+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3odm | ||||||
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Title | Archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase | ||||||
Components | Phosphoenolpyruvate carboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / beta-barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / carbon fixation / oxaloacetate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium perfringens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.95 Å | ||||||
Authors | Dunten, P.W. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2011 Title: Structure of an archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase sensitive to inhibition by aspartate. Authors: Dharmarajan, L. / Kraszewski, J.L. / Mukhopadhyay, B. / Dunten, P.W. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2009 Title: Expression, purification and crystallization of an archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase Authors: Dharmarahan, L. / Kraszewski, J.L. / Mukhopadhyay, B. / Dunten, P.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3odm.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3odm.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3odm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 63350.449 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: pET19b vector / Source: (gene. exp.) Clostridium perfringens (bacteria) / Gene: CPE1094, ppcA / Plasmid: pJLK15-19b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)(pRIL) References: UniProt: Q8XLE8, phosphoenolpyruvate carboxylase #2: Chemical | ChemComp-AUC / #3: Chemical | ChemComp-MLI / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.5M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 1.03948 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03948 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→56.83 Å / Num. obs: 116208 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.03 Å / Redundancy: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 8359 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.95→56.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 34.934 / SU ML: 0.294 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.524 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→56.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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