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- PDB-4d0z: GalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 and manganese (H... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d0z | ||||||
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Title | GalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 and manganese (Higher resolution dataset) | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX / RETAINING GALNAC-T2 / SUBSTRATE-GUIDED SNI-TYPE REACTION / QM/MM METADYNAMICS / BI-BI KINETIC MECHANISM / SUBSTRATE SPECIFICITY / ACETAMIDO GROUP | ||||||
Function / homology | ![]() intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / O-glycan processing / chondroblast differentiation ...intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / O-glycan processing / chondroblast differentiation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of cartilage development / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein O-linked glycosylation / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / atrioventricular valve morphogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / ventricular septum development / Golgi cisterna membrane / protein maturation / reactive oxygen species metabolic process / extracellular matrix organization / positive regulation of cell differentiation / osteoblast differentiation / integrin binding / manganese ion binding / carbohydrate binding / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / nucleotide binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. ...Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2. Authors: Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 993.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d0tC ![]() 4d11C ![]() 2ffvS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _
NCS ensembles :
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.07309, -0.02895, 0.9969), Vector: |
-
Components
-Protein / Protein/peptide / Sugars , 3 types, 12 molecules ABCDEFXY![](data/chem/img/BBK.gif)
![](data/chem/img/BBK.gif)
#1: Protein | Mass: 64824.703 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase #2: Protein/peptide | Mass: 548.610 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #5: Sugar | ChemComp-BBK / |
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-Non-polymers , 4 types, 682 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HWU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HWU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-HWU / ( #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.47 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. obs: 178474 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2FFV Resolution: 2.2→249.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.345 / SU ML: 0.167 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.196 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.284 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→249.39 Å
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Refine LS restraints |
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