[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5ndf: Small-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces muci... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ndf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Small-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces mucin-type O-glycosylation | |||||||||
Components | Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / GalNAc-T2 Inhibition Flavonoids Mucin-type O-glycosylation Alzheimer disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein O-linked glycosylation via threonine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via serine / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane ...protein O-linked glycosylation via threonine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via serine / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein maturation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular region / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Hurtado-Guerrero, R. / De las Rivas, M. | |||||||||
Funding support | Spain, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: The small molecule luteolin inhibits N-acetyl-alpha-galactosaminyltransferases and reduces mucin-type O-glycosylation of amyloid precursor protein. Authors: Liu, F. / Xu, K. / Xu, Z. / de Las Rivas, M. / Wang, C. / Li, X. / Lu, J. / Zhou, Y. / Delso, I. / Merino, P. / Hurtado-Guerrero, R. / Zhang, Y. / Wu, F. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ndf.cif.gz | 624.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5ndf.ent.gz | 507.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ndf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndf | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2ffvS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: 0
|