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- PDB-4fc1: Ultra-high resolution neutron structure of crambin at room-temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fc1
タイトルUltra-high resolution neutron structure of crambin at room-temperature
要素Crambin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / H/D exchange / neutron structure
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Crambin
類似検索 - 構成要素
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Kovalevsky, A.Y. / Chen, J.C.-H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Direct observation of hydrogen atom dynamics and interactions by ultrahigh resolution neutron protein crystallography.
著者: Chen, J.C. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Langan, P. / Kovalevsky, A.Y.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ..._diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7381
ポリマ－4,7381
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.795, 18.826, 41.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
参照: UniProt: P01542
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K
詳細: large crystals were obtained in 1mL crystallization drops containing 20-30mg/ml protein in 80% EtOH/H2O; the well solution was 60% EtOH/H2O; no mixing with well solution was done., VAPOR ...詳細: large crystals were obtained in 1mL crystallization drops containing 20-30mg/ml protein in 80% EtOH/H2O; the well solution was 60% EtOH/H2O; no mixing with well solution was done., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: LANSCE / ビームライン: PCS / 波長: 0.7 - 6.0
検出器タイプ: HE3 POSITION SENSITIVE DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2011年10月10日
放射モノクロメーター: NONE / プロトコル: LAUE / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
261
反射解像度: 1.1→15.18 Å / Num. obs: 11122 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 65.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PCShome softwareデータ収集
CNS精密化
nCNS精密化
SHELX精密化
d*TREKデータ削減
LAUENORMデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 554 5 %RANDOM
all0.213 11102 --
obs0.211 ---
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数327 0 0 42 369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONs_bond_d0.02
NEUTRON DIFFRACTIONs_angle_d0.028
NEUTRON DIFFRACTIONs_similar_dist
NEUTRON DIFFRACTIONs_from_restr_planes
NEUTRON DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
NEUTRON DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
NEUTRON DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
NEUTRON DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
NEUTRON DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
NEUTRON DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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