PDB-4dta: Crystal Structure of F95M Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dta

タイトル

Crystal Structure of F95M Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa in Complex with Adenosine

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Shi, K. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Dual Nucleotide Selectivity of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Provides Insight on Determinants of Nucleotide Specificity of Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2012年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dta.cif.gz	253 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dta.ent.gz	207 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dta_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dta_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4dta_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	4dta_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dt8C 4dt9C 4dtbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4de4-1 4dt9-1 6cd7-1 3sg8-2 3sg9-2 6nxj-2 4de4-2 5c4l-1 3kta-2 4dfu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.113, 101.055, 73.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 36480.570 Da / 分子数: 2 / 変異: F95M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, 150mM potassium nitrate, 17% PEG 3350, 6% 2-propanol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月5日
放射	モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 23845 / Num. obs: 23821 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 19.081 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.539 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25744	1280	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19798	-	-	-
all	0.20119	23821	-	-
obs	0.20119	23821	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.159 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	0 Å²	-1.06 Å²
2-	-	-2.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4843	0	38	88	4969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.973	6805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.349	5	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.417	25.161	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.004	15	895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.627	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	81	-
R_work	0.234	1688	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8364	0.0684	3.3455	0.3436	-1.0465	6.7761	0.1306	0.1404	-0.0768	-0.0886	-0.1039	-0.002	0.1945	0.6146	-0.0267	0.2016	-0.0415	-0.0153	0.141	0.012	0.1201	16.5234	-5.718	20.5093
2	2.5011	-0.3189	-0.802	0.6945	0.4976	0.5216	0.005	-0.0577	-0.0922	0.026	0.0245	-0.0218	0.0234	-0.0192	-0.0296	0.1018	-0.0039	-0.0319	0.1328	0.0307	0.1134	4.9801	-10.1081	24.8856
3	1.607	0.5799	0.4131	3.7444	2.0963	4.3223	0.0421	0.1653	-0.0153	-0.0389	-0.0407	0.144	-0.0401	0.1238	-0.0014	0.0602	0.0041	-0.0157	0.0706	0.0121	0.0909	-9.5911	-9.1378	37.5672
4	5.6238	-2.4933	2.6037	3.3795	-1.3659	1.4679	0.0255	0.0995	-0.1563	-0.0817	0.0316	0.2513	-0.0704	0.1221	-0.0572	0.1566	0.0038	-0.0082	0.0809	-0.0058	0.1177	-4.2928	-39.1059	37.7631
5	1.1468	0.7343	-0.0596	3.9222	1.1616	1.6986	-0.1002	0.0254	0.0004	-0.0544	0.1294	-0.0118	-0.0214	0.1955	-0.0292	0.0468	0.019	-0.0193	0.11	0.0137	0.0848	-5.9764	-10.6783	35.7707
6	2.9589	0.8892	2.0204	5.8711	0.948	3.3489	0.3877	-0.3382	-0.1612	0.7073	-0.3952	-0.0286	0.2918	-0.1385	0.0074	0.1559	-0.0386	0.0029	0.1185	0.0386	0.0539	-11.683	-15.2196	44.7085
7	5.5383	-3.4091	-0.8997	5.7468	0.3252	0.18	-0.2659	-0.337	-0.1195	0.3515	0.2252	-0.1586	-0.0056	0.019	0.0407	0.2379	-0.0025	0.0026	0.1318	-0.0216	0.0243	-0.369	-29.3694	42.3717
8	25.4929	-11.2991	5.9959	5.7976	-2.0796	1.8521	-0.3916	-0.9109	1.6353	1.0198	0.6047	-1.5549	0.5674	0.0602	-0.2131	1.0283	0.3118	-0.8236	0.6601	-0.105	1.1741	19.2467	-43.8172	23.3845
9	1.4779	0.194	0.3241	2.3918	0.7562	0.8869	0.0205	0.0119	0.0486	0.0102	-0.0441	-0.3243	0.1909	0.0546	0.0236	0.1842	0.0173	0.0447	0.0567	0.0198	0.1184	8.9843	-40.7875	15.4011
10	2.0297	-0.4969	-0.9665	2.9243	1.4858	4.1243	0.1359	0.1398	-0.1906	0.1044	-0.0914	0.3136	-0.1312	-0.0242	-0.0445	0.1249	-0.0411	0.0295	0.0458	-0.0178	0.0822	-0.8646	-43.526	-1.3713
11	3.9597	1.0814	-1.06	3.2708	-0.2659	1.2241	-0.123	-0.0186	0.1367	-0.0567	0.086	0.4086	0.0991	0.2066	0.0369	0.2131	0.0297	0.0274	0.0541	0.015	0.0844	0.7214	-12.7021	-0.3531
12	1.4939	-2.2977	0.1081	6.4275	2.076	2.2446	0.0569	-0.0095	-0.0645	0.2172	0.0352	-0.0333	-0.0682	0.1606	-0.0921	0.2615	-0.0668	0.0063	0.078	0.0046	0.0495	1.7456	-41.052	1.6611
13	2.7141	2.0331	0.4938	5.8761	1.1763	1.927	0.0256	0.531	0.056	-0.2638	0.1349	-0.0838	-0.4122	-0.0307	-0.1606	0.2627	0.0098	0.0076	0.1377	0.0087	0.0796	-1.0772	-37.1881	-8.9272
14	5.2564	3.9034	2.044	5.6844	2.3974	1.5885	-0.0271	0.2334	-0.0615	-0.1171	0.2633	-0.3672	0.0472	0.1192	-0.2363	0.2121	0.0596	0.0462	0.073	-0.0035	0.0879	7.0298	-22.1455	-3.0458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	24 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	145 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	226 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	254 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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