PDB-4md7: Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4md7

タイトル

Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme

要素

Casein kinase II subunit alpha
Casein kinase II subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / protein serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / protein kinase regulator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL ...regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / protein kinase regulator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / kinase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / protein-macromolecule adaptor activity / secretory granule lumen / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / ficolin-1-rich granule lumen / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / chromatin binding / Neutrophil degranulation / chromatin / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Active Form of the Protein Kinase CK2 alpha 2 beta 2 Holoenzyme Is a Strong Complex with Symmetric Architecture.
著者: Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.

履歴

登録	2013年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4md7.cif.gz	871.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4md7.ent.gz	731.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4md7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4md7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4md7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4md8C 4md9C 4dglS 4kwpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4md8-2 4md9-2 4md8-1 4md9-1 5epm-d 4c2t-1 4md9-3 4ncj-d 4md9-4 4c2u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit beta

B: Casein kinase II subunit beta

C: Casein kinase II subunit beta

D: Casein kinase II subunit beta

E: Casein kinase II subunit alpha

F: Casein kinase II subunit alpha

G: Casein kinase II subunit alpha

H: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

282 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Casein kinase II subunit beta

B: Casein kinase II subunit beta

E: Casein kinase II subunit alpha

F: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Casein kinase II subunit beta

D: Casein kinase II subunit beta

G: Casein kinase II subunit alpha

H: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.316, 57.958, 186.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TRP	TRP	PRO	PRO	A	A	9 - 58	9 - 58
2	1	1	TRP	TRP	PRO	PRO	B	B	9 - 58	9 - 58
3	1	1	TRP	TRP	PRO	PRO	C	C	9 - 58	9 - 58
4	1	1	TRP	TRP	PRO	PRO	D	D	9 - 58	9 - 58
1	2	1	ASN	ASN	HIS	HIS	A	A	67 - 193	67 - 193
2	2	1	ASN	ASN	HIS	HIS	B	B	67 - 193	67 - 193
3	2	1	ASN	ASN	HIS	HIS	C	C	67 - 193	67 - 193
4	2	1	ASN	ASN	HIS	HIS	D	D	67 - 193	67 - 193
1	1	2	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	4 - 47	4 - 47
2	1	2	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	4 - 47	4 - 47
3	1	2	PRO	PRO	ARG	ARG	G	G	4 - 47	4 - 47
4	1	2	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	4 - 47	4 - 47
1	2	2	TYR	TYR	ASP	ASP	E	E	50 - 103	50 - 103
2	2	2	TYR	TYR	ASP	ASP	F	F	50 - 103	50 - 103
3	2	2	TYR	TYR	ASP	ASP	G	G	50 - 103	50 - 103
4	2	2	TYR	TYR	ASP	ASP	H	H	50 - 103	50 - 103
1	3	2	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	107 - 116	107 - 116
2	3	2	ARG	ARG	VAL	VAL	F	F	107 - 116	107 - 116
3	3	2	ARG	ARG	VAL	VAL	G	G	107 - 116	107 - 116
4	3	2	ARG	ARG	VAL	VAL	H	H	107 - 116	107 - 116
1	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	128 - 265	128 - 265
2	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	128 - 265	128 - 265
3	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	G	G	128 - 265	128 - 265
4	4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	H	H	128 - 265	128 - 265
1	5	2	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	273 - 330	273 - 330
2	5	2	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	273 - 330	273 - 330
3	5	2	LEU	LEU	ASP	ASP	G	G	273 - 330	273 - 330
4	5	2	LEU	LEU	ASP	ASP	H	H	273 - 330	273 - 330

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit beta / CK2 subunit beta / CK II beta / Phosvitin / Protein G5a 分子量: 24969.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2B, CK2N, G5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67870
#2: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK2 subunit alpha / CK II alpha 分子量: 45348.652 Da / 分子数: 4 / Mutation: T344E/T360E/S362E/S370E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月23日

