PDB-4ehb: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the D129...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ehb

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the D129S mutation bound to epoxyhexane

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PDB ENTRY 3KD2 CHAIN A / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ehb.cif.gz	475.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ehb.ent.gz	406.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ehb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ehb_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ehb_full_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示
XML形式データ	4ehb_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	4ehb_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmcC 4dnfC 4dnoC 4eusC 3kd2 3kda 3pi6 4dln 4dm7 4dmf 4dmh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tnm-2 5tnl-1 5hkb-1 4dno-2 3kd2-2 5hk9-1 5tnh-1 5tnk-1 3aio-3 2fpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.430, 83.920, 88.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-594- HOH
2	1	A-612- HOH
3	1	D-691- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34136.691 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif / 変異: D129S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-0PZ / (2R)-2-butyloxirane / (R)-2-ブチルオキシラン分子量: 100.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 13% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.02M epoxyhexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→43.43 Å / Num. obs: 99966 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 7549 / R_sym value: 0.392 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: PDB ENTRY 3KD2 CHAIN A / 解像度: 1.85→43.43 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2137	4990	4.99 %	thin shells
R_work	0.1771	-	-	-
obs	0.1789	99957	96.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.4 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8184 Å²	-0 Å²	-0.2477 Å²
2-	-	-2.3618 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.1802 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9464	0	28	1059	10551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	13600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.263	3710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8711	0.2971	249	0.2377	3018	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8711-1.8931	10000000	0	0.234	3250	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8931-1.9162	0.3008	248	0.2282	3053	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9162-1.9404	0.2669	244	0.2115	3065	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9404-1.9659	10000000	0	0.1927	3264	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9659-1.9929	0.2582	247	0.1936	3057	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9929-2.0214	0.2561	252	0.185	3041	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0214-2.0515	10000000	0	0.1862	3280	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0515-2.0836	0.2257	248	0.1807	3071	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0836-2.1177	0.2249	251	0.1743	3036	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1177-2.1543	10000000	0	0.1737	3325	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1543-2.1934	0.2186	252	0.1741	3056	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1934-2.2356	0.2558	253	0.1773	3065	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2356-2.2812	10000000	0	0.1803	3345	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2812-2.3308	0.2369	250	0.172	3057	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3308-2.3851	0.241	248	0.183	3048	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3851-2.4447	10000000	0	0.1757	3335	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4447-2.5108	0.2305	249	0.1773	3069	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5108-2.5847	0.2212	251	0.1707	3088	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5847-2.6681	10000000	0	0.1741	3379	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6681-2.7634	0.2099	249	0.1729	3086	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7634-2.874	0.2129	248	0.1731	3105	X-RAY DIFFRACTION	97
2.874-3.0048	10000000	0	0.1763	3344	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0048-3.1632	0.21	250	0.1741	3148	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1632-3.3613	0.1871	248	0.1698	3105	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3613-3.6207	10000000	0	0.1693	3383	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6207-3.9849	0.1881	256	0.1682	3129	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9849-4.5609	0.1484	251	0.142	3146	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5609-5.7442	10000000	0	0.1524	3398	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7442-43.4416	0.2064	246	0.2258	3221	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1867	-0.0235	0.0748	0.1354	-0.0205	0.1715	0.0177	0.0229	-0.0405	-0.0028	-0.0211	-0.0143	0.032	0.0317	0.0016	0.0502	-0.0075	-0.0028	0.0493	0	0.0291	21.9805	12.1571	-27.0419
2	0.0401	0.0216	-0.0034	0.0623	0.0144	0.0397	-0.0039	-0.0079	0.045	0.005	0.0065	-0.0137	-0.0155	0.0046	0.0061	0.0561	-0.053	-0.0185	0.0544	-0.0019	0.068	30.7884	51.8044	-15.4811
3	0.1058	0.0132	0.0171	0.15	0.0106	0.1282	0.0159	0.0106	0.0479	-0.004	-0.0282	0.0333	-0.0222	-0.0084	0.0064	0.046	-0.0096	0.0117	0.0396	0.0007	0.0441	-5.8606	44.8752	-27.0292
4	0.0723	0.0271	-0.0279	0.087	-0.024	0.0248	-0.0006	-0.0079	-0.0067	0.0034	0.0104	0.0319	0.0091	0.0003	0.0309	0.057	-0.0478	0.0079	0.0537	0.0091	0.0314	-14.7774	5.3269	-15.5223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:319)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:321)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:321)

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