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- PDB-5nyg: Anbu (Gly-1) mutant from Hyphomicrobium sp. strain MC1 - SG P2(1)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyg
タイトルAnbu (Gly-1) mutant from Hyphomicrobium sp. strain MC1 - SG P2(1)2(1)2(1)
要素Anbu
キーワードHYDROLASE / Ntn-hydrolase-fold / proteasome / evolution
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP009120, proteasome-type protease, Sll0069 / proteasome core complex / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / proteolysis involved in protein catabolic process / Peptidase
機能・相同性情報
生物種Hyphomicrobium sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vielberg, M.-T. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: On the Trails of the Proteasome Fold: Structural and Functional Analysis of the Ancestral beta-Subunit Protein Anbu.
著者: Vielberg, M.T. / Bauer, V.C. / Groll, M.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anbu
B: Anbu
C: Anbu
D: Anbu
E: Anbu
F: Anbu
G: Anbu
H: Anbu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,77712
ポリマ－220,2888
非ポリマー4894
水13,619756
1
A: Anbu
E: Anbu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1943
ポリマ－55,0722
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23520 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area74380 Å2
手法PISA
3
B: Anbu
C: Anbu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1943
ポリマ－55,0722
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
4
D: Anbu
F: Anbu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1943
ポリマ－55,0722
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
5
H: Anbu
ヘテロ分子

G: Anbu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1943
ポリマ－55,0722
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-x-1,y-1/2,-z-1/21
Buried area4480 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.250, 116.300, 197.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Anbu


分子量: 27536.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyphomicrobium sp. (strain MC1) (バクテリア)
遺伝子: HYPMC_4374 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8JB59
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Di-sodium tatrate, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 92239 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NYF

5nyf


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 17.986 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.25 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24202 4603 5 %RANDOM
Rwork0.20426 ---
obs0.20614 87461 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.66 Å2-0 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14678 0 32 756 15466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01914970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.991.9520207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.813332051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31151820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75323.115777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.982152515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.14115160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.22229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.783.6757353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.783.6737348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9445.4929146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9445.4939147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6683.9177617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6683.9177617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8555.80711062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.18542.92816078
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.75642.68815931
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.823328912
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.9655476
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.958528932
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 335 -
Rwork0.271 6374 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43440.0835-0.07050.9019-0.07090.50180.0501-0.0083-0.0149-0.02320.0105-0.0755-0.02490.0358-0.06060.00780.00110.00310.08260.00070.0877-16.0126-1.854-32.3728
20.75610.21350.23091.32810.35290.72150.0241-0.1133-0.07780.0787-0.03230.08830.0606-0.04450.00820.07060.00710.06040.07980.03750.0716-61.3072-14.0243-11.0597
30.57780.2009-0.17270.8529-0.0360.62220.0065-0.14080.07420.0802-0.0133-0.0489-0.01620.07790.00680.02260.0042-0.02340.1096-0.02550.036-38.809212.268-11.9994
41.00090.30740.16310.4572-0.0850.5029-0.0529-0.12550.08610.0280.0247-0.0026-0.0622-0.07080.02830.05420.03670.01790.0841-0.02870.0395-69.281726.7276-13.5721
50.94510.25640.16770.9473-0.27160.6141-0.0176-0.0597-0.12360.18540.0004-0.03790.05880.01340.01720.09370.03670.01490.06030.03520.0414-31.6712-28.7569-15.237
60.4809-0.1850.26210.72210.41820.96620.0558-0.0805-0.0478-0.0247-0.01420.04550.1384-0.1301-0.04160.0458-0.03430.00790.0880.02060.0897-85.84010.4489-28.9634
70.7936-0.0868-0.26590.62740.18320.7415-0.07350.0831-0.0391-0.02760.02650.07830.0727-0.09990.0470.0318-0.0522-0.0040.0917-0.00180.0833-90.323915.1099-59.1388
80.6273-0.23770.25610.6051-0.09840.8904-0.05810.06060.0467-0.03050.0442-0.0496-0.08840.13340.01390.0328-0.04150.02930.0808-0.01150.0811-13.7884-16.7989-62.4848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7G0 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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