PDB-3bxe: Crystal structure of effector binding domain of central glycolyti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bxe

タイトル

Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (CggR) from Bacillus subtilis in complex with dihydroxyacetone phosphate

要素

Central glycolytic gene regulator

キーワード

GENE REGULATION / effector binding domain / catabolic repressor / transcriptional regulator / DeoR family / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Otwinowski, Z.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the effector-binding domain of repressor Central glycolytic gene Regulator from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several ...
著者: Rezacova, P. / Kozisek, M. / Moy, S.F. / Sieglova, I. / Joachimiak, A. / Machius, M. / Otwinowski, Z.

履歴

登録	2008年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bxe.cif.gz	123.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bxe.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okgSC 3bxfC 3bxgC 3bxhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z48-d 3aqk-d 3mls-1 3b90-d 4zfo-2 3bxh-d 3nvl-2 2owq-d 1l4e-1 1fr8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Central glycolytic gene regulator

B: Central glycolytic gene regulator

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.537, 83.822, 113.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

#1: タンパク質	Central glycolytic gene regulator 分子量: 27560.508 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector binding domain: Residues 89-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: cggR, yvbQ, BSU33950 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32253
#2: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium formate pH 6.6, 20% (w/v) PEG 3350. 25mg/ml protein with 10mM glyceraldehyde-3-phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月3日
放射	モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.9 Å / Num. obs: 49172 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 38.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OKG

2okg

解像度: 1.8→35.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.971 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21538	2517	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17703	-	-	-
obs	0.17899	47018	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3786	0	20	603	4409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.979	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.028	5	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.744	25.427	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.699	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.041	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.644	1.5	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.028	2	4076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.922	3	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.139	4.5	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	169	-
R_work	0.248	3185	-
obs	-	-	92.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2286	2.3713	0.3483	12.0257	-0.5676	7.3393	-0.1005	-0.4463	0.5621	0.4303	0.135	0.0021	-0.5448	-0.2161	-0.0345	-0.0953	0.0286	0.0212	0.0194	-0.0457	-0.1529	-44.304	8.834	27.742
2	2.1457	0.1678	0.151	3.8351	-1.8684	3.8461	0.0014	-0.0112	0.1773	-0.0713	-0.0186	0.1609	-0.1156	-0.0041	0.0172	-0.1548	0.0083	0.0028	-0.0941	-0.0285	-0.1467	-42.877	10.527	15.923
3	1.667	-0.1629	-0.0536	1.8026	0.4289	2.0706	-0.0578	-0.0149	0.0734	0.0011	0.097	-0.1701	-0.0385	0.1426	-0.0392	-0.1238	-0.0163	0.0137	-0.0774	-0.0004	-0.1756	-27.59	4.363	11.013
4	7.8304	2.8036	1.5969	2.9925	1.0564	2.6246	-0.1325	0.4581	0.0708	-0.2028	0.1231	-0.0841	-0.0837	0.1046	0.0094	-0.0712	-0.0043	0.0287	-0.0272	0.0061	-0.1915	-30.244	1.621	0.015
5	1.5674	3.1802	2.62	9.4393	4.8469	7.7612	-0.0211	-0.0743	0.0584	0.0496	-0.1116	0.6244	0.4756	-0.4719	0.1327	0.0443	-0.0374	0.0722	0.0651	-0.026	-0.0231	-30.819	-15.416	-6.616
6	2.3387	0.0401	0.3096	1.5765	0.1997	2.0992	-0.1198	0.0368	-0.1098	-0.1552	0.0934	0.0292	0.2191	-0.0737	0.0264	-0.0784	-0.043	0.0155	-0.1151	0.0088	-0.1922	-36.677	-5.563	5.99
7	1.9589	0.5621	2.4422	3.1014	1.386	3.2557	0.0085	0.0893	-0.0358	-0.1423	0.0059	0.1485	0.2898	-0.0746	-0.0145	-0.0732	-0.0612	-0.0055	-0.0425	-0.0056	-0.1509	-50.769	-9.621	5.598
8	2.3404	0.0016	-0.2532	1.5395	0.0404	0.9127	-0.1398	0.0895	-0.2453	-0.0197	0.0717	-0.0672	0.1801	-0.0934	0.0681	-0.0909	-0.0235	0.0172	-0.0616	-0.0126	-0.1655	-37.697	-6.914	11.335
9	3.1423	-0.0639	0.1306	2.4667	-0.544	2.4275	0.0298	-0.109	0.0056	0.0942	-0.0278	0.133	0.0098	-0.225	-0.002	-0.159	-0.0227	0.0078	-0.067	-0.0073	-0.2048	-46.227	2.022	17.798
10	18.2691	-3.7512	-7.2425	19.2484	10.7278	36.836	0.0085	-0.202	0.6532	-0.227	0.0109	0.5317	-0.996	-0.2698	-0.0193	-0.1118	0.0167	0.0013	-0.0393	-0.0086	-0.1133	-54.333	9.376	22.493
11	1.2487	-0.1983	-0.4168	2.9831	0.7597	2.8955	0.0209	0.0536	0.0904	-0.0295	0.0001	-0.2	-0.006	0.0448	-0.021	-0.1201	-0.0078	0.0076	-0.0387	-0.0188	-0.1089	-3.854	14.789	-21.839
12	1.8653	0.6687	0.5032	1.7402	-0.0507	0.9898	-0.0221	0.0279	0.1489	0.0064	0.0115	0.1454	-0.0241	0.0021	0.0106	-0.1504	-0.0015	0.0086	-0.1045	0.0094	-0.1595	-18.89	10.269	-19.762
13	1.9588	-0.0849	0.2893	2.9772	0.4836	2.048	-0.0024	-0.0336	0.182	-0.2166	-0.0464	0.1884	-0.1329	-0.0992	0.0487	-0.0982	0.0027	0.0245	-0.0807	0.0177	-0.119	-26.254	7.864	-20.26
14	4.9148	-2.722	1.1704	5.0007	-1.8025	2.4337	0.0021	-0.1729	-0.0002	0.2372	-0.0458	0.2249	-0.0063	-0.1201	0.0437	-0.086	-0.0261	0.033	-0.0511	0.0029	-0.172	-24.101	1.681	-11.977
15	2.3219	-4.345	0.9011	17.5743	-4.4965	1.186	0.0706	0.135	-0.0205	0.0129	-0.0528	-0.1162	0.0541	0.188	-0.0178	0.1305	0.0489	0.027	0.0777	0.0102	-0.0488	-24.537	-16.974	-13.666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	93 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	177 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	203 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	225 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	285 - 309
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	310 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	336 - 340
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	86 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	123 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	157 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	178 - 202
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	203 - 219

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)