[日本語] English
万見
- PDB-4fq2: Crystal Structure of 10-1074 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fq2
タイトルCrystal Structure of 10-1074 Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IG FOLD / ANTI HIV / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Scharf, L. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Complex-type N-glycan recognition by potent broadly neutralizing HIV antibodies.
著者: Mouquet, H. / Scharf, L. / Euler, Z. / Liu, Y. / Eden, C. / Scheid, J.F. / Halper-Stromberg, A. / Gnanapragasam, P.N. / Spencer, D.I. / Seaman, M.S. / Schuitemaker, H. / Feizi, T. / ...著者: Mouquet, H. / Scharf, L. / Euler, Z. / Liu, Y. / Eden, C. / Scheid, J.F. / Halper-Stromberg, A. / Gnanapragasam, P.N. / Spencer, D.I. / Seaman, M.S. / Schuitemaker, H. / Feizi, T. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2012年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22021年5月19日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9806
ポリマ－49,6712
非ポリマー3084
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.383, 40.261, 84.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 26490.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23180.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, Bis-Tris HCl, NaCl, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月28日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.704→36.313 Å / Num. all: 42465 / Num. obs: 42465 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.7-1.82.30.8490.90.849180.6
1.8-1.912.80.5581.40.558198
1.91-2.042.70.3282.40.328196.2
2.04-2.22.80.23.80.2197.8
2.2-2.412.80.155.10.15196.4
2.41-2.692.80.1017.40.101197
2.69-3.112.80.06511.10.065195.3
3.11-3.812.80.03917.60.039195.2
3.81-5.392.80.02920.70.029192.6
5.39-36.3132.80.02721.30.027192.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.31 Å
Translation2.5 Å36.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.313 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 1479 4.72 %
Rwork0.1868 --
obs0.1885 31363 95.46 %
all-32856 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.373 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1653 Å20 Å2-2.7781 Å2
2--2.1845 Å2-0 Å2
3---3.9808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 20 305 3685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2344715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3791236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96130.29161350.24142719X-RAY DIFFRACTION97
1.9613-2.03140.25221340.21832722X-RAY DIFFRACTION95
2.0314-2.11280.24061370.21062743X-RAY DIFFRACTION98
2.1128-2.20890.2361340.19582735X-RAY DIFFRACTION97
2.2089-2.32530.24291340.20332706X-RAY DIFFRACTION96
2.3253-2.4710.22091340.2052694X-RAY DIFFRACTION95
2.471-2.66170.26191370.20652776X-RAY DIFFRACTION97
2.6617-2.92950.27631340.19962701X-RAY DIFFRACTION95
2.9295-3.35310.21471320.18172685X-RAY DIFFRACTION94
3.3531-4.22360.20151340.16152699X-RAY DIFFRACTION94
4.2236-36.31980.17771340.16512704X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1711-0.84690.7593.8756-0.90163.4874-0.0041-0.3207-0.13240.2058-0.0224-0.0714-0.048-0.04610.0280.1046-0.03830.01840.17470.01790.152-10.9374.0689188.2397
21.87030.13571.0620.97070.17091.8914-0.0466-0.492-0.09080.07320.05480.0922-0.1729-0.3138-0.00220.148-0.02590.06460.1680.03670.1538-2.71937.139183.3925
34.71851.75660.54745.04450.56323.80690.0219-0.68870.17850.3916-0.06730.0621-0.3649-0.36080.01290.24730.0287-0.03810.35310.02440.152716.16478.3065200.9326
45.62141.0296-0.42342.3821-0.37070.6439-0.10440.1537-0.3107-0.1140.08080.05420.0894-0.03710.02020.12760.00790.01450.0833-0.01250.10960.48927.3113166.9493
51.65680.09130.48061.8251-1.11846.86740.084-0.3261-0.16320.2137-0.0264-0.0470.1056-0.14-0.04860.1253-0.0387-0.00220.14670.01950.161828.7559-0.5033193.1756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:90 )H1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 91:138 )H91 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 139:216 )H139 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 8:105 )L8 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 106:210 )L106 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る