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万見
- PDB-4db1: Cardiac human myosin S1dC, beta isoform complexed with Mn-AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4db1
タイトルCardiac human myosin S1dC, beta isoform complexed with Mn-AMPPNP
要素Myosin-7
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / S1DC / myosin / cardiac / beta isoform / MYH7 / MYHCB / MyHC-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / transition between fast and slow fiber / regulation of the force of heart contraction / myosin filament / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / myosin II complex ...regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / transition between fast and slow fiber / regulation of the force of heart contraction / myosin filament / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / myosin II complex / myosin complex / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / skeletal muscle contraction / ATP metabolic process / cardiac muscle contraction / stress fiber / striated muscle contraction / muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / Z disc / actin filament binding / calmodulin binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Deacon, J.C. / Combs, A.C. / Leinwand, L.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cardiac human myosin S1dC, beta isoform complexed with Mn-AMPPNP
著者: Klenchin, V.A. / Deacon, J.C. / Combs, A.C. / Leinwand, L.A. / Rayment, I.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7
B: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,3266
ポリマ－178,2042
非ポリマー1,1224
水3,639202
1
A: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6633
ポリマ－89,1021
非ポリマー5612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6633
ポリマ－89,1021
非ポリマー5612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area59560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.206, 94.310, 110.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myosin-7 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 89101.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-783 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYH7, MYHCB / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): C2C12 cells / 参照: UniProt: P12883
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: precipitant: 7.5% PEG 8000, 0.05M MES, 0.05M acetate, 0.25M sodium chloride, 0.01M manganese chloride, 0.1% sodium cholate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 58495 / Num. obs: 58495 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.154 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.644.92.19729191.0821100
2.64-2.6952.429211.0661100
2.69-2.7452.59128701.0391100
2.74-2.852.90729281.0541100
2.8-2.8653.14129071.0321100
2.86-2.9353.78928821.0471100
2.93-354.15429220.9961100
3-3.0854.66429131.0681100
3.08-3.1755.94829141.0291100
3.17-3.2756.6129041.0171100
3.27-3.3958.1829121.0451100
3.39-3.5359.76329251.0121100
3.53-3.69511.14329461.0471100
3.69-3.88512.96929151.0511100
3.88-4.12514.65329131.0171100
4.12-4.44516.83329461.11100
4.44-4.884.917.85329191.112199.9
4.88-5.584.916.2529711.1861100
5.58-7.014.715.32429371.0941100
7.01-254.823.45330310.8911100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP10.2.31位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MYS

2mys


解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.2364 / WRfactor Rwork: 0.1924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8105 / SU B: 20.348 / SU ML: 0.219 / SU R Cruickshank DPI: 0.5907 / SU Rfree: 0.3086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 2959 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.2124 55769 --
obs0.2124 55440 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.95 Å2 / Biso mean: 40.421 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20.22 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11052 0 64 202 11318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02211381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.95715420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18951427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26524.549510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.999151858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.51547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.40137126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7463011370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44854255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.616504048
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 199 -
Rwork0.279 3804 -
all-4003 -
obs-4003 93.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8481-0.0297-0.35260.4218-0.07081.9180.02450.0047-0.08860.00380.01630.10060.2112-0.1227-0.04080.2262-0.0290.02540.17840.01020.27760.04343.44475.818
21.5988-0.02340.67730.79830.132.03540.00110.15290.026-0.1671-0.00480.1704-0.1931-0.63920.00370.2685-0.00260.05450.420.06470.3642-15.63251.70269.365
30.8211-0.0875-0.22150.66690.26821.30720.0164-0.1129-0.04260.0540.0366-0.12330.09310.1568-0.0530.16250.00950.01080.19390.00810.246240.63744.23257.182
42.12270.29310.51071.1118-0.11150.36020.0329-0.22120.16710.334-0.0934-0.2307-0.10170.26690.06050.3185-0.03690.00810.5124-0.02480.349555.8553.23962.227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2A497 - 777
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 495
4X-RAY DIFFRACTION4B496 - 775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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