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Yorodumi- PDB-6z4x: Structure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum bound t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z4x | ||||||
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Title | Structure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum bound to ATP-gamma-S | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / CAK complex / Kinase / TFIIK / cell cycle / DNA repair | ||||||
Function / homology | Function and homology information transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.98 Å | ||||||
Authors | Peissert, S. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Structural basis for CDK7 activation by MAT1 and Cyclin H. Authors: Peissert, S. / Schlosser, A. / Kendel, R. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6z4x.cif.gz | 705.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6z4x.ent.gz | 481.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z4x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6z4x_validation.pdf.gz | 978.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6z4x_full_validation.pdf.gz | 1000.4 KB | Display | |
Data in XML | 6z4x_validation.xml.gz | 49.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6z4x_validation.cif.gz | 66.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6z3uSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBECF
#1: Protein | Mass: 46931.000 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G0SH78 #2: Protein | Mass: 49133.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: G0SFC6 #3: Protein | Mass: 7944.815 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G0SF48 |
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-Non-polymers , 4 types, 6 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.63 Å3/Da / Density % sol: 66.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM HEPES pH 7.0-8.0, 0.2 M sodium formate, 15-22% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→46.65 Å / Num. obs: 29053 / % possible obs: 89.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 44.66 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Rpim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.98→3.23 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.634 / % possible all: 67.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6Z3U Resolution: 2.98→46.65 Å / SU ML: 0.3382 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8318 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.98→46.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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