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万見
- PDB-3pjr: HELICASE SUBSTRATE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pjr
タイトルHELICASE SUBSTRATE COMPLEX
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • HELICASE PCRA
キーワードHYDROLASE/DNA / HELICASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase PcrA / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain ...ATP-dependent DNA helicase PcrA / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase PcrA
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of complexes of PcrA DNA helicase with a DNA substrate indicate an inchworm mechanism
著者: Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B.
履歴
登録1999年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
Z: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3'
A: HELICASE PCRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7144
ポリマ－90,2073
非ポリマー5071
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.120, 105.120, 380.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4581.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 HELICASE PCRA / EC 3.6.1.-


分子量: 82595.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P56255, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.175 mMDNA1drop
24.8 %glucose1drop
35 mM1dropMgCl2
42.5 mMADPNP1drop
52 mMdithiothreitol1drop
626.5 mMTris1drop
71 mMEDTA1drop
8106 mM1dropNaCl
9100 mMTris1reservoir
1050 mM1reservoirLiSO4
1112-20 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→10 Å / Num. all: 17365 / Num. obs: 17365 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 -5 %
Rwork0.236 --
all-17365 -
obs-17365 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5230 504 31 0 5765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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