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- PDB-4z89: SH3-II of Drosophila Rim-binding protein bound to a Cacophony der... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z89 | ||||||
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Title | SH3-II of Drosophila Rim-binding protein bound to a Cacophony derived peptide | ||||||
![]() |
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![]() | RIM-BINDING PROTEIN / Synapse / Active Zone / SH3 domain / Cacophony peptide | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of membrane potential in photoreceptor cell / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle ...regulation of membrane potential in photoreceptor cell / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / cytoskeletal matrix organization at active zone / cytoskeleton of presynaptic active zone / low voltage-gated calcium channel activity / courtship behavior / male courtship behavior, veined wing generated song production / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / visual behavior / detection of light stimulus involved in visual perception / epithelial fluid transport / neuromuscular synaptic transmission / regulation of neurotransmitter secretion / high voltage-gated calcium channel activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / neurotransmitter secretion / voltage-gated calcium channel complex / neuron remodeling / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / exocytosis / presynaptic active zone / phototransduction / autophagosome maturation / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / regulation of heart rate / adult locomotory behavior / calcium-mediated signaling / calcium ion transmembrane transport / neuromuscular junction / autophagy / neuron cellular homeostasis / calcium ion transport / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Driller, J.H. / Holton, N. / Siebert, M. / Boehme, M.A. / Wahl, M.C. / Sigrist, S.J. / Loll, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A high affinity RIM-binding protein/Aplip1 interaction prevents the formation of ectopic axonal active zones. Authors: Siebert, M. / Bohme, M.A. / Driller, J.H. / Babikir, H. / Mampell, M.M. / Rey, U. / Ramesh, N. / Matkovic, T. / Holton, N. / Reddy-Alla, S. / Gottfert, F. / Kamin, D. / Quentin, C. / ...Authors: Siebert, M. / Bohme, M.A. / Driller, J.H. / Babikir, H. / Mampell, M.M. / Rey, U. / Ramesh, N. / Matkovic, T. / Holton, N. / Reddy-Alla, S. / Gottfert, F. / Kamin, D. / Quentin, C. / Klinedinst, S. / Andlauer, T.F. / Hell, S.W. / Collins, C.A. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Sigrist, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 27.8 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z88SC ![]() 4z8aC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
#1: Protein | Mass: 8277.036 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 1318-1382 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1646.976 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 1688-1702 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Calciumacetate, 20% PEG 8000 PH range: 6.0-6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.64→50 Å / Num. obs: 25229 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.64→2.74 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4Z88 Resolution: 2.64→43.868 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.55 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.64→43.868 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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