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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fr8
タイトルCrystal structure of human aldehyde dehydrogenase-2 in complex with nitroglycerin
要素Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Rossmann Fold / Oxidoreductase / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / propane-1,2,3-triyl trinitrate / UREA / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lang, B.S. / Gruber, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Vascular Bioactivation of Nitroglycerin by Aldehyde Dehydrogenase-2: REACTION INTERMEDIATES REVEALED BY CRYSTALLOGRAPHY AND MASS SPECTROMETRY.
著者: Lang, B.S. / Gorren, A.C. / Oberdorfer, G. / Wenzl, M.V. / Furdui, C.M. / Poole, L.B. / Mayer, B. / Gruber, K.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,27040
ポリマ－435,7328
非ポリマー5,53832
水51,4512856
1
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,00022
ポリマ－217,8664
非ポリマー3,13418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26810 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area56910 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,27018
ポリマ－217,8664
非ポリマー2,40414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25550 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area57500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.663, 175.916, 102.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / ALDH class 2 / ALDH-E2 / ALDHI


分子量: 54466.520 Da / 分子数: 8 / 変異: E268Q, C301S, C303S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

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非ポリマー , 8種, 2888分子

#2: 化合物 ChemComp-TNG / propane-1,2,3-triyl trinitrate / nitroglycerin


分子量: 227.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N3O9
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (Bis-TRIS), 25% PEG 3350, 60 mM urea; 6.9 mM magnesium chloride, 4.6 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), 2.3 mM NAD+, 47.6 mM ...詳細: 100 mM bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (Bis-TRIS), 25% PEG 3350, 60 mM urea; 6.9 mM magnesium chloride, 4.6 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), 2.3 mM NAD+, 47.6 mM glucose, crystals have been soaked with glyceryl trinitrate (GTN), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0044 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.07 Å / Num. all: 617897 / Num. obs: 180585 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→37.069 Å / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1673 8807 5.05 %RANDOM
Rwork0.1321 ---
obs0.134 180489 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.434 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3071 Å20 Å25.3901 Å2
2---7.2233 Å20 Å2
3---5.9162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30370 0 317 2856 33543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01231634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85742931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.48211482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2380.21034700.18238523X-RAY DIFFRACTION95
2.238-2.27860.22894520.1768575X-RAY DIFFRACTION95
2.2786-2.32250.21584260.178548X-RAY DIFFRACTION95
2.3225-2.36980.19984900.17198551X-RAY DIFFRACTION94
2.3698-2.42140.22084190.16568630X-RAY DIFFRACTION95
2.4214-2.47770.20644860.16288486X-RAY DIFFRACTION95
2.4777-2.53960.21114760.16358565X-RAY DIFFRACTION95
2.5396-2.60820.18254420.1538548X-RAY DIFFRACTION95
2.6082-2.6850.20714590.15298544X-RAY DIFFRACTION95
2.685-2.77160.19544560.15528543X-RAY DIFFRACTION95
2.7716-2.87060.1754230.1458570X-RAY DIFFRACTION95
2.8706-2.98540.18624430.1418598X-RAY DIFFRACTION95
2.9854-3.12120.17765020.13368488X-RAY DIFFRACTION94
3.1212-3.28560.16894360.12398631X-RAY DIFFRACTION95
3.2856-3.49120.16074880.11668511X-RAY DIFFRACTION94
3.4912-3.76040.13844280.10988606X-RAY DIFFRACTION95
3.7604-4.13820.11884140.09848612X-RAY DIFFRACTION95
4.1382-4.73540.11374630.09278595X-RAY DIFFRACTION95
4.7354-5.960.1324470.11048634X-RAY DIFFRACTION95
5.96-32.35750.15814290.13548655X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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