PDB-3ppg: Crystal structure of the Candida albicans methionine synthase by ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppg

タイトル

Crystal structure of the Candida albicans methionine synthase by surface entropy reduction, alanine variant with zinc

要素

5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Cobalamin-Independent / Surface Entropy Reduction / Methyltransferase / Metalloproteinase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-methionine biosynthetic process from L-homoserine via O-acetyl-L-homoserine / symbiont-mediated perturbation of host immune response / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / methionine metabolic process / fungal biofilm matrix / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / hyphal cell wall / fungal-type cell wall / methionine biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Ubhi, D. / Kavanagh, K. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Structure of Candida albicans methionine synthase determined by employing surface residue mutagenesis.
著者: Ubhi, D. / Kavanagh, K.L. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppg.cif.gz	304.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppg.ent.gz	241.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppcSC 3ppfC 3pphC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ppf-d 3pph-2 3pph-1 4zty-d 4l5z-d 5xe1-d 7ah6-d 3ppc-1 1j9z-2 5x2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase

ヘテロ分子

88.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.194, 99.217, 100.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase / Cobalamin-independent methionine synthase / Methionine synthase / vitamin-B12 independent isozyme 分子量: 88188.961 Da / 分子数: 1 / 変異: K103A, K104A, E107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: BWP17 / 遺伝子: CaO19.10083, CaO19.2551, MET6 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P82610, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50 mM NaI, 27% (w/v) PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日 / 詳細: Asymmetric cut single crystal Si (220)

放射

モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si (220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 54885 / Num. obs: 54885 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.98-2.01	10	0.629	1	100
2.01-2.05	10	0.518	1	100
2.05-2.09	10	0.47	1	100
2.09-2.13	10.1	0.377	1	100
2.13-2.18	10.1	0.333	1	100
2.18-2.23	10.1	0.294	1	100
2.23-2.29	10.1	0.268	1	100
2.29-2.35	10.2	0.216	1	100
2.35-2.42	10.2	0.189	1	100
2.42-2.49	10.2	0.167	1	100
2.49-2.58	10.2	0.144	1	100
2.58-2.69	10.2	0.126	1	100
2.69-2.81	10.2	0.11	1	100
2.81-2.96	10.2	0.093	1	100
2.96-3.14	10.2	0.081	1	100
3.14-3.39	10.1	0.075	1	100
3.39-3.73	9.7	0.073	1	100
3.73-4.26	9.5	0.065	1	100
4.26-5.37	9.6	0.047	1	100
5.37-50	9.6	0.032	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3PPC

3ppc

解像度: 1.98→49.609 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	2682	5.03 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1801	53282	97 %
all	-	54885	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.335 Å² / k_sol: 0.283 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6256 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.769 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.3946 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.609 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5514	0	1	501	6016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5626
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	7670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.233	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	893
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0117	0.2472	124	0.2089	2353	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0117-2.0504	0.2522	139	0.1969	2530	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0504-2.0923	0.2704	146	0.1903	2547	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0923-2.1378	0.259	133	0.1814	2605	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1378-2.1875	0.2165	120	0.1716	2584	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1875-2.2422	0.2333	138	0.1673	2594	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2422-2.3028	0.2078	152	0.168	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3028-2.3706	0.24	143	0.166	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3706-2.4471	0.2317	138	0.1698	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4471-2.5346	0.2443	130	0.1783	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5346-2.636	0.245	146	0.1796	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
2.636-2.756	0.2365	134	0.1898	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.756-2.9013	0.2785	124	0.2004	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9013-3.083	0.2445	141	0.1966	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
3.083-3.321	0.2484	140	0.1885	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.321-3.6551	0.2104	139	0.181	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6551-4.1838	0.1869	162	0.1608	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1838-5.2702	0.1637	163	0.1477	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2702-49.6241	0.2209	170	0.1916	2927	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0775	0.2161	-0.3171	1.513	-0.2815	0.7454	-0.0322	0.2736	0.2125	-0.4184	0.0753	0.1576	-0.1094	-0.0449	-0.0221	0.2471	0.0147	-0.0561	0.1487	0.0305	0.1538	-8.0843	-16.2103	11.5076
2	1.0245	0.0232	-0.1939	1.9234	-0.0701	1.0909	-0.0112	0.0277	-0.0425	-0.0675	-0.0438	-0.0489	0.0826	0.0278	0.0462	0.109	0.0215	-0.0013	0.1134	0.0011	0.1138	-4.5214	-29.049	25.4587
3	0.559	-0.5797	-0.2454	0.9511	0.1985	0.3342	0.0815	0.1366	0.2024	0.0337	-0.1481	0.2617	-0.1312	0.2228	0.0052	0.2036	0.0206	-0.0046	0.3274	0.0913	0.2878	-39.2651	-7.204	39.4093
4	2.1655	-0.0571	-0.0313	0.264	0.391	0.5825	0.1753	0.6553	0.3432	-0.3713	0.0649	-0.1911	-0.3073	0.0815	-0.2149	0.3331	0.0768	0.0855	0.3579	0.1821	0.5112	-28.0768	9.5831	26.9901
5	1.0446	0.0663	-0.3078	0.6716	0.1131	0.1139	0.0482	-0.0114	0.2476	-0.0637	0.0428	0.0608	-0.0491	-0.106	-0.0938	0.1842	0.0411	0.0183	0.1988	0.0058	0.2318	-25.2458	-4.7621	35.8271
6	1.8081	-0.8616	0.2417	0.6823	0.1627	0.3334	0.0219	-0.272	-0.1234	0.0247	0.1609	-0.4523	-0.0986	-0.0491	-0.1748	0.1689	0.0015	0.0961	0.1778	-0.0522	0.3634	-26.594	-25.4362	34.497
7	3.816	-1.1608	1.2629	2.7602	-0.0842	0.5267	0.4179	0.9962	-0.3967	-0.8341	-0.249	0.615	-0.0042	0.1383	-0.0572	0.4275	0.1497	-0.1414	0.5087	-0.0708	0.2848	-43.7329	-9.0331	23.816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:140)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 141:399)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 400:451)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 452:511)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 512:619)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 620:638)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 639:767)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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