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万見
- PDB-4fmf: Crystal structure of human nectin-1 full ectodomain (D1-D3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fmf
タイトルCrystal structure of human nectin-1 full ectodomain (D1-D3)
要素Poliovirus receptor-related protein 1
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin-like domain / Ig domain / viral entry receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding ...desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding / Adherens junctions interactions / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / apical junction complex / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / axon guidance / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / cell-cell adhesion / iron ion transport / virus receptor activity / retina development in camera-type eye / carbohydrate binding / cell adhesion / immune response / symbiont entry into host cell / dendrite / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Nectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Harrison, O.J. / Brasch, J. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Nectin ectodomain structures reveal a canonical adhesive interface.
著者: Harrison, O.J. / Vendome, J. / Brasch, J. / Jin, X. / Hong, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Troyanovsky, S.M. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2012年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 1
B: Poliovirus receptor-related protein 1
C: Poliovirus receptor-related protein 1
D: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,64412
ポリマ－140,7624
非ポリマー1,8828
水724
1
A: Poliovirus receptor-related protein 1
B: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3226
ポリマ－70,3812
非ポリマー9414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
2
C: Poliovirus receptor-related protein 1
D: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3226
ポリマ－70,3812
非ポリマー9414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.288, 106.288, 334.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEAA36 - 3336 - 303
21ILEILEBB36 - 3336 - 303
12GLUGLUAA36 - 3356 - 305
22GLUGLUCC36 - 3356 - 305
13PROPROAA36 - 3376 - 307
23PROPRODD36 - 3376 - 307
14ILEILEBB36 - 3336 - 303
24ILEILECC36 - 3336 - 303
15ILEILEBB36 - 3336 - 303
25ILEILEDD36 - 3336 - 303
16GLUGLUCC36 - 3356 - 305
26GLUGLUDD36 - 3356 - 305

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Poliovirus receptor-related protein 1 / Nectin-1 / Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Herpesvirus Ig- ...Nectin-1 / Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Herpesvirus Ig-like receptor / HIgR


分子量: 35190.547 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain (D1-D3, UNP residues 31-337) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRL1, HVEC, PRR1 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15223
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1.8 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.4, cryoprotectant: 15% 2R,3R-butane-di-ol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 35252 / Num. obs: 34857 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.2-3.3142.20.51192.4
3.31-3.45198.9
3.45-3.6199.9
3.6-3.791100
3.79-4.031100
4.03-4.34199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ALP

3alp


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 47.64 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25841 1749 5 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
all0.23408 34902 --
obs0.23408 33089 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.238 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.31 Å21.66 Å2-0 Å2
2--3.31 Å2-0 Å2
3----4.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9470 0 124 4 9598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.96413380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.6033.00316078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.15951200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76924.333450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.911151601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2581564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021958
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101460.15
12B101460.15
21A104560.13
22C104560.13
31A103140.16
32D103140.16
41B102260.14
42C102260.14
51B102630.13
52D102630.13
61C103670.15
62D103670.15
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 141 -
Rwork0.313 2168 -
obs--91.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08241.6697-0.6613.8012-3.13364.0176-0.065-0.04660.01660.04560.12050.1244-0.0677-0.178-0.05560.02140.0469-0.01850.1145-0.05020.1784-22.84444.76-48.156
24.40051.68973.23462.26510.61556.5793-0.0028-0.22270.00650.19450.06180.2555-0.2734-0.4439-0.05910.07590.03710.09530.08070.0150.1515-19.83241.395-24.81
31.6009-1.3830.41073.1968-2.85853.9478-0.0205-0.0576-0.059-0.0740.09870.1677-0.0218-0.1203-0.07810.0472-0.02420.03110.0904-0.04630.2051-22.84516.639-54.125
42.053-1.2852-2.74672.74571.61637.34530.10210.21350.0225-0.186-0.07830.26860.3582-0.4545-0.02370.15310.0069-0.11560.1067-0.00840.181-19.95519.954-77.448
52.50860.4339-1.10636.7907-2.53063.44820.08760.33560.2196-0.18840.1065-0.0926-0.3697-0.0355-0.19420.1203-0.0295-0.02220.13840.00920.1511-6.70479.457-69.759
68.98372.51894.16133.40822.53065.09590.4991-0.3236-0.38820.5038-0.2248-0.50690.42160.3933-0.27440.3236-0.0292-0.03060.26850.14310.155816.9452.146-3.267
72.5618-0.78071.12556.9379-4.37345.30810.3015-0.1512-0.22480.1152-0.13030.03790.4290.0718-0.17120.1405-0.0132-0.0010.0704-0.00240.1066-6.759-18.126-32.674
87.8474-1.1327-2.73462.1850.66673.83830.17150.41130.1362-0.39090.0056-0.3713-0.16310.1696-0.1770.34450.02440.01090.27310.07750.122416.9479.428-98.888
910.81154.8056-6.26492.998-4.78328.6435-0.13471.89260.64170.17730.62020.4528-0.73790.0967-0.48561.4357-0.6291-0.08591.6980.30490.89677.308104.624-102.683
100.9803-1.47420.64452.7606-1.46170.8862-0.0663-0.83240.16380.71640.2525-0.0001-0.44520.4115-0.18632.2404-0.6781-0.613.1097-0.18451.519243.96160.17229.674
118.0276-6.07767.09045.4683-6.63859.2021-0.3371-1.5134-0.84320.36450.70960.4420.5046-0.3374-0.37260.92640.21220.00521.08440.32850.70736.527-43.987-0.265
124.4224-4.8899-3.77645.59264.78316.14880.54660.10330.354-0.42350.1497-0.32110.08841.1977-0.69631.02830.00550.29741.36730.07810.629546.4821.768-130.686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3C36 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4D36 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5A144 - 244
6X-RAY DIFFRACTION5A401 - 402
7X-RAY DIFFRACTION6B144 - 244
8X-RAY DIFFRACTION6B401 - 402
9X-RAY DIFFRACTION7C144 - 244
10X-RAY DIFFRACTION7C401 - 402
11X-RAY DIFFRACTION8D144 - 244
12X-RAY DIFFRACTION8D401 - 402
13X-RAY DIFFRACTION9A245 - 337
14X-RAY DIFFRACTION10B245 - 334
15X-RAY DIFFRACTION11C245 - 336
16X-RAY DIFFRACTION12D245 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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