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- PDB-5ndf: Small-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces muci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndf
タイトルSmall-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces mucin-type O-glycosylation
要素Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / GalNAc-T2 Inhibition Flavonoids Mucin-type O-glycosylation Alzheimer disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane ...protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein maturation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LU2 / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hurtado-Guerrero, R. / De las Rivas, M.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号
MICINNBFU2016-75633-P スペイン
MICINNCTQ2013-44367-C2-2-P スペイン
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2017
タイトル: The small molecule luteolin inhibits N-acetyl-alpha-galactosaminyltransferases and reduces mucin-type O-glycosylation of amyloid precursor protein.
著者: Liu, F. / Xu, K. / Xu, Z. / de Las Rivas, M. / Wang, C. / Li, X. / Lu, J. / Zhou, Y. / Delso, I. / Merino, P. / Hurtado-Guerrero, R. / Zhang, Y. / Wu, F.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,18231
ポリマ-388,9486
非ポリマー4,23425
15,277848
1
E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,6928
ポリマ-129,6492
非ポリマー1,0426
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_535x+1/2,-y-3/2,-z1
2
F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9789
ポリマ-129,6492
非ポリマー1,3297
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
3
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,51214
ポリマ-129,6492
非ポリマー1,86312
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area38930 Å2
手法PISA
4
C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,6928
ポリマ-129,6492
非ポリマー1,0426
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_435x-1/2,-y-3/2,-z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
5
D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9789
ポリマ-129,6492
非ポリマー1,3297
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area39270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.980, 123.111, 248.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA75 - 56975 - 569
21LEULEUBB75 - 56975 - 569
12LEULEUAA75 - 56975 - 569
22LEULEUCC75 - 56975 - 569
13LEULEUAA75 - 56975 - 569
23LEULEUDD75 - 56975 - 569
14PHEPHEAA75 - 56575 - 565
24PHEPHEEE75 - 56575 - 565
15LEULEUAA75 - 56975 - 569
25LEULEUFF75 - 56975 - 569
16LEULEUBB75 - 56975 - 569
26LEULEUCC75 - 56975 - 569
17LEULEUBB75 - 56975 - 569
27LEULEUDD75 - 56975 - 569
18PHEPHEBB75 - 56575 - 565
28PHEPHEEE75 - 56575 - 565
19LEULEUBB75 - 56975 - 569
29LEULEUFF75 - 56975 - 569
110LEULEUCC75 - 56975 - 569
210LEULEUDD75 - 56975 - 569
111PHEPHECC75 - 56575 - 565
211PHEPHEEE75 - 56575 - 565
112LEULEUCC75 - 56975 - 569
212LEULEUFF75 - 56975 - 569
113PHEPHEDD75 - 56575 - 565
213PHEPHEEE75 - 56575 - 565
114LEULEUDD75 - 56975 - 569
214LEULEUFF75 - 56975 - 569
115PHEPHEEE75 - 56575 - 565
215PHEPHEFF75 - 56575 - 565

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / ...Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2


分子量: 64824.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 873分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin / ルテオリン


分子量: 286.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C15H10O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→124.08 Å / Num. obs: 151903 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rpim(I) all: 0.535 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FFV
解像度: 2.3→124.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.027 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25149 4316 2.8 %RANDOM
Rwork0.21311 ---
obs0.2142 147500 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→124.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23778 0 259 848 24885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01924594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0222423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.95533335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.059351888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30852987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81823.2951217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.612154165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.26815234
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.23500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02127468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5155.18311888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5155.18311887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5587.76814856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5587.76814857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1965.69612706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1965.69612707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9538.32318466
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.72359.59927779
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.72559.627780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A330240.04
12B330240.04
21A329240.05
22C329240.05
31A332300.04
32D332300.04
41A329040.04
42E329040.04
51A330760.04
52F330760.04
61B329280.05
62C329280.05
71B329920.04
72D329920.04
81B326480.04
82E326480.04
91B329520.04
92F329520.04
101C329300.05
102D329300.05
111C326900.04
112E326900.04
121C330380.04
122F330380.04
131D328140.04
132E328140.04
141D330480.04
142F330480.04
151E327880.04
152F327880.04
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 320 -
Rwork0.349 11236 -
obs--99.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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