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- PDB-4wa6: Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wa6
タイトルStructure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution
要素
  • (SAGA-associated factor ...) x 2
  • Transcription and mRNA export factor SUS1
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードhydrolase/transcription / Multi-Protein Complex / Hydrolase-transcription complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / protein deubiquitination / Ub-specific processing proteases / nuclear pore / mRNA export from nucleus / RNA splicing / enzyme activator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / protein transport / regulation of protein localization / chromatin organization / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 ...Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / : / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cathepsin B; Chain A / Herpes Virus-1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAGA-associated factor 11 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / SAGA-associated factor 73 / Transcription and mRNA export factor SUS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Wolberger, C. / Yan, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-095822 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution
著者: Wolberger, C. / Yan, M.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / entity_src_gen ...atom_site_anisotrop / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: Transcription and mRNA export factor SUS1
C: SAGA-associated factor 11
E: SAGA-associated factor 73
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
F: Transcription and mRNA export factor SUS1
G: SAGA-associated factor 11
H: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,48323
ポリマ－174,5028
非ポリマー98115
水2,504139
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: Transcription and mRNA export factor SUS1
C: SAGA-associated factor 11
E: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,77412
ポリマ－87,2514
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16940 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
2
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
F: Transcription and mRNA export factor SUS1
G: SAGA-associated factor 11
H: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,70911
ポリマ－87,2514
非ポリマー4587
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
3
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: Transcription and mRNA export factor SUS1
C: SAGA-associated factor 11
E: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子

D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
F: Transcription and mRNA export factor SUS1
G: SAGA-associated factor 11
H: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,48323
ポリマ－174,5028
非ポリマー98115
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area34940 Å2
ΔGint-313 kcal/mol
Surface area59620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.076, 68.004, 137.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBF

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8


分子量: 54033.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBP8, YMR223W, YM9959.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50102, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Transcription and mRNA export factor SUS1


分子量: 11094.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUS1, YBR111W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WNK7

-
SAGA-associated factor ... , 2種, 4分子 CGEH

#3: タンパク質 SAGA-associated factor 11


分子量: 11297.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: SGF11, SCY_5678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZWK1
#4: タンパク質 SAGA-associated factor 73 / 73 kDa SAGA-associated factor / SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit


分子量: 10825.258 Da / 分子数: 2 / Mutation: N59D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SGF73, YGL066W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53165

-
非ポリマー , 2種, 154分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate / PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.034 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→47.41 Å / Num. obs: 59279 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Blu-Iceデータ収集
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 18.851 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 2993 5 %RANDOM
Rwork0.18307 ---
obs0.18615 56297 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.89 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----2.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.36→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10935 0 15 139 11089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01911231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.95715108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8313.00324724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58751357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.62925.367531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.522152100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8311542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.361→2.422 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 219 -
Rwork0.274 4070 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5335-0.2031-0.45040.5282-0.0861.7073-0.019-0.0505-0.02550.0099-0.0068-0.06380.14820.16770.02590.18640.016-0.11370.0715-0.07170.18421.99143.924136.272
20.9936-0.0056-0.63682.872-0.59471.8880.18180.07050.07950.16680.04370.00860.0734-0.2527-0.22550.1360.0122-0.05690.1201-0.04190.110512.80456.883113.49
30.53220.0256-0.27050.751-0.7551.04150.05580.1299-0.1138-0.1246-0.06180.13770.2589-0.07560.0060.4248-0.0706-0.08180.1241-0.12920.303114.41833.068128.939
40.5354-0.0502-0.62061.3541-0.43421.11950.0936-0.16540.03480.088-0.0366-0.1544-0.02550.3861-0.05690.20660.0204-0.08570.2089-0.07820.184829.37152.106122.978
51.10730.1155-0.10131.01810.04470.9057-0.04420.16680.13820.0499-0.0078-0.2464-0.1567-0.06020.0520.0743-0.0153-0.08350.04780.03710.1555-2.3747.2770.316
60.4372-1.3796-0.034.44970.44922.51160.04130.02020.0773-0.0736-0.1215-0.11610.15510.30440.08020.0301-0.060.050.4255-0.1490.383112.95130.69657.168
70.3173-0.1360.26920.0917-0.15211.1619-0.01310.2320.2050.0456-0.0726-0.2013-0.23780.15330.08570.3076-0.13040.00930.2944-0.00770.62216.96650.90866.288
81.133-0.5683-0.27130.63740.17220.52760.07050.40050.0557-0.1294-0.1616-0.0185-0.0258-0.21150.09110.1281-0.028-0.08090.22250.00630.1133-5.3439.68956.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 471
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 506
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 649
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 96
5X-RAY DIFFRACTION2B101 - 108
6X-RAY DIFFRACTION3C5 - 94
7X-RAY DIFFRACTION3C101
8X-RAY DIFFRACTION3C201 - 203
9X-RAY DIFFRACTION4E2 - 95
10X-RAY DIFFRACTION4E101
11X-RAY DIFFRACTION4E201 - 208
12X-RAY DIFFRACTION5D1 - 471
13X-RAY DIFFRACTION5D501 - 505
14X-RAY DIFFRACTION5D601 - 649
15X-RAY DIFFRACTION6F3 - 95
16X-RAY DIFFRACTION6F101 - 106
17X-RAY DIFFRACTION7G1 - 94
18X-RAY DIFFRACTION7G101
19X-RAY DIFFRACTION7G201 - 203
20X-RAY DIFFRACTION8H4 - 96
21X-RAY DIFFRACTION8H101
22X-RAY DIFFRACTION8H201 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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