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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6z3u | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / CAK complex / Kinase / TFIIK / cell cycle / trnascription / DNA repair | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtranscription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding ...transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Peissert, S. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020Title: Structural basis for CDK7 activation by MAT1 and Cyclin H. Authors: Peissert, S. / Schlosser, A. / Kendel, R. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6z3u.cif.gz | 996.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6z3u.ent.gz | 693.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6z3u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6z3u_validation.pdf.gz | 472.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6z3u_full_validation.pdf.gz | 480.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6z3u_validation.xml.gz | 45.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6z3u_validation.cif.gz | 62.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3u | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6z4xC ![]() 1ua2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
| #1: Protein | Mass: 46931.000 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Gene: CTHT_0069020 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 49133.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Gene: CTHT_0061570 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 7944.815 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus)Gene: CTHT_0060790 / Production host: ![]() #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.7 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM HEPES pH 7.0-8.0, 0.2 M sodium formate, 15-22% PEG 3350. PH range: 7-8 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.0723 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→75.9 Å / Num. obs: 33808 / % possible obs: 83.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.25 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.314 / Rpim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 6.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.604→2.816 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1690 / CC1/2: 0.249 / Rpim(I) all: 1.164 / % possible all: 64.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1ua2 Resolution: 2.6→75.87 Å / SU ML: 0.2901 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.8692 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 45.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→75.87 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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