PDB-4md9: Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4md9

タイトル

Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E truncated at aa 336)

要素

Casein kinase II subunit alpha
Casein kinase II subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / protein serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL ...regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Signal transduction by L1 / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / fibrillar center / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of protein catabolic process / kinase activity / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / secretory granule lumen / protein-macromolecule adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / Neutrophil degranulation / chromatin binding / chromatin / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Active Form of the Protein Kinase CK2 alpha 2 beta 2 Holoenzyme Is a Strong Complex with Symmetric Architecture.
著者: Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.

履歴

登録	2013年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4md9.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4md9.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4md9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4md9_validation.pdf.gz	538.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4md9_full_validation.pdf.gz	592.8 KB	表示
XML形式データ	4md9_validation.xml.gz	138.7 KB	表示
CIF形式データ	4md9_validation.cif.gz	186.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4md9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4md9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4md7C 4md8C 4dglS 4kwpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4md8-1 4md8-2 4md7-1 4md7-2 5epm-d 6z3u-d 4nh1-d 4dgl-d 2c2v-1 11364 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit beta

B: Casein kinase II subunit beta

C: Casein kinase II subunit beta

D: Casein kinase II subunit beta

E: Casein kinase II subunit alpha

F: Casein kinase II subunit alpha

G: Casein kinase II subunit alpha

H: Casein kinase II subunit alpha

I: Casein kinase II subunit beta

J: Casein kinase II subunit beta

K: Casein kinase II subunit alpha

L: Casein kinase II subunit alpha

M: Casein kinase II subunit alpha

N: Casein kinase II subunit beta

O: Casein kinase II subunit beta

P: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

521 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Casein kinase II subunit beta

B: Casein kinase II subunit beta

E: Casein kinase II subunit alpha

F: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Casein kinase II subunit beta

D: Casein kinase II subunit beta

H: Casein kinase II subunit alpha

K: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Casein kinase II subunit alpha

