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- PDB-4c2u: Crystal structure of Deinococcus radiodurans UvrD in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c2u
タイトルCrystal structure of Deinococcus radiodurans UvrD in complex with DNA, Form 1
要素
  • DNA HELICASE II
  • FOR25
  • REV25
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA REPAIR / DNA HELICASES / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / NITRATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Stelter, M. / Acajjaoui, S. / McSweeney, S. / Timmins, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Mechanistic Insight Into DNA Unwinding by Deinococcus Radiodurans Uvrd.
著者: Stelter, M. / Acajjaoui, S. / Mcsweeney, S. / Timmins, J.
履歴
登録2013年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA HELICASE II
D: DNA HELICASE II
X: REV25
Y: FOR25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,03416
ポリマ－163,4954
非ポリマー1,53912
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area62260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.572, 67.448, 386.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 664 / Label seq-ID: 4 - 664

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.001034, -1, 0.00021), (-1, 0.001034, -4.4E-5), (4.4E-5, -0.00021, -1)
ベクター: 16.87, 16.81, -96.49)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA HELICASE II / UVRD


分子量: 74100.484 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-665 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTI9, DNA helicase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#2: DNA鎖 REV25


分子量: 7615.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 FOR25


分子量: 7677.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 198分子

#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.0, 0.2 M NA-NITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→47.4 Å / Num. obs: 56088 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0085精密化
SCALAデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PJR

3pjr


解像度: 2.55→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 20.094 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.619 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26651 2971 5 %RANDOM
Rwork0.21143 ---
obs0.2141 56088 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10328 956 94 186 11564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02111847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7442.07116252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.15451346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85923.291553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.796151831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.04715120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5222 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.220.5
2Dmedium positional0.220.5
1Amedium thermal1.532
2Dmedium thermal1.532
LS精密化 シェル解像度: 2.547→2.613 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 191 -
Rwork0.346 4070 -
obs--98.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8464-0.22220.15380.4104-0.03760.3249-0.19830.00620.1299-0.00590.20060.08610.02160.0407-0.00230.18280.0392-0.06850.3531-0.02030.339521.84145.247-83.706
21.08371.5343-0.57664.3465-1.05660.978-0.113-0.2718-0.030.10450.25140.40620.1289-0.3955-0.13840.1580.03670.19540.59650.21840.349-0.1526.387-65.762
32.1414-0.6837-0.84391.3142-0.86431.6533-0.3397-0.68020.4460.2970.2231-0.2698-0.06280.3650.11660.26590.1434-0.12260.4882-0.12160.314431.22451.168-68.9
40.3747-0.20730.00490.8460.11190.31940.20070.01020.1033-0.0303-0.18930.09170.04080.045-0.01150.35210.0419-0.01630.1826-0.05210.3362-26.181-3.211-14.567
55.84362.1498-2.66352.9963-0.16383.30190.72750.14971.0839-0.5348-0.16360.0547-1.0627-0.0948-0.56390.490.07540.22910.07580.15050.4118-11.06619.128-30.868
61.3829-0.4994-1.05282.0315-0.68321.64720.15140.2991-0.2108-0.5748-0.25190.52190.3179-0.11890.10040.46640.1476-0.13140.2557-0.1030.34-34.372-14.318-27.576
713.58370.0257-11.71891.5308-2.18913.8018-0.28270.41410.3302-0.1550.2541-0.4633-0.0597-0.0340.02871.2714-0.33520.28221.38760.10410.957415.37716.094-50.295
80.11150.03030.07650.00840.02060.06240.1920.2976-0.26770.06740.0965-0.06770.09080.1122-0.28863.2192-0.46650.29242.11260.31612.3164-7.666-6.187-43.126
96.1115.01641.34825.72874.71858.3976-0.31170.1363-0.2492-0.44040.3946-0.2111-0.46110.6896-0.08290.59980.11310.01470.5207-0.02270.5264-22.66-9.607-23.225
104.343610.4656-2.826329.3031-12.30739.37971.0874-0.45880.34281.8528-0.42211.0018-0.0547-0.5579-0.66541.157-0.06540.43551.28210.39271.0323-0.6620.692-45.996
110.2401-0.4222-0.1420.80270.2710.09180.114-0.13010.59890.24870.1741-1.04840.08610.007-0.28811.7323-0.42850.23352.4250.48281.816323.02524.462-53.387
1217.20163.890214.55650.98593.021915.62550.4802-0.445-0.46170.2495-0.08950.05230.6247-0.3535-0.39070.5660.07830.03340.58320.03170.566126.5339.486-73.274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2A392 - 535
3X-RAY DIFFRACTION3A536 - 664
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5D435 - 535
6X-RAY DIFFRACTION6D536 - 664
7X-RAY DIFFRACTION7Y2 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8Y12 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9Y21 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10X1 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11X12 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12X21 - 24

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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