.2972-0.07541.40310.5059-0.58311.64680.03040.61480.0814-0.0878-0.0436-0.1030.07870.03910.01320.03410.01720.02210.07690.00620.04131.36441.35225.334
611.44023.89780.52032.3977-0.24991.53370.2984-0.02410.03840.2629-0.0613-0.0263-0.17680.1253-0.23710.09920.0735-0.00030.2586-0.09260.084943.74442.6939.856
78.04551.6535-1.25546.0405-0.45171.76380.0176-0.4736-1.59250.0669-0.3405-0.68150.6777-0.01620.3230.3009-0.04140.01150.06010.08010.37923.3419.61839.34
86.05020.35631.44068.5018-0.59212.7418-0.33420.89630.1650.16780.21680.7031-0.1347-0.05920.11730.0238-0.03360.00670.29670.06930.0849-6.94222.115-11.647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1584 - 1691
2X-RAY DIFFRACTION2A1692 - 1800
3X-RAY DIFFRACTION3A1801 - 1889
4X-RAY DIFFRACTION4B1587 - 1691
5X-RAY DIFFRACTION5B1692 - 1800
6X-RAY DIFFRACTION6B1801 - 1893
7X-RAY DIFFRACTION7C911 - 1068
8X-RAY DIFFRACTION8D910 - 1068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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