N: Casein kinase II subunit beta

O: Casein kinase II subunit beta

P: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

I: Casein kinase II subunit beta

J: Casein kinase II subunit beta

L: Casein kinase II subunit alpha

M: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	283.924, 115.707, 208.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	PRO	PRO	A	A	8 - 58	8 - 58
2	1	1	SER	SER	PRO	PRO	B	B	8 - 58	8 - 58
3	1	1	SER	SER	PRO	PRO	C	C	8 - 58	8 - 58
4	1	1	SER	SER	PRO	PRO	D	D	8 - 58	8 - 58
5	1	1	SER	SER	PRO	PRO	I	I	8 - 58	8 - 58
6	1	1	SER	SER	PRO	PRO	J	J	8 - 58	8 - 58
7	1	1	SER	SER	PRO	PRO	N	N	8 - 58	8 - 58
8	1	1	SER	SER	PRO	PRO	O	O	8 - 58	8 - 58
1	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	A	A	68 - 188	68 - 188
2	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	B	B	68 - 188	68 - 188
3	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	C	C	68 - 188	68 - 188
4	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	D	D	68 - 188	68 - 188
5	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	I	I	68 - 188	68 - 188
6	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	J	J	68 - 188	68 - 188
7	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	N	N	68 - 188	68 - 188
8	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	O	O	68 - 188	68 - 188
1	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	4 - 41	4 - 41
2	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	4 - 41	4 - 41
3	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	4 - 41	4 - 41
4	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	4 - 41	4 - 41
5	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	K	K	4 - 41	4 - 41
6	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	L	L	4 - 41	4 - 41
7	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	M	M	4 - 41	4 - 41
8	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	P	P	4 - 41	4 - 41
1	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	50 - 71	50 - 71
2	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	50 - 71	50 - 71
3	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	G	G	50 - 71	50 - 71
4	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	H	H	50 - 71	50 - 71
5	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	K	K	50 - 71	50 - 71
6	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	L	L	50 - 71	50 - 71
7	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	M	M	50 - 71	50 - 71
8	2	2	TYR	TYR	LYS	LYS	P	P	50 - 71	50 - 71
1	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	73 - 102	73 - 102
2	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	F	F	73 - 102	73 - 102
3	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	G	G	73 - 102	73 - 102
4	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	H	H	73 - 102	73 - 102
5	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	K	K	73 - 102	73 - 102
6	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	L	L	73 - 102	73 - 102
7	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	M	M	73 - 102	73 - 102
8	3	2	VAL	VAL	LYS	LYS	P	P	73 - 102	73 - 102
1	4	2	THR	THR	PHE	PHE	E	E	108 - 113	108 - 113
2	4	2	THR	THR	PHE	PHE	F	F	108 - 113	108 - 113
3	4	2	THR	THR	PHE	PHE	G	G	108 - 113	108 - 113
4	4	2	THR	THR	PHE	PHE	H	H	108 - 113	108 - 113
5	4	2	THR	THR	PHE	PHE	K	K	108 - 113	108 - 113
6	4	2	THR	THR	PHE	PHE	L	L	108 - 113	108 - 113
7	4	2	THR	THR	PHE	PHE	M	M	108 - 113	108 - 113
8	4	2	THR	THR	PHE	PHE	P	P	108 - 113	108 - 113
1	5	2	THR	THR	ILE	ILE	E	E	127 - 263	127 - 263
2	5	2	THR	THR	ILE	ILE	F	F	127 - 263	127 - 263
3	5	2	THR	THR	ILE	ILE	G	G	127 - 263	127 - 263
4	5	2	THR	THR	ILE	ILE	H	H	127 - 263	127 - 263
5	5	2	THR	THR	ILE	ILE	K	K	127 - 263	127 - 263
6	5	2	THR	THR	ILE	ILE	L	L	127 - 263	127 - 263
7	5	2	THR	THR	ILE	ILE	M	M	127 - 263	127 - 263
8	5	2	THR	THR	ILE	ILE	P	P	127 - 263	127 - 263
1	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	E	E	274 - 286	274 - 286
2	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	F	F	274 - 286	274 - 286
3	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	G	G	274 - 286	274 - 286
4	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	H	H	274 - 286	274 - 286
5	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	K	K	274 - 286	274 - 286
6	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	L	L	274 - 286	274 - 286
7	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	M	M	274 - 286	274 - 286
8	6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	P	P	274 - 286	274 - 286
1	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	E	E	290 - 327	290 - 327
2	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	F	F	290 - 327	290 - 327
3	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	290 - 327	290 - 327
4	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	H	H	290 - 327	290 - 327
5	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	K	K	290 - 327	290 - 327
6	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	L	L	290 - 327	290 - 327
7	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	M	M	290 - 327	290 - 327
8	7	2	GLN	GLN	VAL	VAL	P	P	290 - 327	290 - 327

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit beta / CK2 subunit beta / CK II beta / Phosvitin / Protein G5a 分子量: 24969.412 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2B, CK2N, G5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67870
#2: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK2 subunit alpha / CK II alpha 分子量: 40135.758 Da / 分子数: 8 / Fragment: kinase domain (UNP residues 1-336) / Mutation: F121E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日

放射

モノクロメーター: horizontally diffracting Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→181.725 Å / Num. all: 74256 / Num. obs: 74256 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.172 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3.5-3.69	3.2	0.621	1.2	0.621	1	99.9
3.69-3.91	3.2	0.429	1.8	0.429	1	100
3.91-4.18	3.3	0.296	2.6	0.296	1	99.9
4.18-4.52	3.4	0.198	3.9	0.198	1	99.9
4.52-4.95	3.4	0.164	4.7	0.164	1	99.9
4.95-5.53	3.4	0.156	5	0.156	1	99.8
5.53-6.39	3.4	0.146	5.2	0.146	1	99.8
6.39-7.83	3.3	0.105	7.1	0.105	1	99.6
7.83-11.07	3.3	0.055	10.2	0.055	1	99.1
11.07-48.306	3.2	0.039	12.5	0.039	1	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4DGL AND 4KWP