放射

モノクロメーター: horizontally diffracting Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→181.832 Å / Num. all: 52811 / Num. obs: 52811 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.162 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.1-3.27	5.2	0.643	1.2	40507	7775	0.643	98.7
3.27-3.47	5.2	0.403	1.9	38253	7306	0.403	98.5
3.47-3.71	5.3	0.254	3	36015	6853	0.254	98.5
3.71-4	5.3	0.181	4.2	33586	6397	0.181	98.3
4-4.38	5.3	0.126	6.1	31384	5925	0.126	98.4
4.38-4.9	5.3	0.099	7.6	28012	5320	0.099	98.2
4.9-5.66	5.3	0.101	7.5	24914	4682	0.101	97.7
5.66-6.93	5.3	0.098	7.6	20916	3934	0.098	97.2
6.93-9.8	5.3	0.064	10.7	16212	3037	0.064	96.1
9.8-48.872	5.3	0.05	12	8421	1582	0.05	91.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4DGL AND 4KWP

4dgl

4kwp

解像度: 3.1→181.832 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / WR_factor R_free: 0.24 / WR_factor R_work: 0.2124 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8495 / SU B: 40.124 / SU ML: 0.327 / SU R Cruickshank DPI: 0.1012 / SU R_free: 0.1058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2633	2675	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2332	-	-	-
obs	0.2347	52686	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.59 Å² / B_iso mean: 56.7009 Å² / B_iso min: 13.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.58 Å²	-0 Å²	-3.22 Å²
2-	-	3.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→181.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17617	0	4	0	17621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	18109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.126	1.946	24507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.735	5	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.995	23.402	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.282	15	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.172	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	14120

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	746	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
1	2	B	746	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	3	C	746	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
1	4	D	746	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
1	1	A	708	TIGHT THERMAL	5.51	0.5
1	2	B	708	TIGHT THERMAL	4.63	0.5
1	3	C	708	TIGHT THERMAL	4.92	0.5
1	4	D	708	TIGHT THERMAL	7.39	0.5
1	1	A	746	MEDIUM THERMAL	5.89	2
1	2	B	746	MEDIUM THERMAL	4.76	2
1	3	C	746	MEDIUM THERMAL	5.08	2
1	4	D	746	MEDIUM THERMAL	7.81	2
2	1	E	1363	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
2	2	F	1363	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
2	3	G	1363	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	4	H	1363	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	1	E	1216	TIGHT THERMAL	5.7	0.5
2	2	F	1216	TIGHT THERMAL	3.27	0.5
2	3	G	1216	TIGHT THERMAL	4.22	0.5
2	4	H	1216	TIGHT THERMAL	7.92	0.5
2	1	E	1363	MEDIUM THERMAL	6.17	2
2	2	F	1363	MEDIUM THERMAL	3.9	2
2	3	G	1363	MEDIUM THERMAL	4.68	2
2	4	H	1363	MEDIUM THERMAL	8.24	2

