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- PDB-5fv9: Crystal structure of GalNAc-T2 in complex with compound 16d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fv9
タイトルCrystal structure of GalNAc-T2 in complex with compound 16d
要素GALNAC-T2
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane ...: / : / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane / positive regulation of immunoglobulin production / protein maturation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-Y6W / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Ghirardello, M. / Rivas, M. / Lacetera, A. / Delso, I. / Lira-Navarrete, E. / Tejero, T. / Martin-Santamaria, S. / Hurtado-Guerrero, R. / Merino, P.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Glycomimetics Targeting Glycosyltransferases: Synthetic, Computational and Structural Studies of Less-Polar Conjugates.
著者: Ghirardello, M. / De Las Rivas, M. / Lacetera, A. / Delso, I. / Lira-Navarrete, E. / Tejero, T. / Martin-Santamaria, S. / Hurtado-Guerrero, R. / Merino, P.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GALNAC-T2
B: GALNAC-T2
C: GALNAC-T2
D: GALNAC-T2
E: GALNAC-T2
F: GALNAC-T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,56940
ポリマ－388,9486
非ポリマー5,62134
水29,4181633
1
C: GALNAC-T2
D: GALNAC-T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,7849
ポリマ－129,6492
非ポリマー1,1347
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-39.1 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
2
A: GALNAC-T2
B: GALNAC-T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,57514
ポリマ－129,6492
非ポリマー1,92512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-26.7 kcal/mol
Surface area39760 Å2
手法PISA
3
F: GALNAC-T2
ヘテロ分子

E: GALNAC-T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,21117
ポリマ－129,6492
非ポリマー2,56215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area39660 Å2
手法PISA
4
E: GALNAC-T2
ヘテロ分子

F: GALNAC-T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,21117
ポリマ－129,6492
非ポリマー2,56215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area39660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.493, 121.748, 250.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.05266, 0.9073, -0.4171), (0.8821, -0.1536, -0.4454), (-0.4682, -0.3914, -0.7922)
ベクター: 41.04, -63.38, -39.74)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
GALNAC-T2


分子量: 64824.703 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / Variant (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q10471

-
非ポリマー , 6種, 1667分子

#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-Y6W / [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl hydrogen (S)-{3-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]propyl}phosphonate


分子量: 512.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N2O13P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→20 Å / Num. obs: 215817 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOT

4dot


解像度: 2.07→250.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 10.755 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24685 5938 2.8 %RANDOM
Rwork0.18958 ---
obs0.19113 209784 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→250.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22937 0 344 1633 24914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01923798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0222481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9961.95932211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0213.00251532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72252860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6823.2711171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.302154057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5315231
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.23426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02126853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.893.15211458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8893.15211457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1814.70814309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4733.58312340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 460 -
Rwork0.269 15402 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2008-0.24720.01120.5102-0.10360.12710.0761-0.06110.0199-0.0735-0.0623-0.0197-0.01440.0009-0.01380.098-0.03510.00690.14940.0150.084630.0625-1.5823-55.3867
20.10720.15960.00240.41740.24810.39810.0248-0.02730.0017-0.008-0.05040.0567-0.0524-0.00850.02560.0962-0.01540.02350.18840.0030.075910.1393-39.8047-37.8523
30.3597-0.2545-0.52410.2390.34510.8405-0.076-0.02240.00530.10330.0925-0.00550.03560.0842-0.01650.1370.03490.01620.2421-0.00390.005121.5476-32.40170.8822
40.27250.1153-0.30280.5713-0.8441.3368-0.15540.0377-0.03080.05780.1044-0.0439-0.0228-0.1770.0510.147-0.01790.02530.14390.03890.0429-15.287428.6427-19.2237
50.1102-0.23660.240.5606-0.63090.9955-0.13780.02220.08430.2456-0.0446-0.1972-0.23650.00530.18240.21710.019-0.08840.15790.00450.0759-3.68319.649720.244
61.2445-0.6109-0.32890.51770.39760.34330.3393-0.21280.2862-0.1631-0.0574-0.3179-0.0768-0.1013-0.2820.2304-0.08330.15810.13430.05920.2679-49.294-9.4242-43.4098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E75 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 601
3X-RAY DIFFRACTION3B75 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4C75 - 601
5X-RAY DIFFRACTION5D75 - 601
6X-RAY DIFFRACTION6F75 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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