4dgl

4kwp

解像度: 3.5→181.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 55.068 / SU ML: 0.379 / SU R Cruickshank DPI: 0.1441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25897	3736	5 %	RANDOM
R_work	0.22888	-	-	-
obs	0.23038	70519	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-24.26 Å²	-0 Å²	6.04 Å²
2-	-	16.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→181.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35065	0	8	0	35073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	36042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.948	48781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.476	5	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.224	23.495	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.95	15	6194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.988	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	28092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	688	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	2	B	688	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	3	C	688	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	4	D	688	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	5	I	688	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	6	J	688	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	7	N	688	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	8	O	688	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	A	722	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
1	2	B	722	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
1	3	C	722	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	4	D	722	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
1	5	I	722	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
1	6	J	722	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
1	7	N	722	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	8	O	722	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
1	1	A	688	MEDIUM THERMAL	5.43	2
1	2	B	688	MEDIUM THERMAL	4.99	2
1	3	C	688	MEDIUM THERMAL	5.04	2
1	4	D	688	MEDIUM THERMAL	5.21	2
1	5	I	688	MEDIUM THERMAL	5.63	2
1	6	J	688	MEDIUM THERMAL	6.51	2
1	7	N	688	MEDIUM THERMAL	5.39	2
1	8	O	688	MEDIUM THERMAL	10.1	2
1	1	A	722	LOOSE THERMAL	6.2	10
1	2	B	722	LOOSE THERMAL	6.51	10
1	3	C	722	LOOSE THERMAL	6.53	10
1	4	D	722	LOOSE THERMAL	6.85	10
1	5	I	722	LOOSE THERMAL	7.27	10
1	6	J	722	LOOSE THERMAL	7.27	10
1	7	N	722	LOOSE THERMAL	6.87	10
1	8	O	722	LOOSE THERMAL	10.62	10
2	1	E	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	2	F	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
2	3	G	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
2	4	H	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
2	5	K	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
2	6	L	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	7	M	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	8	P	1136	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	1	E	1276	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
2	2	F	1276	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
2	3	G	1276	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
2	4	H	1276	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
2	5	K	1276	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
2	6	L	1276	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
2	7	M	1276	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
2	8	P	1276	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
2	1	E	1136	MEDIUM THERMAL	5.86	2
2	2	F	1136	MEDIUM THERMAL	5.15	2
2	3	G	1136	MEDIUM THERMAL	5.44	2
2	4	H	1136	MEDIUM THERMAL	5.34	2
2	5	K	1136	MEDIUM THERMAL	5.7	2
2	6	L	1136	MEDIUM THERMAL	5.55	2
2	7	M	1136	MEDIUM THERMAL	6.26	2
2	8	P	1136	MEDIUM THERMAL	5.47	2
2	1	E	1276	LOOSE THERMAL	6.74	10
2	2	F	1276	LOOSE THERMAL	6.93	10
2	3	G	1276	LOOSE THERMAL	6.71	10
2	4	H	1276	LOOSE THERMAL	7.23	10
2	5	K	1276	LOOSE THERMAL	6.86	10
2	6	L	1276	LOOSE THERMAL	7.4	10
2	7	M	1276	LOOSE THERMAL	7.59	10
2	8	P	1276	LOOSE THERMAL	7.18	10

