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- PDB-3kta: Structural Basis for Adenylate Kinase Activity in ABC ATPases -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kta
タイトルStructural Basis for Adenylate Kinase Activity in ABC ATPases
要素(Chromosome segregation protein smc) x 2
キーワードTRANSFERASE / structural maintenance of chromosomes / SMC / ABC ATPase / CFTR / adenylate kinase / AP5A
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.627 Å
データ登録者Lammens, A. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Adenylate Kinase Activity in ABC ATPases.
著者: Lammens, A. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2009年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome segregation protein smc
B: Chromosome segregation protein smc
C: Chromosome segregation protein smc
D: Chromosome segregation protein smc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9868
ポリマ－80,1054
非ポリマー1,8814
水15,673870
1
A: Chromosome segregation protein smc
B: Chromosome segregation protein smc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9934
ポリマ－40,0522
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
C: Chromosome segregation protein smc
D: Chromosome segregation protein smc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9934
ポリマ－40,0522
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.000, 86.100, 70.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chromosome segregation protein smc


分子量: 20416.777 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 115-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZY2
#2: タンパク質 Chromosome segregation protein smc


分子量: 19635.633 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1120-1291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZY2
#3: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: BisTRIS, 16% PEG3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 84052 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.6455 Å / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.627→35.435 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 4271 5.08 %
Rwork0.1759 --
obs0.1775 84044 97.19 %
all-90927 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.158 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.627→35.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5116 0 116 870 6102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1387174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3832031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004899
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.627-1.64550.2704950.23061888X-RAY DIFFRACTION70
1.6455-1.66480.2441460.2012245X-RAY DIFFRACTION83
1.6648-1.68510.21311270.19252457X-RAY DIFFRACTION90
1.6851-1.70640.2051320.1972632X-RAY DIFFRACTION96
1.7064-1.72890.25411390.19652669X-RAY DIFFRACTION99
1.7289-1.75260.22171420.18992720X-RAY DIFFRACTION99
1.7526-1.77760.2451430.1872660X-RAY DIFFRACTION98
1.7776-1.80420.22691220.19622745X-RAY DIFFRACTION99
1.8042-1.83230.22771340.18662699X-RAY DIFFRACTION99
1.8323-1.86240.27311610.19292695X-RAY DIFFRACTION99
1.8624-1.89450.24331540.19042668X-RAY DIFFRACTION99
1.8945-1.92890.22931310.182725X-RAY DIFFRACTION99
1.9289-1.9660.21931220.17552708X-RAY DIFFRACTION99
1.966-2.00620.20091200.18092735X-RAY DIFFRACTION99
2.0062-2.04980.20631500.17322712X-RAY DIFFRACTION99
2.0498-2.09750.19571440.17292711X-RAY DIFFRACTION99
2.0975-2.14990.19191500.17552674X-RAY DIFFRACTION99
2.1499-2.2080.23811440.17432733X-RAY DIFFRACTION99
2.208-2.2730.19341470.17952725X-RAY DIFFRACTION99
2.273-2.34630.21121730.18542689X-RAY DIFFRACTION99
2.3463-2.43020.25791340.18822720X-RAY DIFFRACTION99
2.4302-2.52750.22471490.17852732X-RAY DIFFRACTION100
2.5275-2.64250.21191660.17432699X-RAY DIFFRACTION99
2.6425-2.78170.19611530.17772723X-RAY DIFFRACTION100
2.7817-2.95590.19311380.17692759X-RAY DIFFRACTION100
2.9559-3.1840.22411630.17352713X-RAY DIFFRACTION100
3.184-3.50420.1311440.16272740X-RAY DIFFRACTION100
3.5042-4.01060.18841580.15082737X-RAY DIFFRACTION100
4.0106-5.05070.19771480.14422773X-RAY DIFFRACTION100
5.0507-35.44380.19211420.19012687X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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