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- PDB-4ebq: Fab structure of anti-Vaccinia virus D8L antigen mouse IgG2a LA5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ebq
タイトルFab structure of anti-Vaccinia virus D8L antigen mouse IgG2a LA5
要素(anti-Vaccinia D8L antigen monoclonal IgG2a antibody LA5, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / variable domain / constant domain / CDR / hypervariable region / neutralizing antibody / vaccinia virus / D8L envelope protein / conformational epitope / discontinuous epitope / D8L antigen binding / neutralizing mAb in presence of complement / D8L vaccinia envelope protein / papain treatment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Matho, M.H. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Vaccinia Virus Envelope Protein D8 and Its Recognition by the Antibody LA5.
著者: Matho, M.H. / Maybeno, M. / Benhnia, M.R. / Becker, D. / Meng, X. / Xiang, Y. / Crotty, S. / Peters, B. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-Vaccinia D8L antigen monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain
L: anti-Vaccinia D8L antigen monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7008
ポリマ－47,3172
非ポリマー3826
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.190, 93.360, 135.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 anti-Vaccinia D8L antigen monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain


分子量: 23967.729 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells / Cell: Hybridoma / 遺伝子: IgG2a, VAR-gene, heavy chain
#2: 抗体 anti-Vaccinia D8L antigen monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain


分子量: 23349.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells / Cell: Hybridoma / 遺伝子: IgG2a, VAR-gene, light chain

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非ポリマー , 5種, 416分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% w/v PEG3000, 100 mM phosphate/citrate, 200 mM sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.100002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.100002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→135.96 Å / Num. all: 60567 / Num. obs: 59711 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.695.10.3232.44243883310.32393.8
1.69-1.795.20.2113.64155780440.21195.3
1.79-1.915.40.1455.14115576520.14596.5
1.91-2.075.60.0987.24029772430.09898.1
2.07-2.265.80.0857.63860666940.08597.3
2.26-2.535.90.06310.63597761200.06398.9
2.53-2.925.60.049133040354240.04998.1
2.92-3.585.90.03616.12623944170.03693.9
3.58-5.066.10.0319.82227436740.0399.3
5.06-31.125.60.02621.61179921120.02697.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.29 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.34 Å
Translation2.5 Å30.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NSN

1nsn


解像度: 1.6→31.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2287 / WRfactor Rwork: 0.1982 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8502 / SU B: 4.183 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.0992 / SU Rfree: 0.0979 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 3019 5.1 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.1998 59691 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.77 Å2 / Biso mean: 24.4607 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 21 410 3709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9554817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5415464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38323.852135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22115558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.52220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06723627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78531294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4944.51176
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 224 -
Rwork0.272 3988 -
all-4212 -
obs--92.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53070.1149-0.21032.12711.01944.9012-0.1205-0.0906-0.14850.28140.10680.0380.43630.01420.01360.1890.03940.05960.11590.03410.114-26.228-7.56156.803
22.97662.0824-1.39333.566-1.33242.4045-0.03980.0490.02460.0197-0.0398-0.0480.07790.03530.07960.00750.01010.00310.044-0.00510.0647-8.268-4.59527.672
30.95460.6013-1.84884.5545-2.59764.3359-0.0544-0.02620.05030.47170.22690.2946-0.1972-0.1763-0.17240.14710.07360.05780.12770.01450.1287-31.60912.74650.52
41.5562-1.1355-1.34923.08392.04283.85240.04220.21460.0085-0.0344-0.11070.10360.0547-0.26370.06850.0069-0.00470.00220.06930.01960.0738-18.2273.81820.953
55.3283-3.0686-2.638811.95514.96648.12560.21760.52350.0977-0.4644-0.1617-0.1095-0.0363-0.3812-0.05590.04930.0053-0.01870.18050.03720.033-15.7083.0678.672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2H116 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3L2 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4L110 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5L187 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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