LS精密化シェル

解像度: 3.498→3.588 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	255	-
R_work	0.291	5045	-
obs	-	-	96.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.332	0.3061	-1.0749	0.5403	-2.0486	7.8557	0.0777	-0.3118	0.0868	0.0696	0.0275	0.0289	-0.3701	-0.2045	-0.1052	0.3507	-0.0764	0.0939	0.6659	-0.0317	0.5992	-98.5945	-3.0472	-43.0705
2	3.7626	-0.3398	-2.2737	6.8875	-5.0855	7.5478	0.0735	0.0352	-0.144	0.2095	0.0361	0.392	0.6204	-0.8147	-0.1096	0.3745	-0.1883	-0.0172	0.6649	-0.0352	0.6605	-113.0738	-10.2149	-45.2348
3	2.1824	0.4201	-0.73	1.014	0.4278	1.5569	-0.0229	-0.349	0.0399	-0.1046	-0.0085	0.075	0.0702	-0.0425	0.0314	0.1132	0.0312	-0.0146	0.2673	-0.0012	0.5204	-89.994	-2.6874	-56.6607
4	6.1587	16.591	-0.8577	45.4519	0.4041	11.6862	-0.5177	-0.0543	-0.112	-1.5623	-0.1304	-0.0516	0.9419	0.4728	0.6481	0.2561	0.2244	-0.0505	0.4021	0.0438	0.7936	-62.4603	-14.5564	-74.3491
5	7.083	-7.2883	4.3397	41.5587	-13.8017	5.2265	0.9106	-0.2956	-0.2493	-0.457	-0.6717	0.2927	0.4861	0.1523	-0.2389	0.4062	0.2148	0.032	1.0301	-0.1931	0.4724	-53.0189	-10.272	-38.0542
6	0.5659	-0.3596	-0.3675	1.4078	2.1283	4.538	-0.0352	-0.2543	0.1061	0.3671	0.2354	-0.0737	0.096	0.7695	-0.2001	0.304	-0.0899	0.0271	0.559	0.038	0.6039	-46.5133	-5.2569	-45.7151
7	2.6555	-0.2059	1.0768	0.8554	-0.3483	1.5746	0.1451	-0.2323	-0.1214	0.0173	0.0135	0.0175	0.1837	-0.058	-0.1586	0.0673	0.037	0.0464	0.2626	0.0242	0.4691	-64.4602	-8.0542	-56.3421
8	5.1149	5.5365	-0.2457	20.2892	10.5494	8.622	0.2018	-0.0558	0.4019	-0.6894	-0.4452	0.6744	-1.0124	-0.2279	0.2434	0.3338	0.1046	-0.1261	0.5693	0.0459	0.4769	-90.9052	6.6998	-73.6608
9	7.8528	0.0623	-4.7801	3.998	5.1808	9.7315	-0.6639	0.0654	0.2324	-0.4513	0.2033	0.505	-0.1793	0.3369	0.4606	0.2876	0.2291	0.1276	0.4719	0.1504	0.5718	10.8994	30.1466	-49.2774
10	0.2035	-0.7854	-1.3791	6.9666	4.0308	11.6925	0.0619	0.0237	-0.0264	-0.6092	0.0771	0.4439	0.0167	0.9759	-0.139	0.2571	0.1883	0.001	0.7908	0.0358	0.623	25.2678	22.5982	-46.2996
11	3.7019	0.0738	-0.7467	1.2564	0.1526	1.7436	0.2021	0.2299	0.0576	-0.2753	-0.1624	0.0704	0.0654	0.0399	-0.0397	0.1159	-0.0277	-0.0052	0.3177	0.0473	0.4607	3.5377	28.3305	-35.0237
12	0.8177	0.3995	-0.155	1.7548	4.3846	12.8781	0.3533	0.0577	-0.275	0.7884	0.2031	-0.2987	1.7229	0.173	-0.5564	0.5604	-0.0785	0.1206	0.73	0.0296	0.7219	-25.4702	15.9845	-18.0861
13	4.3461	-1.0765	-0.3555	1.4716	-0.4746	0.7057	0.2635	0.2226	0.3559	-0.2162	0.0676	0.0841	0.1846	-0.4411	-0.3311	0.1958	-0.0462	-0.0065	0.5342	0.042	0.5558	-40.215	27.6966	-45.0018
14	3.7536	-0.2006	1.0489	0.3296	0.5532	1.5104	-0.0374	0.0336	0.0329	0.003	-0.0566	0.0065	-0.0489	0.0196	0.094	0.0689	-0.1376	0.0635	0.3092	-0.0221	0.4907	-23.1096	23.7624	-34.5191
15	0.6949	-2.6882	-2.8671	15.3359	8.6021	13.3809	-0.0615	0.0578	0.1557	1.4492	0.0028	-1.4679	-0.4933	-0.7139	0.0587	0.3727	0.0216	-0.1645	0.6746	-0.0886	0.8144	4.8921	34.9167	-16.7314
16	2.6894	-0.8826	-0.4608	0.6343	0.0344	0.8348	0.193	-0.0389	0.5068	-0.0195	-0.0345	-0.278	-0.46	0.3816	-0.1585	0.3358	-0.0721	0.0463	0.4793	0.0018	0.5824	-29.3747	-0.7814	-75.5945
