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Yorodumi- PDB-3bxf: Crystal structure of effector binding domain of central glycolyti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bxf | ||||||
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Title | Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (CggR) from Bacillus subtilis in complex with effector fructose-1,6-bisphosphate | ||||||
Components | Central glycolytic gene regulator | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / effector binding domain / catabolic repressor / transcriptional regulator / DeoR family / DNA-binding / Transcription regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Rezacova, P. / Otwinowski, Z. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2008 Title: Crystal structures of the effector-binding domain of repressor Central glycolytic gene Regulator from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several glycolytic intermediates. Authors: Rezacova, P. / Kozisek, M. / Moy, S.F. / Sieglova, I. / Joachimiak, A. / Machius, M. / Otwinowski, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bxf.cif.gz | 126.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bxf.ent.gz | 98 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bxf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2okgSC 3bxeC 3bxgC 3bxhC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION. |
-Components
#1: Protein | Mass: 27560.508 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Effector binding domain: Residues 89-340 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Strain: 168 / Gene: cggR, yvbQ, BSU33950 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O32253 #2: Sugar | ChemComp-FBP / | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-13P / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: Reservoir: 0.2M Ammonium formate pH 6.6, 20% (w/v) PEG 3350. 25mg/ml protein with 90mM fructose-1,6-bisphosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2007 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→23.94 Å / Num. obs: 50944 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.86 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2OKG Resolution: 1.7→22.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.006 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.484 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→22.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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