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	188	-
R_work	0.318	3647	-
all	-	3835	-
obs	-	-	95.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0419	-1.6897	0.8877	2.0365	1.5727	3.6806	0.1311	0.4229	-0.1541	-0.1403	-0.013	-0.2523	0.0617	0.4024	-0.1181	0.0487	0.0195	0.1071	0.0793	-0.0058	0.3107	64.2289	-3.9805	0.9223
2	2.2561	-1.6576	-1.6096	1.8158	2.9811	13.0411	-0.0406	0.4432	-0.6432	-0.185	-0.1618	0.4804	0.7347	0.5336	0.2024	0.3517	0.0023	-0.0104	0.157	-0.1188	0.3832	61.9296	-9.8767	0.3283
3	14.6964	-3.8962	4.6753	4.072	0.3687	2.3387	-0.0497	1.0452	1.2798	-0.8755	-0.3517	-0.3502	-0.4887	0.2864	0.4014	0.2621	0.0152	-0.0128	0.1017	0.1505	0.2509	48.4051	8.066	8.2454
4	4.0651	0.9021	-0.3786	1.2774	0.0218	0.8996	-0.0315	-0.0189	-0.0782	0.1004	-0.0313	0.0573	0.0575	-0.1174	0.0628	0.0133	-0.0081	0.0131	0.0204	0.013	0.1289	37.3276	-0.757	17.3457
5	3.3366	0.233	-3.0712	1.0609	0.6901	5.2403	0.0148	-0.7074	0.3369	0.2306	-0.0733	-0.4379	-0.4117	0.6524	0.0585	0.4541	-0.1339	-0.2488	0.9123	-0.1099	0.6952	44.3647	3.3618	90.3784
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8	3.3399	-1.5389	0.6413	2.4448	-3.0722	5.1491	0.6907	0.6672	0.6599	-0.6861	-0.4766	0.0066	0.1515	0.552	-0.214	0.7631	-0.0106	-0.1091	0.6382	-0.0371	0.5396	-0.6605	6.5043	64.7545
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13	5.2131	0.5195	0.2809	2.4574	-0.0464	1.7093	0.0365	-0.35	-0.1255	0.2875	0.1732	0.4205	0.2748	-0.1523	-0.2097	0.3541	0.0423	0.0958	0.6765	0.0467	0.5428	-15.8785	3.7428	92.0708
14	2.3904	-1.6119	-3.4894	8.7434	-7.9268	19.1397	-0.3687	-0.2578	-0.3133	0.1176	-0.2153	0.2278	0.8402	0.5131	0.584	0.241	-0.0975	-0.0126	0.9462	0.119	0.6595	-13.3171	-1.785	93.1548
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16	7.0856	10.3278	-0.3282	15.8902	-0.3533	0.4073	-0.422	0.4349	-0.7635	0.1643	0.7482	-0.8812	0.4498	-0.0289	-0.3262	0.9213	0.1717	-0.0776	0.6754	-0.0417	0.4813	27.6594	-10.0188	63.5562
17	6.2108	1.7868	0.1521	1.4268	-0.0808	0.084	0.0416	-0.3961	-0.4224	0.0452	-0.0789	-0.1843	0.1006	0.0437	0.0373	0.2031	0.0783	-0.0087	0.0976	0.0672	0.2174	72.999	-0.7413	31.8595
18	3.1212	1.8182	-0.3077	2.3939	0.5924	1.4227	0.1402	-0.2989	0.0113	-0.0742	-0.187	0.1438	-0.0781	-0.1304	0.0467	0.0936	-0.0171	-0.0865	0.1363	0.1091	0.2204	75.3419	8.3648	34.1703
19	2.7262	0.5272	-0.0236	1.2011	-0.2609	4.6634	0.0596	0.2405	-0.1445	-0.0829	-0.0074	-0.1119	-0.0099	-0.0858	-0.0522	0.0248	0.0054	-0.0629	0.0276	0.0158	0.3158	89.7293	16.6961	21.6604
20	2.9168	0.2599	0.0463	3.0596	0.2971	3.5993	0.2076	-0.2902	0.0798	0.1273	-0.0301	-0.282	-0.3804	0.2215	-0.1776	0.0685	-0.0482	-0.0219	0.0573	0.022	0.2693	91.7501	23.1459	30.3484
21	4.4894	0.9736	-2.265	1.6909	0.5843	1.9644	-0.7713	-0.1055	-0.8711	1.0651	0.0745	0.4463	1.3467	0.1231	0.6969	1.3265	0.0411	0.3094	0.4403	0.1358	1.1285	-47.234	-0.2669	59.7013
22	2.9906	-0.5168	0.7723	0.1739	-0.4101	2.6654	0.0398	0.0259	-0.1925	0.1251	0.0615	-0.0625	-0.0478	0.1323	-0.1014	0.372	0.134	-0.1177	0.4066	0.015	0.5849	-20.4008	3.284	61.262
23	2.2942	0.2158	-0.872	4.4898	-0.4985	3.8205	0.2454	-0.6153	-0.0138	0.4294	-0.1821	-0.007	0.0092	0.3479	-0.0634	0.0877	-0.0769	-0.0791	0.3237	0.0117	0.2961	-36.2249	16.3873	62.1341