17	5.6472	-0.5704	-1.0151	1.6411	-0.3444	1.9767	-0.1715	-0.0522	0.2724	0.1712	0.1403	-0.0149	0.0142	0.1118	0.0311	0.1643	0.004	0.0552	0.3081	-0.0238	0.4488	-41.412	-5.6104	-74.9567
18	0.7126	0.0336	0.8259	3.4099	1.4278	1.5789	0.1364	0.0024	-0.2439	0.8355	-0.234	0.4801	0.4824	-0.0726	0.0975	0.2624	0.0729	0.0792	0.5132	-0.0034	0.6452	-44.3422	-12.276	-76.7972
19	3.5261	-0.176	0.9903	3.1903	-0.2502	3.9531	0.2697	-0.0589	-0.0554	0.1104	-0.2189	0.0212	0.147	0.2947	-0.0508	0.1069	0.06	-0.0018	0.4039	-0.0325	0.4786	-27.3792	-16.5789	-76.325
20	1.592	0.1075	-0.0402	2.6189	-0.8038	0.6984	0.2031	-0.1191	-0.3536	0.3083	-0.1387	-0.2275	0.3234	0.1232	-0.0644	0.4804	0.0524	-0.0638	0.6444	0.025	0.6521	-19.0578	-28.5673	-72.6429
21	2.8263	-0.8486	-0.5149	1.8164	0.1592	0.1772	0.0165	0.0608	-0.3746	0.1957	-0.084	0.2434	0.1795	-0.0714	0.0675	0.4611	-0.0185	0.0754	0.5574	-0.0701	0.6492	-127.2682	-7.0013	-82.0951
22	3.8022	-0.6604	1.974	2.4658	-1.1939	1.3433	0.0921	-0.2506	-0.1375	0.19	-0.0744	0.0037	0.0081	-0.122	-0.0177	0.2384	0.0237	0.091	0.4684	-0.0446	0.5033	-109.4942	-2.8919	-77.1705
23	2.2243	1.0173	-0.8895	0.4908	-0.4204	0.3752	0.0164	-0.1933	-0.0838	0.1238	0.0041	-0.1129	-0.1119	-0.0038	-0.0205	0.8921	0.2205	-0.2178	0.8789	-0.0269	0.7528	-108.9336	13.7878	-79.0861
24	1.5805	-0.2559	-0.6427	1.391	0.6871	2.2034	-0.0128	-0.0834	0.0168	0.3168	-0.0488	0.1621	0.0648	-0.1998	0.0616	0.2325	0.0531	0.0623	0.493	0.0003	0.4886	-129.1268	13.3714	-73.1857
25	2.0532	0.4668	-0.5916	2.1721	-1.8922	5.304	-0.1285	0.3465	0.2288	-0.2239	0.1309	0.2284	-0.1426	-0.3052	-0.0024	0.1961	0.103	-0.0289	0.568	-0.0507	0.5308	-130.147	23.8194	-82.489
26	0.8369	0.7391	-0.2126	2.8722	-0.053	0.304	-0.2451	0.0905	0.4605	0.1472	0.1474	0.374	-0.1535	-0.0113	0.0976	0.5253	0.0061	-0.1637	0.5131	-0.0119	0.6923	-61.8453	-27.3132	-12.2913
27	4.0108	-0.7966	-2.0258	2.2788	0.0287	2.39	-0.3268	0.4793	0.2586	-0.2768	0.065	-0.207	0.0023	-0.2766	0.2618	0.2051	-0.0661	-0.0181	0.4021	0.0548	0.467	-40.6371	-32.9857	-15.1321
28	2.8773	5.9461	-3.1963	12.48	-6.6731	3.5748	-0.0185	0.17	0.2007	-0.074	0.3648	0.8142	0.0354	-0.1998	-0.3462	0.4672	-0.0104	-0.0216	0.5617	-0.0073	0.8456	-42.3919	-50.2709	-10.2106
29	1.8551	0.5423	0.8071	2.3038	0.6604	2.4906	-0.008	0.0011	-0.1896	-0.0145	0.0545	0.1052	0.0902	-0.144	-0.0465	0.0523	0.0239	0.0796	0.424	-0.0233	0.461	-62.7093	-50.3654	-14.7824
30	0.5075	-0.6433	0.1333	1.4508	-0.1844	0.0376	-0.3333	0.1764	0.3139	0.4586	0.2382	-0.0096	-0.0999	0.0075	0.0951	0.5593	-0.1355	-0.0069	0.8327	0.0027	0.8348	-60.2868	31.2525	-12.242
31	6.3706	0.6301	-0.9917	2.9602	-0.2422	0.8982	-0.3337	-0.0763	0.2226	-0.0648	0.1555	0.0325	-0.1661	0.036	0.1783	0.2531	-0.1457	0.0784	0.4159	-0.0893	0.3094	-42.9188	24.4094	-14.2993
32	0.5262	1.4986	-0.2834	17.8282	-2.8272	0.9441	-0.2293	-0.101	-0.2573	-0.4772	-0.0443	-0.2125	0.3457	-0.009	0.2737	0.3512	-0.0425	0.0469	0.6752	-0.0053	0.5426	-42.574	13.6864	-14.2339
33	2.4109	0.7435	1.0077	2.6527	-0.5	3.0988	0.0991	-0.0602	-0.1011	-0.2375	-0.0531	0.2939	0.2267	0.1367	-0.046	0.1816	0.001	0.1234	0.4591	-0.0967	0.4825	-63.9911	8.5063	-17.9593
