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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2owq | ||||||
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Title | Crystal structure of vaccinia virus uracil-DNA glycosylase | ||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Uracil-DNA Glycosylase Fold in the Core: 3 layers (a/b/a) / and parallel beta-sheet of 4 strands in the order 2134 / Novel Features: Beta-Sheets at N- and C-terminus | ||||||
Function / homology | ![]() uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schormann, N. / Chattopadhyay, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of vaccinia virus uracil-DNA glycosylase reveals dimeric assembly Authors: Schormann, N. / Grigorian, A. / Samal, A. / Krishnan, R. / DeLucas, L. / Chattopadhyay, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 104.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 80.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 476.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 487.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2
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Details | The asymmetric unit contains two chains related by non-crystallographic symmetry. The biological assembly is likely a dimer generated from each chain by space group symmetry operations. The second part of the biological assembly of chain A is generated by the space group symmetry operation: y, x, -z. The second part of the biological assembly of chain B is generated by the space group symmetry operation: -x, y-x, 2/3-z. |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27253.119 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D17N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds |
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-Non-polymers , 5 types, 155 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.25 Details: 1.5 M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M Hepes, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 2, 2005 / Details: Osmic Mirrors |
Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→19.96 Å / Num. all: 23203 / Num. obs: 23203 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.48 Å / Redundancy: 2.65 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.27 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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