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Yorodumi- PDB-4z89: SH3-II of Drosophila Rim-binding protein bound to a Cacophony der... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z89 | ||||||
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Title | SH3-II of Drosophila Rim-binding protein bound to a Cacophony derived peptide | ||||||
Components |
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Keywords | RIM-BINDING PROTEIN / Synapse / Active Zone / SH3 domain / Cacophony peptide | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of membrane potential in photoreceptor cell / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle ...regulation of membrane potential in photoreceptor cell / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / cytoskeletal matrix organization at active zone / cytoskeleton of presynaptic active zone / low voltage-gated calcium channel activity / courtship behavior / male courtship behavior, veined wing generated song production / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / visual behavior / detection of light stimulus involved in visual perception / epithelial fluid transport / neuromuscular synaptic transmission / regulation of neurotransmitter secretion / high voltage-gated calcium channel activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / neurotransmitter secretion / voltage-gated calcium channel complex / neuron remodeling / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / calcium ion import across plasma membrane / exocytosis / presynaptic active zone / phototransduction / autophagosome maturation / voltage-gated calcium channel activity / regulation of heart rate / adult locomotory behavior / calcium ion transmembrane transport / calcium-mediated signaling / neuromuscular junction / autophagy / neuron cellular homeostasis / calcium ion transport / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / apical plasma membrane / calcium ion binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64 Å | ||||||
Authors | Driller, J.H. / Holton, N. / Siebert, M. / Boehme, M.A. / Wahl, M.C. / Sigrist, S.J. / Loll, B. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2015 Title: A high affinity RIM-binding protein/Aplip1 interaction prevents the formation of ectopic axonal active zones. Authors: Siebert, M. / Bohme, M.A. / Driller, J.H. / Babikir, H. / Mampell, M.M. / Rey, U. / Ramesh, N. / Matkovic, T. / Holton, N. / Reddy-Alla, S. / Gottfert, F. / Kamin, D. / Quentin, C. / ...Authors: Siebert, M. / Bohme, M.A. / Driller, J.H. / Babikir, H. / Mampell, M.M. / Rey, U. / Ramesh, N. / Matkovic, T. / Holton, N. / Reddy-Alla, S. / Gottfert, F. / Kamin, D. / Quentin, C. / Klinedinst, S. / Andlauer, T.F. / Hell, S.W. / Collins, C.A. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Sigrist, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z89.cif.gz | 321.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z89.ent.gz | 263.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4z89_validation.pdf.gz | 560.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4z89_full_validation.pdf.gz | 569.7 KB | Display | |
Data in XML | 4z89_validation.xml.gz | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4z89_validation.cif.gz | 40.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z89 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z88SC 4z8aC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 8277.036 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 1318-1382 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Rbp, Dmel_CG43073 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0B4JDC9 #2: Protein/peptide | Mass: 1646.976 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 1688-1702 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: P91645 #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Calciumacetate, 20% PEG 8000 PH range: 6.0-6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.64→50 Å / Num. obs: 25229 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.64→2.74 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Z88 Resolution: 2.64→43.868 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.55 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.64→43.868 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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