34	6.7689	-5.5989	0.1882	4.6637	-0.1939	0.0511	0.1776	-0.0756	-0.2032	-0.3584	-0.0413	0.223	0.1769	0.0066	-0.1364	0.6738	-0.1035	-0.0626	0.6868	-0.0585	0.6732	-61.6725	-63.445	-40.8029
35	5.5054	-0.0304	2.1655	6.5883	2.022	13.1509	-0.1251	-0.2024	0.4969	0.3001	0.2861	-0.4479	-0.1833	-0.3933	-0.161	0.0361	-0.0327	0.0359	0.6042	0.0084	0.5613	-47.278	-57.3705	-45.1902
36	1.7937	1.2009	1.7391	2.021	0.8105	3.3402	0.1137	-0.5231	0.0725	-0.1478	-0.2611	0.0475	-0.0765	-0.1062	0.1473	0.1923	0.0351	0.0612	0.4826	-0.019	0.5443	-67.4507	-61.7906	-52.3592
37	0.7904	-0.6883	1.0443	0.7311	-1.1805	2.0607	0.0844	0.2627	0.2049	0.0119	-0.0334	-0.1374	-0.1783	0.0171	-0.051	0.4215	0.09	0.0083	0.4558	-0.0274	0.7572	-91.2034	-60.7033	-68.1964
38	1.5234	0.2641	0.0039	1.2784	-1.0589	0.915	-0.1545	-0.4287	-0.4512	0.076	0.295	0.1065	-0.1272	-0.2864	-0.1405	0.4687	0.0437	0.0416	0.72	-0.0324	0.7975	-113.1068	-60.2303	-42.7966
39	2.7031	-0.121	-0.9651	0.6243	0.1449	1.4716	-0.0135	-0.079	0.1652	-0.0087	0.0099	0.1179	0.0829	-0.0704	0.0036	0.2668	0.1199	-0.079	0.4418	-0.0525	0.5937	-92.6206	-59.4951	-56.3034
40	0.9677	-0.2359	1.0002	0.1017	-0.1187	1.4574	0.0316	-0.2252	-0.082	-0.0866	0.132	-0.0377	0.0466	0.2487	-0.1636	0.5888	-0.0062	0.1138	0.6263	0.1199	0.7132	50.5275	20.1712	-14.5769
41	3.8231	-0.9801	1.0074	2.2108	0.7049	1.8482	0.1207	-0.0187	-0.119	-0.0781	-0.1607	-0.0883	0.4585	0.0384	0.04	0.252	-0.0994	0.0701	0.3919	0.0245	0.4246	23.8559	22.1152	-16.8301
42	0.1736	0.0307	0.0501	1.8733	2.7744	4.1094	-0.0979	-0.1858	0.2832	-0.7052	-0.1377	0.1629	-1.0486	-0.1638	0.2356	0.4154	-0.0716	-0.1562	0.7806	-0.0004	0.7992	24.6764	40.011	-11.7503
43	2.1283	-0.0031	-0.1329	2.3566	-0.4051	2.4514	-0.095	-0.0405	0.2426	-0.0707	0.0178	0.0504	-0.017	0.2161	0.0772	0.1099	-0.0529	0.0327	0.4828	0.0422	0.4251	40.2642	35.0203	-15.5395
44	2.0901	-1.2134	-0.7341	2.2993	0.5793	5.0875	0.1602	-0.115	0.2713	-0.1936	-0.1259	-0.1303	-0.383	0.267	-0.0343	0.2091	-0.1873	-0.0613	0.4559	0.0344	0.5807	49.3073	46.2304	-19.7881
45	0.7167	0.1152	-0.458	0.6726	0.0896	2.3086	0.0447	-0.0286	-0.2066	0.158	-0.1161	0.1421	0.3573	-0.3504	0.0714	0.2933	0.0447	-0.0109	0.4009	-0.0705	0.6268	-129.7954	-63.3337	-76.9207
46	4.1404	0.8374	1.0889	3.5202	-0.1869	3.2777	0.1772	-0.1858	-0.1085	0.4502	-0.1081	0.0255	-0.0799	-0.0989	-0.069	0.2056	0.1513	0.0005	0.3544	0.0188	0.5598	-117.3894	-60.3551	-73.682
47	0.0347	0.0036	0.0033	0.0021	0.001	0.0029	-0.1244	-0.0543	0.0704	-0.0227	0.0933	0.0142	-0.0358	0.009	0.0311	1.1361	0.2195	-0.0951	0.8493	0.0201	0.8875	-115.8386	-42.588	-78.8009
48	1.6135	-0.3989	-0.4661	2.3436	0.2271	1.7515	0.0562	-0.0359	0.0951	0.1631	-0.1769	0.0005	-0.3437	0.0035	0.1206	0.3471	0.0997	-0.0268	0.4778	0.0134	0.6012	-136.4737	-41.1049	-74.9959
49	0.2969	0.0812	0.1875	0.2366	-0.2226	1.0705	-0.0414	0.1729	0.283	0.0813	0.0121	-0.0895	-0.5795	0.1157	0.0293	0.4272	-0.0123	0.0851	0.4763	0.0077	0.7994	-37.0857	-58.4798	-78.0824
50	1.8201	-0.4615	-0.2307	3.1947	2.0203	3.2806	0.1216	-0.0811	0.4343	-0.0563	-0.052	-0.1134	-0.4148	0.0384	-0.0696	0.3418	0.0935	0.0041	0.4492	0.0058	0.6065	-49.8806	-61.1994	-74.6952
