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Yorodumi- PDB-4c2t: Crystal structure of full length Deinococcus radiodurans UvrD in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c2t | ||||||
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Title | Crystal structure of full length Deinococcus radiodurans UvrD in complex with DNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA REPAIR / DNA HELICASES / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | DEINOCOCCUS RADIODURANS (radioresistant) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.997 Å | ||||||
Authors | Stelter, M. / Acajjaoui, S. / McSweeney, S. / Timmins, J. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Structural and Mechanistic Insight Into DNA Unwinding by Deinococcus Radiodurans Uvrd. Authors: Stelter, M. / Acajjaoui, S. / Mcsweeney, S. / Timmins, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c2t.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c2t.ent.gz | 919.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c2t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4c2t_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4c2t_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 4c2t_validation.xml.gz | 99.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4c2t_validation.cif.gz | 131.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/4c2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/4c2t | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 82707.492 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) DEINOCOCCUS RADIODURANS (radioresistant) Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9RTI9, DNA helicase #2: DNA chain | Mass: 8569.497 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | Mass: 8578.511 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-ANP / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 57.91 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 16-22% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5-7.5, 0.1-0.3 M NA-NITRATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9395 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9395 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4→46.1 Å / Num. obs: 30051 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 149.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 4→4.22 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: DIFFERENT CRYSTAL FORM OF DRUVRD Resolution: 3.997→46.147 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / Phase error: 30.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.16 Å / VDW probe radii: 0.5 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 167.099 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 207.7 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.997→46.147 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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