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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fmf | |||||||||
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Title | Crystal structure of human nectin-1 full ectodomain (D1-D3) | |||||||||
![]() | Poliovirus receptor-related protein 1 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / Immunoglobulin-like domain / Ig domain / viral entry receptor | |||||||||
Function / homology | ![]() Nectin/Necl trans heterodimerization / desmosome organization / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / growth cone membrane / enamel mineralization / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / virion binding / apical junction complex ...Nectin/Necl trans heterodimerization / desmosome organization / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / growth cone membrane / enamel mineralization / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / virion binding / apical junction complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / coreceptor activity / presynaptic active zone membrane / cell adhesion molecule binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / axon guidance / cell-cell adhesion / retina development in camera-type eye / virus receptor activity / iron ion transport / carbohydrate binding / cell adhesion / symbiont entry into host cell / immune response / dendrite / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Harrison, O.J. / Brasch, J. / Shapiro, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Nectin ectodomain structures reveal a canonical adhesive interface. Authors: Harrison, O.J. / Vendome, J. / Brasch, J. / Jin, X. / Hong, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Troyanovsky, S.M. / Honig, B. / Shapiro, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 492.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 410.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 50.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fmkC ![]() 4fn0C ![]() 4fomC ![]() 4fqpC ![]() 4frwC ![]() 4fs0C ![]() 3alpS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _
NCS ensembles :
|
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Components
#1: Protein | Mass: 35190.547 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: extracellular domain (D1-D3, UNP residues 31-337) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 1.8 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.4, cryoprotectant: 15% 2R,3R-butane-di-ol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→40 Å / Num. all: 35252 / Num. obs: 34857 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ALP Resolution: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 47.64 / SU ML: 0.367 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.455 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 96.238 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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