51	2.5278	-1.999	-1.9241	1.6253	1.4621	1.6647	-0.3432	0.1427	0.0955	0.4481	0.0573	-0.2264	0.3012	-0.4783	0.2859	0.4546	0.0184	-0.1625	0.8991	-0.1542	0.8714	-51.2083	-78.9676	-78.0058
52	1.4507	-0.3958	-0.6212	1.4563	-0.4872	1.5652	0.0584	-0.0738	0.0845	0.2116	0.0133	-0.0757	-0.2774	-0.0241	-0.0717	0.2146	-0.008	-0.0085	0.4153	-0.0214	0.5352	-31.0876	-77.5738	-71.5393
53	4.567	0.9487	0.7505	0.8438	1.6522	3.7281	-0.0066	0.1948	-0.2348	-0.0148	0.0575	-0.1337	0.0685	0.2773	-0.0509	0.2387	0.1069	0.0441	0.4644	0.0137	0.5931	-30.0408	-87.5548	-82.0159
54	3.0365	0.8328	1.7645	2.9426	-0.0282	8.2869	0.1836	-0.0836	-0.0691	-0.1292	-0.0077	-0.1821	0.0094	0.4609	-0.1759	0.2935	-0.0059	0.2465	0.5348	0.0815	0.4829	19.7062	-34.6977	-44.3178
55	4.7197	-1.543	-4.4065	1.1041	1.7017	4.2393	-0.1566	-0.2095	0.1003	-0.0639	0.5046	-0.6913	0.1424	0.4616	-0.348	0.7141	0.1412	0.0069	0.8475	-0.2151	0.9527	28.1193	-40.188	-52.2686
56	2.116	0.2208	0.299	0.6813	-0.698	0.9138	0.1693	0.1589	0.2154	-0.0204	-0.1661	-0.0247	-0.0243	0.1257	-0.0033	0.4108	-0.0814	0.1155	0.4174	0.0284	0.631	5.5099	-32.2691	-35.1662
57	0.6069	2.4533	1.3352	12.2687	8.9414	8.6957	0.0372	0.2292	-0.2507	1.0115	0.8319	-0.8584	1.1324	0.2133	-0.8691	0.3105	-0.0878	0.1971	0.5636	0.0216	0.7925	-23.8461	-43.1057	-17.7491
58	1.0575	-0.7206	0.6249	0.5318	-0.4345	1.2123	0.0501	0.1378	-0.0109	-0.0989	-0.0027	0.1189	-0.2286	-0.3072	-0.0474	0.5853	0.1037	-0.0646	0.8064	-0.0525	0.6199	-36.4818	-35.8343	-43.813
59	6.4239	0.0202	5.272	4.7671	-2.1089	5.2773	0.019	-0.2994	0.3609	-0.3163	-0.4296	-0.3565	0.1441	-0.0939	0.4107	0.7834	0.1227	0.0192	0.9005	-0.054	0.8389	-45.0725	-31.2547	-51.5094
60	2.0773	-0.0646	0.5848	0.9967	-0.0791	0.9389	0.0019	0.2654	0.064	-0.0155	0.0002	0.0725	-0.4163	-0.0356	-0.0021	0.3553	-0.0163	0.1248	0.4845	-0.0346	0.5706	-17.7884	-35.6522	-32.554
61	3.1433	0.75	-0.0797	1.1584	0.5479	0.5462	0.1206	-0.0719	-0.4885	0.2801	-0.1503	-0.2398	0.4225	0.03	0.0298	0.532	-0.1107	0.0495	0.513	0.1034	0.5611	38.645	-36.5558	-12.5279
62	3.9388	-0.5275	2.275	1.9722	-0.2559	1.3388	0.1715	0.1081	0.0839	-0.0451	-0.2116	-0.0239	-0.0119	0.1415	0.0401	0.4385	-0.3288	0.1356	0.5129	-0.0085	0.5442	25.9497	-34.1967	-15.3844
63	2.4368	0.2875	0.2778	12.1941	1.5065	0.2406	-0.0054	-0.2682	0.2683	-1.7118	-0.1337	-0.2702	-0.2087	-0.149	0.1391	0.6878	-0.2539	0.1573	0.7309	-0.1272	0.6524	23.7985	-17.5112	-10.5094
64	1.0448	0.8078	0.2446	3.2792	-0.6156	2.7369	0.1576	0.2196	0.133	-0.01	-0.2391	-0.0543	0.0552	-0.1096	0.0816	0.2417	-0.1014	0.0297	0.4321	0.0733	0.5374	43.4815	-16.1441	-16.8994
65	2.9655	-1.6346	-0.4577	1.4668	0.5317	4.4337	0.1608	-0.2895	0.5722	0.3893	-0.0781	-0.5391	-0.3054	0.0751	-0.0828	0.4989	-0.2154	-0.0527	0.5219	0.0331	0.664	44.707	-7.5341	-5.7584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	66 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	190 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 15
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	16 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	66 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	190 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 26
