PDB-4dnf: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dnf

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation adducted with the epibromohydrin hydrolysis intermediate

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / covalently adducted with the epibromohydrin hydrolysis intermediate / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dnf.cif.gz	475.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dnf.ent.gz	389.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmcC 4dnoC 4ehbC 4eusC 3kd2S 3kda 3pi6 4dln 4dm7 4dmf 4dmh 4dmk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dm7-2 4dm7-1 5tne-1 5tnh-2 5hk9-2 5tni-2 4dmc-1 5hkb-1 5hk9-1 3kda-2 5tnq-1 5hka-1 3pi6-1 4dmh-1 5tnm-1 5tnj-1 5tnf-1 4dln-2 5tnh-1 4dmk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.147, 83.959, 89.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EBH / (2S)-1-bromopropan-2-ol / (S)-1-ブロモ-2-プロパノ-ル分子量: 138.991 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇BrO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.01M epibromohydrin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8984 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.14 Å / Num. obs: 112816 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.87
反射シェル	解像度: 1.8→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 110996 / R_sym value: 0.278 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.8→38.541 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2243	5797	5.14 %	thin shells
R_work	0.1892	-	-	-
obs	0.1911	112809	99.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.966 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8119 Å²	-0 Å²	0.1493 Å²
2-	-	-2.8979 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6299 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9452	0	20	829	10301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	13349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.606	3545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1754

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0	1	0.2071	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	10000000	0	0.1999	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	10000000	0	0.1932	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.2561	742	0.1911	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	10000000	0	0.1956	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	10000000	0	0.1866	3720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	10000000	0	0.1856	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.239	658	0.1863	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	10000000	0	0.1771	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	10000000	0	0.1749	3751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0605-2.096	0.2195	609	0.1749	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	10000000	0	0.1859	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1751	0.2494	116	0.1808	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2195	0.2366	460	0.1791	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2678	10000000	0	0.1673	3756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2678-2.3205	0.2062	468	0.1783	3263	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3205-2.3786	10000000	0	0.1858	3772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3786-2.4429	0.2327	446	0.1849	3287	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4429-2.5147	10000000	0	0.1847	3759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5147-2.5959	0.2255	395	0.1826	3366	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5959-2.6886	10000000	0	0.1876	3772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6886-2.7963	0.233	335	0.1877	3442	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7963-2.9235	10000000	0	0.1924	3732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9235-3.0775	0.2281	312	0.2015	3444	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0775-3.2703	0.2441	248	0.1984	3507	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2703-3.5226	0.2028	222	0.1831	3581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5226-3.8768	0.1978	185	0.1756	3579	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8768-4.4371	0.1741	143	0.169	3639	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4371-5.5875	0.1762	220	0.1649	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5875-38.5497	0.2114	237	0.2069	3589	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3023	0.0239	0.1686	0.1899	-0.0434	0.2584	-0.0176	-0.0217	-0.1462	0.0491	-0.073	0.1627	0.0854	-0.0391	-0.0533	0.0036	0.0035	-0.0256	0.006	0.044	-0.0872	-21.9675	11.9494	27.2513
2	0.3965	-0.2745	0.0162	0.3956	-0.1684	0.1659	-0.0114	0.0234	0.0707	-0.0477	0.0117	0.0584	-0.0395	-0.0133	0.0272	0.0229	0.0215	-0.0168	0.0167	-0.0003	0.0345	-30.8609	51.5598	15.7372
3	0.3429	0.0743	-0.0833	0.274	0.048	0.2941	0.0099	-0.0164	0.1381	0.0053	-0.0413	-0.104	-0.0497	0.0502	-0.0377	0.006	0.0014	0.005	0.0025	-0.0199	-0.0142	5.8775	44.6913	27.2357
4	0.3125	-0.2177	-0.0051	0.3494	0.1359	0.1182	0.002	0.0235	-0.0135	-0.0249	0.0034	-0.0703	0.0151	0.0052	-0.0094	0.0273	0.0184	0.0115	0.0294	-0.0041	-0.0033	14.7976	5.0678	15.7568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:320)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:320)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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