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- PDB-4dgl: Crystal Structure of the CK2 Tetrameric Holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dgl
タイトルCrystal Structure of the CK2 Tetrameric Holoenzyme
要素
  • Casein kinase II subunit alpha
  • Casein kinase II subunit beta
キーワードTRANSFERASE / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA binding / adiponectin-activated signaling pathway / positive regulation of activin receptor signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes ...regulation of DNA binding / adiponectin-activated signaling pathway / positive regulation of activin receptor signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / kinase activity / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / secretory granule lumen / protein-macromolecule adaptor activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / signaling receptor binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / Neutrophil degranulation / chromatin binding / chromatin / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / Casein Kinase 2, subunit alpha ...protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / Casein Kinase 2, subunit alpha / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Casein kinase II subunit beta / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lolli, G. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural determinants of protein kinase CK2 regulation by autoinhibitory polymerization.
著者: Lolli, G. / Pinna, L.A. / Battistutta, R.
履歴
登録2012年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit beta
B: Casein kinase II subunit beta
C: Casein kinase II subunit alpha
D: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1916
ポリマ－130,0604
非ポリマー1312
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area50900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.652, 175.652, 96.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEUAA8 - 568 - 56
211SERSERLEULEUBB8 - 568 - 56
121GLNGLNGLYGLYAA68 - 18968 - 189
221GLNGLNGLYGLYBB68 - 18968 - 189
131LYSLYSALAALAAA191 - 203191 - 203
231LYSLYSALAALABB191 - 203191 - 203
112GLYGLYASPASPCC3 - 373 - 37
212GLYGLYASPASPDD3 - 373 - 37
122LYSLYSLYSLYSCC74 - 10274 - 102
222LYSLYSLYSLYSDD74 - 10274 - 102
132LEULEUTYRTYRCC128 - 325128 - 325
232LEULEUTYRTYRDD128 - 325128 - 325

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit beta / CK II beta / Phosvitin / Protein G5a