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	27 - 61
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	66 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	187 - 207
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	6 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	65 - 189
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	190 - 207
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	2 - 44
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	45 - 96
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	97 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	130 - 226
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	227 - 330
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	4 - 38
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	39 - 108
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	109 - 129
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	130 - 280
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	281 - 330
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	2 - 35
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	36 - 109
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	110 - 129
29	X-RAY DIFFRACTION	29	G	130 - 330
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	3 - 38
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	39 - 103
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	104 - 129
33	X-RAY DIFFRACTION	33	H	130 - 330
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	7 - 26
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	27 - 60
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	66 - 170
37	X-RAY DIFFRACTION	37	I	171 - 207
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	7 - 58
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	66 - 207
40	X-RAY DIFFRACTION	40	K	3 - 24
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	25 - 108
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	109 - 129
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	130 - 226
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	227 - 330
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	3 - 44
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	45 - 109
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	110 - 129
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	130 - 330
49	X-RAY DIFFRACTION	49	M	2 - 44
50	X-RAY DIFFRACTION	50	M	45 - 109
51	X-RAY DIFFRACTION	51	M	110 - 129
52	X-RAY DIFFRACTION	52	M	130 - 280
53	X-RAY DIFFRACTION	53	M	281 - 332
54	X-RAY DIFFRACTION	54	N	7 - 45
55	X-RAY DIFFRACTION	55	N	46 - 61
56	X-RAY DIFFRACTION	56	N	66 - 186
57	X-RAY DIFFRACTION	57	N	187 - 207
58	X-RAY DIFFRACTION	58	O	7 - 45
59	X-RAY DIFFRACTION	59	O	46 - 61
60	X-RAY DIFFRACTION	60	O	65 - 207
61	X-RAY DIFFRACTION	61	P	3 - 44
62	X-RAY DIFFRACTION	62	P	45 - 108
63	X-RAY DIFFRACTION	63	P	109 - 129
64	X-RAY DIFFRACTION	64	P	130 - 280
65	X-RAY DIFFRACTION	65	P	281 - 330

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)