[日本語] English
万見
- PDB-4f14: Structure of the SH3 domain of human nebulette in complex with a ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f14
タイトルStructure of the SH3 domain of human nebulette in complex with a peptide of XIRP2
要素
  • Nebulette
  • Xin actin-binding repeat-containing protein 2
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN/PEPTIDE / SH3 domain / heart muscle / ACTIN-BINDING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac muscle thin filament assembly / filamin binding / regulation of actin filament organization / cell-cell junction organization / cardiac muscle tissue morphogenesis / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / I band / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / structural constituent of muscle / ventricular septum development ...cardiac muscle thin filament assembly / filamin binding / regulation of actin filament organization / cell-cell junction organization / cardiac muscle tissue morphogenesis / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / I band / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / structural constituent of muscle / ventricular septum development / tropomyosin binding / alpha-actinin binding / stress fiber / cytoskeletal protein binding / positive regulation of protein localization / actin filament organization / Z disc / actin filament binding / cell-cell junction / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Actin-binding, Xin repeat / Xin actin-binding repeat-containing protein 1/2 / Nebulette, SH3 domain / Xin repeat / Xin repeat profile. / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU ...Actin-binding, Xin repeat / Xin actin-binding repeat-containing protein 1/2 / Nebulette, SH3 domain / Xin repeat / Xin repeat profile. / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xin actin-binding repeat-containing protein 2 / Nebulette
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sauer, F. / Vahokoski, J. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2013
タイトル: Identification of Xin-repeat proteins as novel ligands of the SH3 domains of nebulin and nebulette and analysis of their interaction during myofibril formation and remodeling.
著者: Eulitz, S. / Sauer, F. / Pelissier, M.C. / Boisguerin, P. / Molt, S. / Schuld, J. / Orfanos, Z. / Kley, R.A. / Volkmer, R. / Wilmanns, M. / Kirfel, G. / van der Ven, P.F. / Furst, D.O.
履歴
登録2012年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nebulette
B: Xin actin-binding repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8733
ポリマ－8,8082
非ポリマー651
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area4340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.640, 38.420, 43.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Nebulette / Actin-binding Z-disk protein


分子量: 7354.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEBL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76041
#2: タンパク質・ペプチド Xin actin-binding repeat-containing protein 2 / Beta-xin / Cardiomyopathy-associated protein 3 / Xeplin


分子量: 1453.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A4UGR9
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM ZnCl2, 20% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 19181 / Num. obs: 18936 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.34 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 18.99
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.2-1.23198
1.23-1.26198.2
1.26-1.3198.4
1.3-1.34198.7
1.34-1.39199
1.39-1.4199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→18.491 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 12.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1705 979 5.18 %random
Rwork0.144 ---
obs0.1454 18915 98.64 %-
all-19181 --
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.358 Å2 / ksol: 0.473 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→18.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数534 0 1 104 639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.471811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.185229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.26320.20171420.19062491X-RAY DIFFRACTION98
1.2632-1.34230.19721400.16472512X-RAY DIFFRACTION99
1.3423-1.44590.17871230.13752570X-RAY DIFFRACTION99
1.4459-1.59140.15451500.1222539X-RAY DIFFRACTION100
1.5914-1.82150.14841350.11572572X-RAY DIFFRACTION99
1.8215-2.29420.15211420.11992592X-RAY DIFFRACTION99
2.2942-18.49320.18171470.16212660X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る