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- PDB-4d11: GalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 peptide and mang... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d11
タイトルGalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 peptide and manganese (Lower resolution dataset)
要素
  • (POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE ...) x 2
  • PEPTIDE
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX / RETAINING GALNAC-T2 / SUBSTRATE-GUIDED SNI-TYPE REACTION / QM/MM METADYNAMICS / BI-BI KINETIC MECHANISM / SUBSTRATE SPECIFICITY / ACETAMIDO GROUP
機能・相同性
機能・相同性情報


intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / O-glycan processing / chondroblast differentiation ...intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / O-glycan processing / chondroblast differentiation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of cartilage development / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / labyrinthine layer blood vessel development / Golgi cisterna membrane / growth factor binding / protein maturation / extracellular matrix organization / extracellular matrix / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell differentiation / osteoblast differentiation / integrin binding / heparin binding / manganese ion binding / carbohydrate binding / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor binding protein ...IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Glycosyltransferase 2-like / von Willebrand factor type C domain / Glycosyl transferase family 2 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BBK / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / CCN family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. ...Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
著者: Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
B: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
C: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
D: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
E: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
F: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
L: PEPTIDE
O: PEPTIDE
P: PEPTIDE
X: PEPTIDE
Z: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,42527
ポリマ－391,72111
非ポリマー3,70416
水00
1
A: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
B: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
P: PEPTIDE
Z: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,13910
ポリマ－130,7474
非ポリマー1,3936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-37.5 kcal/mol
Surface area38760 Å2
手法PISA
2
D: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
E: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
O: PEPTIDE
X: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,13910
ポリマ－130,7474
非ポリマー1,3936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-38.1 kcal/mol
Surface area38650 Å2
手法PISA
3
C: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
L: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8624
ポリマ－65,4032
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
4
F: POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2843
ポリマ－64,8251
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.771, 120.898, 249.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A75 - 569
2010B75 - 569
1020A74 - 542
2020C74 - 569
1030A75 - 569
2030D75 - 569
1040A75 - 569
2040E75 - 569
1050A76 - 388
2050F76 - 562
1060B75 - 541
2060C75 - 568
1070B75 - 569
2070D75 - 569
1080B75 - 569
2080E75 - 569
1090B76 - 389
2090F76 - 562
10100C75 - 568
20100D75 - 539
10110C75 - 568
20110E75 - 539
10120C76 - 389
20120F76 - 562
10130D75 - 569
20130E75 - 569
10140D76 - 389
20140F76 - 562
10150E76 - 389
20150F76 - 562

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.08242, -0.02447, 0.9963), (0.008671, 0.9996, 0.02527), (-0.9966, 0.01072, -0.08218)
ベクター: 191.041, -18.1798, 120.665)

-
要素

-
POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE ... , 2種, 6分子 ABDEFC

#1: タンパク質
POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2


分子量: 64824.703 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD-1168 / 参照: UniProt: Q10471
#2: タンパク質 POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2


分子量: 64854.727 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD-1168 / 参照: UniProt: Q10471

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 9分子 LOPXZ

#3: タンパク質・ペプチド
PEPTIDE


分子量: 548.610 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD-1168 / 参照: UniProt: Q6FI18*PLUS
#5: 糖
ChemComp-BBK / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-galactose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 237.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO5S

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47 Å / Num. obs: 83233 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FFV

2ffv


解像度: 2.85→249.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 33.179 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23497 2285 2.7 %RANDOM
Rwork0.21602 ---
obs0.21655 80867 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----4.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→249.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21608 0 216 0 21824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01922393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0221064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.95530324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.715348304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52952680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26223.3391111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.693153811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.06715213
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.23223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02125274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.025403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9394.4210797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9394.4210798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.476.60513452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2645.03611595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A303690.08
12B303690.08
21A266130.11
22C266130.11
31A306600.09
32D306600.09
41A307440.07
42E307440.07
51A174980.11
52F174980.11
61B267080.12
62C267080.12
71B300380.09
72D300380.09
81B301820.08
82E301820.08
91B174370.11
92F174370.11
101C263560.12
102D263560.12
111C264450.11
112E264450.11
121C175620.11
122F175620.11
131D305690.09
132E305690.09
141D174760.12
142F174760.12
151E176750.11
152F176750.11
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 167 -
Rwork0.342 5887 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0537-0.1776-0.05660.67680.24760.30440.0282-0.00440.0257-0.0578-0.03090.06980.004-0.03740.00270.21610.0071-0.05070.3452-0.02920.3964126.984539.349437.8487
20.29690.16140.44450.29150.25880.9184-0.038-0.13030.0458-0.21950.0484-0.0269-0.02150.0176-0.01040.3697-0.0517-0.01930.349-0.00920.2358138.603832.4406-0.778
30.45340.00520.26120.5128-0.67641.5098-0.24830.0250.1515-0.04940.1713-0.17180.0847-0.29870.0770.27760.0765-0.09470.30690.06150.2969103.062493.165621.475
40.725-0.3054-0.33130.18080.20390.34380.1095-0.07880.1831-0.08570.0534-0.09870.035-0.0363-0.16280.2948-0.04980.06730.2605-0.02370.4099125.767750.8175-43.1242
50.0991-0.20860.02880.8281-0.17470.05460.0523-0.06960.0329-0.14830.0039-0.07920.0123-0.004-0.05620.2198-0.01130.03050.28550.02450.462588.402958.2118-55.5331
60.90841.1356-0.30841.432-0.44860.4261-0.1936-0.1422-0.2982-0.1996-0.1059-0.4114-0.1601-0.30940.29950.35880.1681-0.12130.5036-0.13780.232111.067108.6374-25.5063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A74 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2B75 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3C74 - 600
4X-RAY DIFFRACTION4D75 - 600
5X-RAY DIFFRACTION5E75 - 600
6X-RAY DIFFRACTION6F76 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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