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- PDB-4fqh: Crystal Structure of Fab CR9114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqh
タイトルCrystal Structure of Fab CR9114
要素
  • antibody CR9114 heavy chain
  • antibody CR9114 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / neutralizing antibodies / antibody affinity / antigens / epitope / glycosylation / hemagglutinin glycoproteins / immunoglobulin Fab fragment / influenza virus / influenza vaccines / membrane fusion
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / NITRATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dreyfus, C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses.
著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / ...著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / Mohammed Lamrani / Hans J W M Korse / Eric Geelen / Özcan Sahin / Martijn Sieuwerts / Just P J Brakenhoff / Ronald Vogels / Olive T W Li / Leo L M Poon / Malik Peiris / Wouter Koudstaal / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jaap Goudsmit / Robert H E Friesen /
要旨: Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. ...Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. However, a substantial part of the annual flu burden is caused by two cocirculating, antigenically distinct lineages of influenza B viruses. Here, we report human monoclonal antibodies, CR8033, CR8071, and CR9114, that protect mice against lethal challenge from both lineages. Antibodies CR8033 and CR8071 recognize distinct conserved epitopes in the head region of the influenza B hemagglutinin (HA), whereas CR9114 binds a conserved epitope in the HA stem and protects against lethal challenge with influenza A and B viruses. These antibodies may inform on development of monoclonal antibody-based treatments and a universal flu vaccine for all influenza A and B viruses.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody CR9114 heavy chain
L: antibody CR9114 light chain
A: antibody CR9114 heavy chain
B: antibody CR9114 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,08513
ポリマ－94,5274
非ポリマー5589
水6,503361
1
H: antibody CR9114 heavy chain
L: antibody CR9114 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6989
ポリマ－47,2632
非ポリマー4347
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
2
A: antibody CR9114 heavy chain
B: antibody CR9114 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3874
ポリマ－47,2632
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.332, 141.667, 70.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-464-

HOH

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要素

#1: 抗体 antibody CR9114 heavy chain


分子量: 24423.191 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 antibody CR9114 light chain


分子量: 22840.172 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Lambda / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M lithium nitrate, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 75 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 51891 / Num. obs: 51891 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→43.061 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 2645 5.1 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2021 51830 95.69 %-
all-51891 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.668 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2514 Å20 Å2-0 Å2
2--1.0859 Å20 Å2
3----4.3373 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6449 0 36 361 6846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2879088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9052365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.08760.33461170.2832446X-RAY DIFFRACTION91
2.0876-2.12780.30931510.26682581X-RAY DIFFRACTION97
2.1278-2.17120.3141490.2662553X-RAY DIFFRACTION97
2.1712-2.21840.33351380.26242549X-RAY DIFFRACTION96
2.2184-2.270.28761480.24842547X-RAY DIFFRACTION96
2.27-2.32680.30281300.26452562X-RAY DIFFRACTION96
2.3268-2.38970.29281470.2562530X-RAY DIFFRACTION95
2.3897-2.460.31671390.24992559X-RAY DIFFRACTION95
2.46-2.53940.32481420.25342532X-RAY DIFFRACTION95
2.5394-2.63010.31621360.25042557X-RAY DIFFRACTION95
2.6301-2.73540.25461270.23692546X-RAY DIFFRACTION94
2.7354-2.85990.30981410.2222510X-RAY DIFFRACTION94
2.8599-3.01060.29071290.21262556X-RAY DIFFRACTION94
3.0106-3.19920.27451290.2022525X-RAY DIFFRACTION93
3.1992-3.44610.23361290.1872555X-RAY DIFFRACTION94
3.4461-3.79270.25121360.16442657X-RAY DIFFRACTION97
3.7927-4.34110.16841540.14322725X-RAY DIFFRACTION100
4.3411-5.46760.15621520.13122788X-RAY DIFFRACTION100
5.4676-43.0710.21891510.17762907X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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