24	3.1732	0.1451	0.1649	4.087	-0.2406	4.1641	0.2422	-0.3607	0.2181	0.4828	0.0153	0.4031	-0.3606	-0.2782	-0.2575	0.1423	-0.0002	0.0245	0.2859	-0.0375	0.3952	-45.3679	25.0574	60.57
25	3.8548	1.551	-0.7579	2.2669	-0.0278	0.2175	0.0491	-0.1023	1.05	-0.227	0.0606	0.6167	-0.0758	0.0749	-0.1097	0.1591	-0.0182	0.0296	0.2462	0.0043	0.7465	-13.8164	4.5728	28.8156
26	4.3679	1.643	-1.407	2.659	-0.2195	2.9053	0.0304	-0.1862	-0.0288	0.0601	-0.0245	0.0132	0.2569	-0.0162	-0.0059	0.0922	-0.0586	0.0519	0.0961	-0.035	0.4585	-1.2913	-2.8138	29.8136
27	4.1218	1.0573	0.1666	3.4065	0.4369	1.9914	0.1215	0.1794	0.1076	-0.0345	-0.0175	0.0631	0.1475	0.1749	-0.104	0.0275	0.0167	0.0537	0.0398	-0.0121	0.3582	-18.0366	-14.2804	27.3813
28	3.198	-0.2675	0.1394	3.4901	-0.115	2.5243	0.2106	-0.1113	-0.2494	0.0721	-0.13	0.1427	0.3276	-0.2482	-0.0806	0.0881	-0.0847	0.0311	0.096	-0.0225	0.4376	-24.732	-22.4877	31.0272
29	1.4663	0.7739	-0.4774	0.8183	0.5154	1.6296	-0.032	0.0847	0.1552	0.1422	0.1322	0.0144	0.183	0.3721	-0.1002	0.705	-0.0814	-0.0428	1.302	0.086	0.8267	73.148	2.2755	54.4218
30	3.5754	-0.3376	-0.6521	0.4397	-0.4256	3.5486	0.0857	-0.167	0.0752	-0.0538	-0.0697	-0.0617	0.0675	0.4502	-0.016	0.4283	0.0509	-0.0186	0.5287	-0.0237	0.3396	47.5526	-2.3328	59.2702
31	3.5758	0.6263	1.0531	3.5285	-0.3358	6.6464	-0.015	-0.4141	-0.0378	0.0755	-0.2111	-0.0697	0.1652	0.604	0.226	0.2945	0.2118	0.0587	0.7238	0.041	0.307	60.3549	-10.8806	57.4662
32	1.4783	-0.6192	-0.3803	1.7031	-1.2008	1.4309	-0.0879	-0.3401	-0.0329	-0.1112	-0.1377	-0.2634	0.2764	0.539	0.2255	0.6203	0.242	0.0333	1.0939	0.1205	0.5848	71.0041	-20.8437	63.7385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	6 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	64 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	90 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	180 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	7 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	66 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	90 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 207
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	7 - 59
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	66 - 87
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	88 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	190 - 207
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	2 - 74
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	75 - 188
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	189 - 260
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	261 - 333
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	2 - 24
22	X-RAY DIFFRACTION	22	G	25 - 129
23	X-RAY DIFFRACTION	23	G	130 - 249
24	X-RAY DIFFRACTION	24	G	250 - 333
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	2 - 44
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	45 - 129
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	130 - 260
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	261 - 333
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	4 - 24
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	25 - 131
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	132 - 197
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	198 - 333

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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