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万見
- PDB-2zbo: Crystal structure of low-redox-potential cytochrom c6 from brown ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbo
タイトルCrystal structure of low-redox-potential cytochrom c6 from brown alga Hizikia fusiformis at 1.6 A resolution
要素Cytochrome c6
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6 / redox potential / brown alga / Heme / Iron / Metal-binding / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c-553
類似検索 - 構成要素
生物種Hizikia fusiformis (ヒジキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Sirasaki, I. / Nakade, H. / Hirayama, M. / Hosikawa, K. / Suruga, K. / Satoh, T. ...Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Sirasaki, I. / Nakade, H. / Hirayama, M. / Hosikawa, K. / Suruga, K. / Satoh, T. / Yamada, S. / Unzai, S. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2008
タイトル: Cloning, expression and purification of cytochrome c(6) from the brown alga Hizikia fusiformis and complete X-ray diffraction analysis of the structure
著者: Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Hirayama, M. / Hoshikawa, K. / Unzai, S. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
C: Cytochrome c6
E: Cytochrome c6
G: Cytochrome c6
I: Cytochrome c6
K: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,01316
ポリマ－54,9306
非ポリマー4,08310
水9,728540
1
A: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8683
ポリマ－9,1551
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7712
ポリマ－9,1551
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7712
ポリマ－9,1551
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8683
ポリマ－9,1551
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8683
ポリマ－9,1551
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8683
ポリマ－9,1551
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14880 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.578, 84.578, 232.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c6


分子量: 9155.002 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hizikia fusiformis (ヒジキ) / 株: brown alga / 遺伝子: petJ / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76FN8
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1M CAPS pH 10.5, 0.2M Li2SO4, 2.2M AmSO4, 3% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 107513
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GDV

1gdv


解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20906 5347 5 %RANDOM
Rwork0.18394 ---
obs0.18518 101892 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 278 540 4652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.1175784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6495510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43627.188192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29215624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.005156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7791.52584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34524068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20831848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.314.51704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 315 -
Rwork0.231 6665 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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