分子量: 24969.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2B, CK2N, G5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67870
#2: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40060.762 Da / 分子数: 2 / Mutation: R125Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 3350 18%, 0.2 M sodium malonate, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→152.119 Å / Num. all: 34036 / Num. obs: 34036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.1619.20.993.19466149280.99100
3.16-3.3519.20.5925.18987646720.592100
3.35-3.5919.10.3558.78445544140.355100
3.59-3.8719.20.20914.37824240780.209100
3.87-4.2419.10.12722.67246237900.127100
4.24-4.7419.10.08134.36583634390.081100
4.74-5.4819.10.07139.65770930190.071100
5.48-6.71190.06543.44884025680.065100
6.71-9.4918.70.03867.73746220010.038100
9.49-44.86317.80.02794.62003711270.02799.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→152.119 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.1683 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8299 / SU B: 45.944 / SU ML: 0.324 / SU R Cruickshank DPI: 0.0816 / SU Rfree: 0.0751 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 1726 5.1 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1966 34021 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 206.53 Å2 / Biso mean: 92.1847 Å2 / Biso min: 46.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2---26.57 Å2-0 Å2
3---53.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→152.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8863 0 2 12 8877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.94812325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04551058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0223.374489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.177151574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9031572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217100
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A736MEDIUM POSITIONAL0.190.5
1A768LOOSE POSITIONAL0.455
1A736MEDIUM THERMAL5.922
1A768LOOSE THERMAL6.1110
2C1048MEDIUM POSITIONAL0.30.5
2C1188LOOSE POSITIONAL0.525
2C1048MEDIUM THERMAL4.182
2C1188LOOSE THERMAL5.1710
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 116 -
Rwork0.361 2334 -
all-2450 -
obs--96.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5774-0.4464-1.53491.66880.89641.2849-0.0959-0.2126-0.18190.3806-0.16750.38370.1825-0.26250.26340.6819-0.112-0.06920.83470.01721.009621.3811-16.4396-2.0463
20.49940.48220.6361.07590.84420.8997-0.12190.2661-0.23790.27190.22880.65310.12870.3265-0.1070.9829-0.0690.23271.08790.13421.425515.503-22.37453.0627
31.691-0.4023-0.51871.31340.72791.1613-0.1468-0.0806-0.1407-0.05190.11850.36940.0723-0.57920.02830.5787-0.0509-0.13440.6290.05020.955226.5826-7.4183-5.9363
40.99050.34380.14192.39450.48680.7522-0.0395-0.2216-0.0785-0.08980.10590.1097-0.1051-0.1107-0.06640.50350.0081-0.01440.2599-0.02120.80141.1716.715-2.4245
53.2529-0.91890.12471.9785-0.421.1916-0.10450.10780.1782-0.06010.25580.2184-0.0126-0.0992-0.15130.6043-0.0095-0.04080.270.00850.867228.896540.0641-9.1776
66.0469-1.49526.15193.28891.53929.53430.6302-0.07550.0467-0.037-0.5759-0.03661.03-0.7811-0.05430.9296-0.19730.00270.6090.18730.986716.773147.071-19.436
72.8953-1.88450.88432.2534-0.65420.3326-0.0321-0.06480.0941-0.17490.16140.29290.0721-0.1025-0.12930.5466-0.0561-0.01240.2219-0.02670.856134.170927.3028-5.5503
81.7097-0.37420.04643.60170.12280.0373-0.03250.1019-0.06-0.16530.11710.1122-0.0360.0704-0.08460.5363-0.01780.00180.1749-0.04480.762642.146510.8154-6.2818
90.5129-0.3553-0.06664.10730.86350.2638-0.1242-0.4921-0.03620.29630.01530.24070.0994-0.02840.1090.64130.05550.00490.509-0.02620.757250.4502-33.3173-1.9621
103.0476-1.4793-2.4552.69332.97983.69070.11450.12080.1386-0.1359-0.0227-0.0452-0.391-0.1144-0.09170.55220.0935-0.02390.1765-0.00760.78157.189-31.6826-14.1937
111.97050.84050.11732.02870.14943.3575-0.1568-0.1184-0.10290.36480.15720.29920.0697-0.4692-0.00040.17320.10580.07980.1563-0.02320.881346.7025-48.5296-19.1859
123.28131.9746-2.10074.3096-0.41722.7912-0.1617-0.0316-0.40260.2460.1301-0.20730.10860.05470.03160.05290.02120.01310.012-0.0370.841361.6829-48.697-26.5089
130.64660.43020.09853.1970.10630.9368-0.06760.4783-0.0314-0.6035-0.12620.10890.10340.09040.19370.5169-0.0348-0.02160.4375-0.06440.79858.63646.4875-14.1593
140.0760.1720.29671.31770.71031.36350.01940.0496-0.0478-0.41360.0193-0.18730.2945-0.0504-0.03870.4111-0.08310.03860.3573-0.08840.932565.786846.1438-2.7686
151.3491-0.2362-0.34131.89390.41492.7856-0.17410.24120.0453-0.33760.03290.3699-0.0236-0.45230.14110.1967-0.0542-0.09530.2054-0.06060.917355.256562.40451.6494
164.3553-0.01532.2065.2039-1.50986.5607-0.2084-0.01040.0024-0.2155-0.0528-0.09810.0180.45450.26120.06790.0086-0.07610.0543-0.07730.82768.959964.26099.2747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A65 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5B7 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6B54 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7B69 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8B134 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 88
10X-RAY DIFFRACTION10C89 - 149
11X-RAY DIFFRACTION11C150 - 280
12X-RAY DIFFRACTION12C281 - 335
13X-RAY DIFFRACTION13D3 - 88
14X-RAY DIFFRACTION14D89 - 149
15X-RAY DIFFRACTION15D150 - 280
16X-RAY DIFFRACTION16D281 - 330

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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